大约在北京“太子案”的同时，南京也有“南都太子案”。其实这个“太子”乃前明驸马都尉王昺的侄子王之明，冒充太子名号想得享富贵。当时，在南京即位的弘光帝也很紧张：“太子若真，将何以处朕！”jian臣马士英等人为了保住自己地位，自然严刑拷求。当时，南方地区广大士民痛恨马士英等人，对他们怀有成见，所以大多数人反而认定这个太子是真的，各地将帅，包括史可法、何腾蛟、左良玉等人均上疏力挺这个假太子。后来，史可法从前往北京的南明使臣左懋第处知道真太子在北京，非常后悔，曾致书马士英承认过错。左良玉这个弄权跋扈的大将，却反而以拥护“太子”的名义起兵窝里反，发大兵向南京进攻。
所以说，当时南北两个“太子”，北京的是真，南京的是假。如此明白的史实，至今却仍有不少学者喋喋不休地吵个不停。其实，早在20世纪早期，学者孟森已经列出详实历史档案对此有了定论，但由于孟教授以古汉语笔法写出，今人基础不厚，又不钻研，故而仍旧争来争去，实为荒谬至极。
清廷对待明朝宗室，表面加以恩礼，其实养起来的却是疏远小宗，明皇近亲直系，屠戮无遗。究其机心，险刻深远。自然，他们对前明公主等女性亲属毫不为意。长平公主知道哥哥被杀后，愤然出京，但清廷qiáng迫她出嫁，不久这位公主抑郁而死（金庸把她变成女大侠，实无此事）。
清朝初建的几十年间，打着“朱三太子”旗号起兵的有好几起，最有名的当属康熙时吴三桂起兵后那个以“朱三太子”起兵的“天地会”首领杨起隆。康熙十八年，湖南抓到了一个和尚朱慈灿，这位确是崇祯帝另外一个儿子，他从北京逃出时年仅十二，多年流落，幸免于难。康熙帝把他与杨起隆列为同宗，诬之为假，借口是北京城陷时朱慈灿年少，不可能逃脱，于是以“伪皇子”名义处死。
这还不算，康熙四十七年（1708年），清廷又找到了崇祯帝惟一幸存的儿子朱慈焕。明亡六十余年后，康熙帝十分yīn狠地以“伪皇子”名目诛杀了此人。多尔衮时代，杀崇祯真太子，用心尚或可谅，当时南明未下，全国未定，明太子活着是个大隐患。但康熙后期，太平盛世，清朝坐稳天下，康熙出此毒手，真是至yīn至毒之心，无非是对前明皇族斩草除根。
这件事情，案件当事人李方远在自己笔记《张先生传》中记得清清楚楚。康熙二十二年，李方远在一家路姓大户家中首次见到“张先生”，其人“丰标秀整，议论风生”，是个侃侃能言的美男子，自称姓张，号潜斋，在浙中大户张家为西宾（教师）。于是，二人jiāo往密切，诗词往来，半年多内顿成密友。后来，“张先生”南行，二人拜别，二十多年没有通问消息。康熙四十五年，做过县令并已经卸任家居的李方远又见到找上门来的“张先生”，要求谋一教职养家糊口。老友相见，分外亲切，两人立刻欢饮畅叙。此后，“张先生”同时在不远的张岱霖家和李方远家教子弟读书。
半明半灭大明朝（25）
康熙四十七年yīn历四月初三，李方远正与“张先生”下棋，清朝地方官府忽然闯进一批捕快，把二人一起抓起审问。李方远本人做过清朝饶阳县县官，确实不知自己犯了何罪。审至“张先生”，此人马上“坦白jiāo待”：
