李靖伐吐谷浑，侯君集与任城王李道宗为副手。一路上侯君集进献不少奇计，都为李靖采纳，大破敌军于库山，又与王爷李道宗自为一军，从南路挺进，历破逻真谷，逾汉哭山（估计是当地人起的名字，从前汉军肯定于此战死不少），经途二千余里，盛夏降霜，山多积雪，连途转战，过星宿川，一路上数次与敌大战，每战必胜，获牛马无算，斩获颇丰。一直行军，直到北望积玉山，观huáng河源头，然后凯旋，与李靖一军会于大非川，平定吐谷浑。贞观十一年，改封陈国公。转年，拜吏部尚书。侯君集行伍出身，入秦王府后才开始读书，聪颖异常，竟能典选举，定考课，出将为将，入则参政，为时人所叹美。
侯君集一生最光辉的事迹，当属他独担重任，率唐军平灭高昌的壮举。
高昌，就是汉朝时候的车师。距长安以西四千三百里（从唐书），有三十一城，先都jiāo河，后移至高昌，是西域大国，胜兵万人，土壤肥沃，麦果丰饶，以葡萄酒知名。隋朝进入贡，封其王鞠伯雅为车师大守，弁国公。高祖武德三年，伯雅死，其子鞠文泰嗣位，遣使告哀，高祖派使臣前去祭吊，正式承认了其藩贡国地位。鞠文泰开始还很“孝敬”，经常贡献奇珍异shòu白玉盘什么的，又上贡一对大láng狗，能曳马衔烛。贞观四年，鞠文泰还亲身入朝，回去时获赏赐甚厚，大打秋风而回，其妻还被赐姓李，封常乐公主。按理说鞠文泰亲朝天子，又获巨赏，应该安心臣服才是。但此人在朝贡时经过唐朝西边久经战争之地，见人民稀少，城邑空虚，就心中升起轻唐之念。渐渐地，鞠文泰把西域诸国经过高昌前往唐朝的商人和贡使都扣押起来，又暗中和突厥人勾结，攻打唐朝另外的西域属国伊吾。不久，竟胆大妄为，和突厥连兵进攻唐朝另一属国焉耆，拔克三城，尽掳男女而去。焉耆王上表告状，太宗大怒，说：“高昌数年无状，没有尽藩臣之礼；其国中模仿我大唐，设置官号；今年岁首，万国来朝，文泰独不至。高昌还不断拘押西域来使，离间邻好，所谓恶而不诛，何以劝善！”贞观十四年，太宗命侯君集为jiāo河道大总管，率左屯卫大将军薛万均等人将突厥等西域归附军数万人征讨。
当时，唐朝众大臣都以为行经沙漠，用兵万里，恐难取胜，而经高昌界处绝域，得之难守，不如不伐。太宗坚执不从，侯君集身负皇命，浩dàng而来。
鞠文泰作梦也想不到唐朝会真的出兵，他常对左右讲：“我先前去唐朝贡见秦、陇之北，城邑萧条。假使唐兵攻伐，军队人数多，路上不能有足够的军需供给；如果兵发三万以下，我高昌力能制之。加之沙漠艰险，唐军即使能来也疲惫至极，我以逸待劳，不用忧虑啊。”等到听说唐军已到达碛口，这位西域名王一下子惶骇无计，未见唐兵，竟活活吓死。其子鞠智盛嗣立。
侯君集率军至柳谷，侦察兵报告说鞠文泰这几天就要下葬，共时高昌国人毕集。诸将要求趁发丧时起兵突袭。侯君集独表异议：“天子以高昌骄慢无礼，使吾辈恭行天罚。如果我们趁人发丧时偷袭，非问罪大国之师所为！”于是全军整装，鼓行而进，类似拿破仑战场上那种双方光明正大的进击。高昌大兵汇集于田地城，城坚墙厚，高昌人起初还固城自守。侯君集军队携带了威力巨大的撞城车和抛石机，巨石飞空，尖车推城，很快就一攻而入，俘获男女七千多口。接着，大军前行，直bī都城高昌。鞠智盛无奈，来信乞怜，表示“有罪于天子者乃先王，今已无罚丧身，我本无罪，望候尚书哀怜。” 侯君集回书：“如能悔过，应束手投降！”鞠智盛还不肯出降，侯君集命人填其城壕，又大发抛石机，并树十丈高楼，于楼顶指挥抛石机落点，巨石纷下，高昌守兵顿成肉泥。早先答应和高昌里外为援的西突阙兵此时还影都没有，他们自已的部落西逃千余里，哪还顾得上邻家。计穷之下，鞠智盛出城门出降。侯君集马上分派兵马，一时攻灭其余城池，平灭高昌，带着俘虏的高昌国王及将士、刻石勒功而还。此次远征，下高昌三郡、五县、二十二城，得人口三万七千七百户，马四千三百，其国东西八百里，南北五百里。非常值得人玩味的是，侯君集军到之前高昌国内有童谣流唱：“高昌兵马如霜雪，汉家兵马如日月。日月照霜雪，回手自消灭。”鞠文泰当时让人搜捕初唱者，最终也未抓获，不知是何为所为。唐太宗以高昌故地为西州，置安西都护府，留遣兵马镇守。
