殷浩虽遭罢官出放，倒仍持大名士姿态，谈咏不辍，故作夷然，常常在空中以手写“咄咄怪事”四字，估计是自己和自己叫劲。不久，桓温念起童稚之谊，认为殷浩“有德有言，足能作令仆之官”，想推举他重新入朝作中书令，并派人送信告知。
殷浩接书，高兴得几近失态，马上写回信言谢。唯恐书信中哪个字哪个词写得不达意，得罪桓温，殷浩“开闭者数十”，信封开了封，封了开，最终送到桓温手上的竟是一封空函，气得桓温大骂“不识抬举”，命人把殷浩“永远禁锢不用”。一代大名士，郁郁死于乡下。
现在说起“玄学”，似乎总是贬大于褒。其实，玄学产生于汉帝国崩溃的时代，正是那个礼崩乐坏的时期，士人们对于儒家伦理开始产生了深刻的怀疑，想从哲学高度找寻真正的“世界本体”。“五四”以后，学者刘师培对于玄学有比较客观的阐释：“两晋六朝之学，不滞于拘墟，宅心高远，崇尚自然，独标远致，学贵自得……虽曰无益于治国，然学风之善犹有数端……”玄学的思辨jīng神，对于“谈中之理”、“理中之谈”、“谈中之谈”等进行了深刻地弘扬，讨论宇宙、人格本体，而且，其中最重要的“才性问题”、“有无问题”、“言意问题”、“有情问题”、“一多问题”是中国哲学史上非常关键的哲学命题，体现了当时学人对自然和无限的深情追求。当然，渐渐地，玄学也成了统治阶级无聊的游戏，尤其是日后佛学和玄学合流后，玄学日益消解为茶余饭后的谈资。
殷浩一废，“内外大权一归（桓）温矣”。于是，东晋穆帝永和十年（354）三月，桓温自统四万军出江陵，水军舰队也同时自襄阳入均口，开始了他第一次北伐。此次北伐的目标是351年在关中称天王的氐酋苻健。苻健建国大秦，史称前秦。
桓温出师顺利。晋军前军分别攻取上洛（陕西商州）和青泥（陕西蓝田）。晋将司马勋也从梁州出子午道伐前秦，前凉的秦州刺史王擢也配合桓温进攻前秦的陈仓（陕西宝jī）。
前秦主苻健大惊，忙遣太子苻苌等人率五万军士在峣柳（今陕西蓝田附近）结营，以迎战桓温。
“不图今日复见官军”（2）
苻健的儿子苻生虽是独眼龙，却骁勇异常。蓝田一战，他“单骑突阵，出入以十数，杀伤晋将士甚众”。
桓温不为所惧，亲自于军前督阵，终于大败秦军。不久，桓温之弟桓冲又在白鹿原（今陕西蓝田以西灞河附近）大败前秦丞相苻洪。
势如破竹之际，桓温率晋军连战连捷，于354年5月一直攻至灞上。大敌当前，前秦太子苻苌等人退守城南，苻健本人与老弱几千残兵固守长安小城，于城前开挖深濠，悉遣jīng兵三万外出，与苻苌合兵，只求能守住长安。
假若桓大英雄马不停蹄，径攻长安，凭锐气利卒，有百分之九十的可能会一举击灭前秦苻氏，收复中原。但不知为何，善出奇兵的桓温忽然持重起来，屯兵固垒，观望待变，总想等长安城内有人接应，可兵不血刃地克复坚城。
当是时也，“三辅郡县皆来降。（桓）温抚谕居民，使安都复业，民争持牛酒迎劳，男女夹路观之”，一派大好景象。关中耆老纷纷垂泣，哽咽说：“不图今日复睹官军！”
因战乱一直隐居华yīn山的豪杰名士王猛，听闻桓温入关中，“披褐谒之，扪虱而谈当世之务，旁若无人”（“扪虱而谈”，也是魏晋风度标志之一）。
桓温对王猛为人深加叹异，便问王猛：“我奉天子之命，将锐兵十万（其实不到四万）为百姓除残贼，而三秦豪杰未有至者，何也？”
王猛回答：“明公您不远数千里，深入敌境，今距长安咫尺之遥而不渡灞水进攻，百姓不知您到底想些什么，故而没有前来投附。”
桓温默然久之，然后，答非所问地讲了句“江东没有您这样的人物”，给王猛封了个“军谋祭酒”的散官，打发了事。
各种史书，均认为桓温当时伐秦的初衷是想以功名彰显朝廷，树立己威，并非想真的恢复中原。笔者认为，当时的桓温私心未著，只是因为兵力太少而缺乏信心所致。关中秦兵彪悍，不似蜀人易克，也使桓温起了“持重”之心。但人谋过深，常常会招致相反的结局。果真当时桓温就有立威谋篡的私念，大可一克长安，再挟胜威回江东取帝位。
本来，桓温自恃关中即将麦熟，军粮无忧，不料前秦派人四处芟麦，坚壁清野，使得晋军立时产生了断粮乏食之忧。
喘息已定，前秦各军也纷纷反攻。苻雄与桓温再战白鹿原，晋军不利，被杀一万多人。桓温回撤，前秦太子苻苌一路追击，又令晋军损失上万军卒（苻苌本人却中流矢而死）。司马勋、王擢两部晋军也屡遭败绩，分别逃往略阳和关中。不久，王擢又向前秦投降。
桓温撤退前徙关中汉人三千多户随军归江东，又拜王猛为高官都护，“（王）猛辞不就”。10月，桓温回军襄阳。
此次北伐，大胜中败，收获不大。
“树犹如此，人何以堪！”
——第二次北伐的桓温
东晋穆帝永和十二年（356）元月，羌酋姚襄占据许昌后，得陇望蜀，又想攻占洛阳，洛阳当时为晋朝叛将周成所踞，双方激战，一时胶着。
姚襄，字景国，是羌酋姚戈仲第五子，“身长八尺五寸，臂垂过膝，雄武多才艺”，且“好学博通，雅善言谈”。当年降晋，豫州刺史谢尚见其单骑渡淮，也屏去仪仗，便服相迎。一相jiāo谈，便欢如平生之jiāo。叛晋之后，姚襄总想占据有山河四塞之固的洛阳开建大业，不惜损威劳众，猛攻坚城。
公元356年7月，东晋朝廷拜桓温为征讨大都督、督司、冀二州诸军事，进讨姚襄，这就是桓大将军的第二次北伐。
桓大将军乘船，自江陵率水陆大军，浩浩dàngdàng直奔中原而来。
夏日晴朗，桓温与众位僚属随员登上大船顶楼，北望中原，叹息道：“遂使神州陆沉，百年丘墟，王夷甫诸人不得不任其责！”可见，对于王衍等人的清谈误国，桓温深恶痛绝。经过金城，又见自己青年时代亲手栽植的柳树已茁壮长成，桓温慨然道：“木犹如此，人何以堪！”随即攀枝执条，泫然流涕。魏晋风神，于桓大将军真情流露之际可窥见一斑。
9月，桓温已至洛阳城南的伊水，惊得姚襄急忙撤围，聚兵结阵，来抵御晋军。
姚襄耍小聪明。他先把jīng兵埋伏于伊水北的密林中，又派人送信给桓温，表示：“明公您亲师王师而来，姚襄想奉身归命，希望您下令三军稍稍后退一步，我当亲自拜伏道左迎候。”
桓温何许人也，怎能中此小计。他对姚襄使人说：“我此来是开复中原，拜敬皇陵，与君无关。要来相见便来，马上就有机会见面，不要再烦使人往还。”