我乃先朝皇子定王朱慈焕。崇祯十七年流贼破北京，先帝（崇祯）把我jiāo给王内官。城破后，王内官把我jiāo与闯贼领赏。不久，吴三桂与清兵杀败流贼，我被贼军中一姓毛的将军带往河南。他弃马买牛，种田过活。不久，由于大清捕查流贼很紧，毛将军弃我而逃。当时我十三岁，自己就往南走。行至凤阳，遇见一王姓老乡绅，知我是先朝皇子，就收留我在家，遂改姓“王”。过了几年，王先生病故，我就找寺庙出家。后来我云游至浙江，在古刹中遇见一位姓胡的余姚人，他叹赏我的才学，就把我请回家中，让我还俗，并把女儿嫁给我。后来，我又改姓张，以逃祸患。
清朝主审的钦差和两江总督等多名高官在场，问：“现在江南有两处叛逆造反案，皆称扶立你为君，恢复明朝，你知罪吗？”
朱慈焕表示：“大清于明朝，有三大恩：第一，诛灭流贼，为我朱家复仇；第二，善保明朝宗室，从不杀害（此非实情）；第三，当今圣上亲自祭奠我家祖宗（朱元璋），命人扫墓。有此三大恩，我怎能造反呢。况且，我今年已经七十多岁，血气已衰，须发皆白，我不在三藩作乱时造反，而在如今太平盛世造反，于理于情说不通。况且，如果造反，一定会占据城池，积蓄屯粮，招买兵马，打造盔甲，而我并无做一件类似事情。还有，我曾在山东教书度日，那里距京师很近，如果我有反心，怎敢呆在那里？”
清朝官员马上押解生俘的大岚山造反首领，让他认人。这位造反的首领看了半天，表示说：“我不认得此人，只是想假借朱氏皇子名义来鼓动百姓。”
审了多日，一层一层把案件呈上去，最终刑部接康熙朱笔御批：“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心，满门处斩！其本人假冒前明皇子，判凌迟。”至于与“张先生”老早相识的李方远，也被全家流放到东北宁古塔给披甲人为奴。朱慈焕家在余姚，有一妻二子三女一媳，皆被清政府派人绞死在家中（传闻讲这七人是自缢，实际是被谋杀）。
自崇祯帝上吊自杀，至康熙四十七年，时光已流逝六十五年，小皇子由昔日的十二岁孩童已成为衰朽老翁，仍被押入北京城在闹市凌迟。可见清朝皇帝的残忍！
清朝所谓“恩养”的明室后裔，皆非正宗明裔。雍正二年，清廷找出个汉人镶白旗名叫朱文元的人，称为明太祖第十三子代简王后人。这一支宗王在皇太极时被清军俘获。但查朱家宗谱，此人名字可疑，排行无据，实乃假冒无疑。宣统皇帝洋老师庄士敦所著《紫禁城的huáng昏》，写溥仪逊位后有一猥琐朱姓男子拜访“谢恩”打秋风，大概就是“代王”这一支的后人。
明朝宗室在末期很走背运。在明末农民战争中，他们成为农民军屠戮的首要对象。从崇祯十四年至十七年，就有福王、唐王、崇王、岷王、代王、蜀王等十四个显贵王爷被农民军整家杀掉。至于郡王及将军之下，被杀的更是不计其数。富贵荣华了近三百年，老朱家终于整族整宗得到了“大报应”。
清朝方面，出于政治需要，自入关到顺治二年以前，对明朝宗室人员以诱降、“恩养”为主。清军攻克南京后至顺治八年这一段时间，清朝开始对明宗室展开屠杀。自顺治八年至康熙早期，清廷又施以杀抚并用。早在皇太极入口侵掠时代，后金军抓住明宗室王爷一般都弄死，比如德王和鲁王。由山海关入京后，多尔衮开始以招抚为诱饵，在诛杀崇祯帝直系血脉的同时，把清军逮到的明宗室假装养起来。清军攻陷南京后，由于明宗室在南中国纷纷被人拥立起兵相抗，清廷顿露狰狞面目，接二连三地罗织罪名，很快就把本来“恩养”在北京的明朝十几个王爷均残酷加以处死（包括曾经指认崇祯太子为“假太子”的晋王）。直至顺治亲政后，清廷对明宗室控制才稍稍放缓，但彼时老朱家血脉至近的“皇族”也没剩下多少了。