特别是河南连年大旱，当地人活不下去，见当“贼”能吃饱饭继续存活，不少人纷纷入伙，农民军军势益炽。于是，高迎祥、张献忠、李自成等部进入卢氏山区，与当地偷掘矿藏的“矿贼”合伙，直下湖广，连破襄阳、上津、房县等地，如入无人之境。而“扫地王”、“满天星”、“横行láng”等人西入武关，连陷山阳、镇安等地，然后北上雒南，杀向西安。待洪承畴率军来截杀时，他们南下四川，攻城略地。
横行数月，农民军主力最终大多回到了陕西。
为了统一事权，明廷任命陈奇瑜总督五省军务（陕西、山西、河南、湖广、四川）。他在河南陕州会师后，统军南下，打得在均县、竹山一带活动的张献忠、李自成等部纷纷退却，转往陕西。
大部农民军在明军的围追堵截下，误入汉中栈道险地车厢峡。由于两个多月的yīn雨天气，农民军弩解刀锈，衣甲多日不gān，缺粮少食，几乎丧失基本战斗力。如果明军趁势进攻，这几万人只有等着挨宰的份儿。
情急之下，李自成、张献忠等人齐集商议，各自拿出先前抢掠的金宝，运了几十匹骡马，送入陈奇瑜营中遍贿明军上下军官。在左右力保下，陈奇瑜答应用抚招降，准备接受农民军的“投降”。
由于朝中兵部尚书张凤翼也主抚，崇祯皇帝信之，下诏招安。结果，陈奇瑜派出明军小头目，一对一百，对“投降”贼军登记整编，准备尽遣这些人回乡安置。
眼见大伙都成“良民”了，明军松懈，捧着农民军方面“孝敬”的大酒罐痛饮，搂肩搭背倾诉衷肠，都表示不打仗好。
结果，一夜之间，农民军在统一布置下忽然翻脸，尽杀安抚官（一百杀一个，太容易），夺马夺兵器后四处出击，立呈燎原之态。
可见，明政府对农民军“伪降”、“诈降”一直没有充分的警惕性，使得他们一而再、再而三绝处逢生，化险为夷。
诸部农民军脱险后，自汉中逸出，回奔陕西、甘肃攻掠。
崇祯帝大怒，撤掉陈奇瑜，改任洪承畴为兵部尚书，总督五省军务。屋漏偏逢连夜雨，明军西宁士兵哗变，洪承畴不得不首先处理西宁军变。等他回来时，“流贼”们都东奔入河南。
农民军在河南集结后，共七十二营三十万左右的队伍，各推首领，于荥阳大会，商议共拒官军事宜。
崇祯八年初，过了一个肥年的农民主力由河南汝宁入安徽，攻克颍州后，直杀明太祖朱元璋的老家凤阳。
凤阳是明朝“祖陵”所在，一直没敢建城墙，怕压住龙脉。结果，正月十五元宵节，农民军轰哄而至，杀掉当时守军数千，并派人挖掘了明帝的“祖坟”（其实朱元璋父母早就丢于乱坟岗，皇陵仅是象征性建筑）。然后，龙兴寺和皇陵宫殿均被农民军一把火烧成白地。
祖陵被掘，崇祯帝气得发疯，在下“罪己诏”的同时，杀掉凤阳巡抚等多名高官。然后，他调集七八万大军，发足军饷，命令洪承畴在半年内一定要消灭掉所有农民军主力。
恰恰是在凤阳，李自成与张献忠二人结下梁子，从此分道扬镳——攻破凤阳皇陵后，张献忠俘获了在皇陵充当乐手的小宦官十二人。每次宴酒，张献忠就让这些小阉人为他chuīchuī打打，以乐佐酒。李自成看着眼红，就向老张索要。老张先是不给，李自成固请，多次派兵上门来索取。老张大怒，派人砸毁所有乐器，让兵士把小宦者们轮jian（jījian）后送给李自成。