虽立此平国大功，侯君集仍不免前辈平灭西域将领犯下的过错——私取宝物。他属下战胜的将士得悉总管大拿高昌宝物，也纷纷效仿，竟来盗窃。侯君集上梁不正，也不敢阻挡，怕他们把自己也连带告出来，以致于高昌一国宝物被掠一空。大军回京，御史们早把弹劾奏章报上，功劳再大，赏罚应分，迎接侯君集的不是红地毯和凯旋乐曲，而是国家大狱。还是中书侍郎岑文本有远见，认为功臣大将不能轻加屈rǔ，上书列举汉朝李广利、陈汤、晋朝王浚以及隋朝韩擒虎等大将事迹，并以huáng石公兵法内容作为补充——“《军势》一书中讲，使智、使勇、使贪、使愚。故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者邀趋其利，愚者不计其死，希望太宗以帝王之德，含弘为美，弃人之短，收人之长，使侯君集能悔过报效。”奏上，太宗很觉有理，下诏把侯君集放出。
侯君集立此殊勋，回京就被关进大狱，虽然日后放出，仍然终日怏怏不快。贞观十七年，多年一起共事的老哥们张亮出任洛州地方官，与侯君集道别，侯君集乘机激怒他说：“怎么，被排挤出京城了？”张亮不乐，答道：“当然是你背后排挤我，还能怨别人吗？” 侯君集闻言激起心中积恨：“我功平一国，回来就被天子谴怒，哪还有机会背后挤兑你！这种日子我过不下去了，你敢造反吗？我和你一起反了吧！”张亮为人外忠内诈，一转身就把侯君集的话密告太宗。李世民毕竟大度君王，对张亮说：“你和侯君集都是我唐朝功臣，刚才的话只有你和他两个人知道，如果审验成狱，你们都不会承认有谋反之语。”就把此事压下，对待侯君集如初，不久命人图君集等二十四人像于凌烟阁。
当时，太子李承乾怕被李世民废掉，暗中准备谋反，又知道侯君集心怀怨望，就通过侯君集的女婿贺兰楚石（当时为东宫属官）与他牵线，两人数次密谋 。侯君集深知李承乾气量劣弱不能成大事，但仍想借机旁图，就答应与李承乾一起gān，举手对太子说：“此好手，当为殿下用之！”
虽如此，毕竟谋反事大，侯君集常常夜中惊醒，一醒就再也睡不着觉，四转叹息。他的妻子很奇怪，劝他说：“您是国家大臣，怎么会这样？如有辜负国家之事，还是自首的好，肯定能保全性命。” 侯君集也不应声。
不久，太子李承乾谋反事反，辞连侯君集。他那作为牵线人的女婿贺兰楚石为了活命，又诣阙上告岳父谋反的实情。对这么一个共事几十年的老功臣，太宗亲自审问，说：“我不欲令刀笔吏rǔ公，自己亲自问你案情。” 侯君集最初还狡辩，但太子、贺兰楚石等人证及书信等等物证俱在，最终辞穷服罪。太宗临朝，对百官讲，君集于国家未安之时有大功，我想活其一命。但谋反是封建社会不可饶恕的大罪，群臣争进，都讲：“君集之罪，天地所不容，必诛之以明大法。”太宗又回到私室，对跪伏于地的侯君集讲：“与公永别了，从今而后，以君之故，我不忍复上凌烟阁！”言毕，皇帝唏嘘泣下，痛哭不止。君集也自投于地，泣不能起。读各类唐朝史书，每读到这一点，都可感觉唐太宗的真性情感人之处，透过千年烟云，仍可想见李世民身为帝王之尊，当其时也，肯定没有一丝矫饰做作，他一定是回忆起这位勋臣与他自己年青时代的豪情友谊，想起连骑冲杀，攻城掠城的浴血艰难，加之故人病死被杀无数，至此廖廖，不能不凄然伤情。