其间，方孝孺还向建文帝出主意反间燕王父子——派使臣密至北平，赐燕世子朱高炽皇上御笔亲诏，“如归朝廷，许汝为王”。北平城内的太监huáng俨与朱高炽不和，一见朝廷信使来，马上派人快马驰报燕王，说“世子将反”。
朱棣犹疑，向另一个儿子朱高煦问计。朱高煦回答：“世子本来就和太孙（建文帝）关系很好。”几人正商量怎样除掉“叛父”的世子，朱高炽已派人来，把被捆绑得严严实实的建文帝使臣和未启封的诏书送至朱棣营中。
燕王朱棣又惊又喜，看完书信后，大叹：“差点杀了吾子！”
1401年8月，明将盛庸檄令大同守将房昭引兵入紫荆关，侵扰保定诸县，并于易县西水寨驻兵。
西水寨地处万山丛中，易守难攻，可窥伺北平，相机而动。朱棣听闻此讯，深知保定是股肱郡，保定一失，北平必危，于是，燕军班师。
燕军渡过滹沱河，至完县，增兵镇守保定。行军路上，朱棣还派三万jīng骑邀击明将吴杰给房昭发去的大批粮饷，围困西水寨。
吴杰派人来援，快赶到金水寨时遭燕兵埋伏，被杀得大败，金水寨守军观此大骇，与真定兵俱一溃而逃。此战，燕军斩首万余级，明军摔下山崖又死近万人，除房昭外，多名高级将校被生俘。
得胜之后，燕军还师北平。
1401年12月，建文帝派遣忠心耿耿的驸马都尉梅殷镇守淮安，募兵四十万，驻军淮上以扼燕军。
至此，燕王朱棣起兵三年，虽然多次大胜明军，但所得土地仅永平、大宁、保定，旋得旋弃，战死者甚众。明军虽屡遭挫败，但军队分布颇盛，时时有告捷消息。
明军是拥正朔的正规军，名正言顺，从整体形势讲，打到这份上，朱棣并没有任何优势。如果战事一拖再拖，燕兵疲敝，人心离散，没准就会杀出几个军将剁砍朱棣父子人头以取富贵。
最最紧要关头，建文帝宫内的太监帮了朱棣天大的忙。由于建文帝御内臣甚严，不少宦官心怀怨望。这个年青皇帝禀承老皇帝朱元璋旨意，严防太监gān政，只当他们是供洒扫的奴仆而已。同时，他常常严惩冒皇帝名义出外勒索的宦官头目，使得这些不男不女的家伙心中充满怨毒，纷纷派人到朱棣处示好，把“金陵空虚”的消息告诉燕王，建议燕军“乘间疾进”。
一席话点醒梦中人！朱棣决计直趋金陵，准备与建文帝临江决战，拼个鱼死网破。
建文四年（1402年）初，朱棣提兵出北平。燕军士气高昂，先在藁城破明兵，斩首四千，紧接着破衡水、下东阿、陷沛县，并在邹县以十二骑大破明军运粮的后勤士兵三千多人，直围徐州。
徐州明兵破胆，guī缩城内不敢战。燕军绕过徐州，径趋宿州。
燕军行至淝河，明将平安率军四万蹑随其后。
观察地形后，朱棣判断道：“滨河地带多树木，敌兵必疑我军设伏，淝河地平少树，彼不疑，可伏兵。”他亲师jīng兵两万，持三日粮，至淝河设伏。
临行，他嘱诫诸将，一俟燕兵与敌军开战，立即在一路上命未投入战斗的士兵齐举火炬，以惊吓明军。
平安明军将至，朱棣派数百燕军快马迎前。燕兵见了明军，故作惊慌状，丢下大批看似像金帛的袋子，掉转马头逃走，以诱引明军入伏击圈。
明军士兵纷纷下马，争抢大袋子里的“货物”。打开一看，全是烂草。这样一来，明军骑阵稍乱。喧哗之间，已入燕军埋伏圈。