李自成看见小宦者们个个捂着屁股双眼哭成鲜桃，非常恼怒。再问乐器下落，回言张大王已经砸毁。一怒之下，李自成持剑，把十二个小阉人均捅死在当地，以泄胸中愤恨。
由此，李、张二人失和。
半年内平灭农民军，说来容易做起难。各路农民军返回秦地，饥民纷纷相从，规模几近二百万人。李自成率部坚持在陕西发展，并在进攻甘肃真宁（正宁）时杀掉明军猛将曹文诏，给予诸路明军以极大的jīng神打击。
高迎祥、张献忠、“老回回”马守应等人吃尽当地粮食后，又从陕西东出潼关杀回河南，几十万人忽来忽去，似蝗虫一般，到哪里就把哪里吃个gān净，抢个gān净。
眼见洪承畴一个人忙不过来，明廷只得让湖广巡抚卢象升协助，让他剿东南，洪承畴专剿西北。高迎祥、张献忠等人东下安徽，对滁州展开围攻，卢象升立刻领兵去救，但扑了个空。
农民军在密县、登封一带与官军jiāo手得利后，复回陕西。洪承畴本来在甘肃打得李自成等人喘不过气来，正要集中兵力予以消灭时，明军驻宁夏固原的政府军因缺饷发生兵变，洪承畴只得赶过去救火。李自成逃出生天，奔回陕西老家。
沮丧之余，明廷终于得到一个好消息。崇祯九年夏末，在孙传庭、洪承畴二部明军的围堵下，“闯王”高迎祥在周至被生俘。如此大贼头被擒，明廷立刻派人把他押解北京，凌迟处死。
高迎祥之死对农民军打击很大，张妙手、“蝎子块”等头目纷纷乞降。这次，他们是真正投降。可笑的是，明廷为免蹈前车之覆辙，几个农民军头目投降不久，均被jiāo付各部官军斩首。
李自成方面，在米脂、绥德一带休整后，本来想渡河进入山西，见明军有备，他只得率部西行，在宁夏、甘肃一带杀掠。
崇祯九年初，李自成与十余支农民军联手，从秦州出发，想攻取汉中。但明朝总兵曹变蛟早已设伏，把农民军击得大败。
见入汉中不成，李自成便转头进攻四川，攻破广元后，连克数十州县，所向披靡。吃足抢足之后，见明朝政府军云集川地围堵自己，李自成出四川往北，杀入甘肃境内。
在崇祯九年（1636年）明廷láng奔豕突追截堵杀农民军时，东北的皇太极改国号“大金”为“大清”，年号由“天聪”改为“崇德”。
拜天大典上，朝鲜使臣罗德宪、李科二人反感这些“鞑子”们的仪式，站立不拜。皇太极大怒，但他并未杀人，而是在打发二人回国时撂下一句话：“尔国王若知逆顺，当送子弟于我国为人质。不然的话，我必兴兵，直到把尔国打服为止。”
在动手击朝鲜之前，夏五月，皇太极先派十四弟多尔衮等人率十万大军第三次深入明朝腹地，并明示此次进攻目的只在抢掠明朝京畿地区，抢人掠物为主，不计城池得失。
明廷以为清军会从山西入京，岂料清军选择延庆，入居庸关后，杀入昌平，焚毁了明熹宗的德陵（这位皇帝在yīn间估计也找不到木头做家俱了）。
身任总指挥的明廷兵部张凤翼要谋无谋，要胆无胆，虽然手中有尚方宝剑，也调动不了胆战心惊的明军将领，眼巴巴看着清军数月之间遍掠畿内，五十六战皆捷，俘掠人畜二十万，于秋九月从冷口从容退军，并派人在塞上砍去树皮，以墨写上“各官免送”，羞rǔ胆怯的明朝军将。
由于皇陵被毁，诸近京县城遭受严重劫掠，兵部尚书张凤翼和总督梁廷栋深知罪责难逃，在崇祯帝派太监要他们项上人头前双双服毒自杀，总算死得舒服些，免去砍颈之痛。