一声锣响，燕兵跃起，平安所率明军知道中计，掉头就走。平安自率三千骑兵奔亡于北岸，燕王朱棣仅以数十骑人马，横挡住平安去路。平安手下有员蒙古族勇将名叫火耳灰，先前也在燕王手下为将。入侍京师数年，被建文帝派到平安手下充当主力。火耳灰识得燕王面目，手执长槊就奔朱棣奔来。朱棣手下燕将童信一箭she中火耳灰的坐骑，燕兵生擒火耳灰。火耳灰的部曲哈三帖木儿也很勇猛，见主将被擒，立刻策马杀到，又被燕军she落马下生俘。
明军见状惊恐，大败而去。
当晚，朱棣释放火耳灰等人，并以这些憨厚忠勇的蒙古人为贴身侍卫。诸将劝他小心，朱棣不听。北人质鲁朴实，朱棣看准了这点，故而用人不疑。
朱棣挥师临淮，大破明军后勤部队。明兵部尚书铁铉率部来迎，燕军jiāo战失利，危急之间，朱棣幸得火耳灰等蒙古侍卫翼护，有惊无险。（火耳灰报恩也真快）
1402年5月，明将平安在小河南岸扎营，燕军于河北岸驻营。各自准备后，双方于清早jiāo战。
混战之间，平安左刺右杀，在北坂和燕王朱棣马头相对。此时，平安也顾不得“莫伤朕叔父”的诏令，举槊急击，数次差点刺中朱棣。
遇见对方动真格的，朱棣身手再好，心中也十分着慌。幸亏燕军蕃骑指挥王骐赶到，跃马直冲平安，平安坐骑又蹶了一下，朱棣才逃得一命。
双方大战一整天，各有死伤。于是明军驻桥南，燕军驻桥北，相持数日。不久，明军粮尽，燕兵乘间袭击。恰适明将徐辉祖军至，双方又大战于齐眉山，自午至酉，胜负相当。
乱战之中，燕将王真、陈文、李斌等人都临阵被杀，诸将心生恐惧，纷纷劝朱棣：“我军深入日久，暑雨连绵，淮土蒸湿，疾疫多发，不如回军至小河之东，休息士马，再作打算。”
朱棣坚持前进，他说：“兵事有进无退！现在我军胜势已见，如果反而掉头北返，军心马上解体！”
众人之中，只有燕将朱能坚决站在燕王一边，苦劝诸将再做坚持，莫生退心。
建文朝臣探知消息，知道燕军正在苦撑，败象已露，就劝建文帝说：“燕军很快就要败北，京师不可无良将。”
建文帝不知兵，马上下诏召回徐辉祖军入卫京师，这样一来，小河战场只剩下何福所率一支孤军与燕军相持。
双方对垒期间，燕王朱棣令军士进行休整，广赐财物，收买军心。明军由于畏战，往往掘堑作垒为营，军士白日黑夜都不得喘息，虚疲人力，往往真到作战时全无体力。
由于日久乏粮，明将何福下令移营至灵璧就粮。当时，明将平安率骑兵六万人，护送大量运粮兵车前往何福营中。朱棣侦知消息后，派jīng兵万余人阻挡平安援兵，并派朱高煦伏兵林间，等候双方混战后明军疲惫时忽然杀出助战。
燕王朱棣安排停当后，率师逆战，两翼骑兵扇形排开，直杀明运粮援兵。平安引军突至，截杀燕兵一千多人。朱棣见状，忙命步军纵击，横贯明军大阵，截断其军。明将何福见仗已开打，就也率军出壁而战，与平安合击燕军，攻杀燕兵千余，燕军小却。
朱高煦见双方打得火候差不多，趁明军喘息之际，忽然率生力燕军加入战斗，朱棣忽率后退的燕兵急转身，一齐掩杀明军。
何福等人大败，杀伤万余人，丧马三千余匹，燕军尽获明军粮饷。
何福所率的明军逃入营垒后，饿得双眼发蓝。众将集合议事，决定转天突围，闻pào声即开门冲出。