王国宝、王绪兄弟掌权后，“纳贿穷奢，不知极纪”，又不断劝司马道子裁撤王恭和荆州刺史殷仲堪的兵权，致使内外扰动，都知道要有大事发生。王恭、殷仲堪二人闻信，也以“北伐”为名，缮甲勒兵，各做准备。
殷仲堪也是陈郡世家大族出身，清谈大家，年青时就与韩康伯齐名，号称“每三日不读《道德论》，便觉舌本间qiáng”。此人又是大孝子，其父殷师病卧多年，殷仲堪自学医术，因长期“挥泪执药”，竟然瞎掉了一只眼睛。入朝为官后，孝武帝很信任殷仲堪。一天，孝武帝问：“我听见人说有个大臣的父亲神经衰弱，听见chuáng下蚂蚁打架的声音，就觉得是恶牛相斗，那个人是谁呀？”殷仲堪马上下跪流泪，答称“臣进退维谷”——因为孝武帝讲的那个人正是殷师。古人讲究纯孝，又多忌讳，为臣子的殷仲堪着实尴尬了一回。
殷仲堪虽有美誉，确实并非将帅之才。到任之后，政事紊乱，只是好施小恩小惠来安抚民心。
王恭深觉危日近，便主动派人联络殷仲堪，准备共同起兵讨伐王国宝等人。一直郁郁不得志的桓玄，也想混水摸鱼，便也撺掇殷仲堪起兵：“王国宝兄弟擅权，生杀任意，但王恭是国舅，他们不一定敢先拿他下手。明公您是先帝旧人，破格升任荆州刺史，舆论大多以为您非方伯之才，王国宝等人很可能下诏调您入京，夺去军权，那时候您可怎么办呢？”
殷仲堪被桓玄一语道破心事，忙问：“我忧此已久，又该如何呢？”
“与王孝伯（王恭字）东西齐举，我桓玄举众相随，可建大业。”
殷仲堪深以为然。他召集雍州刺史郗恢和堂兄南蛮校尉殷觊商议大事，二人均不同意，认为起兵事大，有谋反之嫌。
建康方面，会稽王司马道子听说王恭、殷仲堪有异动，马上宣布内外戒严。同时，他召来尚书令王珣，问：“二藩作逆，卿知之乎？”王珣一直在朝中受王国宝兄弟排斥，只是个花架子，便回答：“我一直不得参与朝政，此事一概不知。”王国宝闻言，心中更是惶惧，愈发明白王恭等人是专门冲自己一人而来。
王绪狠毒，他劝堂兄王国宝假借司马道子之命，先杀掉王珣、车胤等人，以除时望，再乘机裹胁安帝和司马道子，挟天子以令诸侯，发兵讨伐王恭和殷仲堪。如此计得行，成功的机率估计还小不了。但王国宝贪污的胃口大，果于诛杀的胆子却很小。
王珣、车胤得召进殿后，王国宝不仅没下令杀掉对方，反而问计于王珣：“王恭、殷仲堪两人起兵，我该怎么办？”
“二藩起兵，不过是与您争权罢了，彼此之间没有深仇大恨，不必忧虑。”王珣说。
“会不会他们得势后把我当曹慡一样处理呢（即司马懿诛曹慡三族故事）？”王国宝这一问，更bào露了他政治方面的“天真无邪”。
萧墙伏祸连踵至（2）
“怎么可能那样？即使您有曹慡的罪过，难道王恭等人有宣帝（司马懿）那样的魄力吗？”王珣“安慰”王国宝。
王国宝闻言稍安，又扭头问车胤的看法。
车胤表示：“如果朝廷发兵讨伐王恭，他一定凭城坚守。相对之时，殷仲堪乘上流之势，一鼓而下，直奔建康，到那时候，您又该怎么办呢？”
经这一席话，王国宝吓得面如土色。杀人的事情早已忘得一gān二净，他赶忙“上书解职，诣阙待罪”。
本来手握朝廷大权、禁卫军权、人事调动权，王国宝竟被车胤几句话吓破胆，主动提出辞职，连稍作反抗的表示都没有，确实是庸劣之极。“既而悔之，诈称诏复其本官”。辞职也就辞了。或许还能保得一命。估计回府后被王绪一激，他又后悔，想再要有所动作。
一番折腾，本来就怯懦庸下的司马道子也知道这位“左右手”根本不可倚恃。为了平息二藩起兵，他“乃委罪（王）国宝”，派人把王国宝、王绪逮捕入狱，很快，又称诏赐死王国宝于狱，杀王绪于闹市之中。
二王兄弟的人头还真管用。王恭罢兵，退还京口。殷仲堪虽声附王恭，一直犹豫未敢真正发兵。听见王国宝被赐死的消息，他才“抗表举兵”，遣部将杨佺期进屯巴陵。司马道子亲自写信劝止，殷仲堪也顺坡下驴，率兵还镇。
事情暂告一段落。
树欲静而风不止。司马道子的世子司马元显才十六岁，当时以宗室得为侍中，此少年“有俊才”，早熟老到，认为王恭、殷仲堪肯定会再次起兵，劝其父早做准备。司马道子见儿子所见不俗，大喜，拜司马元显为征虏将军，配了大批兵将归他指挥调度。同时，司马道子又用宗室谯王司马尚之、司马休之兄弟为心腹，派司马尚之的参谋王愉（王国宝异母兄，先前并未因王国宝而获罪）出任江州刺史，用为形援，以备王、殷两人的再次起事。
桓玄方面，见王恭、殷仲堪初次起兵无功而返，自己也没捞到便宜，便上书请求朝廷调任广州。会稽王司马道子正好心忌桓玄在荆州殷仲堪治内二人相互呼应，马上照准，调任桓玄为广州刺史。桓玄虽受命，仍旧在原地不赴任，拖延行期，以观时变。
豫州刺史庾楷对朝廷割其属下四郡由王愉掌管表示不满，上疏劝阻，朝廷不许。怀恨之下，庾楷派儿子庾鸿劝说王恭：“谯王司马尚之兄弟现在掌握实权，比王国宝还坏，目的是要借朝廷名义削弱方镇，要篡夺帝位。现在他们谋议未成，应先下手为qiáng。”
王恭早就怀疑司马尚之兄弟对自己的外甥安帝不利，听从庾楷之议，通使殷仲堪、桓玄，联合再次起兵。
司马道子闻变，派人去拉拢庾楷，说：“昔日我与您欢饮帐中，恩同骨肉。如果王恭得志，肯定认为您是反复小人，到时就怕您身首家族不保！”
庾楷很生气，提笔为书道：“当初王恭赴京拜陵，正是因为畏忌我才没敢起事。去年之事（指杀王国宝前的王恭起兵），我一直俟朝命而动。我待王爷，从未相负。但王爷不敢并力抵拒王恭，反而杀掉王国宝以自保。自那时起，天下人还有谁敢为王爷尽力呢？我庾楷可不敢以身家百口人命开玩笑。”
庾楷、王国宝两人是好友，因此，他不仅仅是为王愉分割他属下辖郡而恼，也是因老友王国宝被司马道子当替罪羊杀掉而恨恨不平。
闻知庾楷已答应王恭共同起兵，广征士马，朝廷上下惶扰不已。
年方十七岁的会稽王世子司马元显初生牛犊，丝毫不畏，劝其父说：“先前不讨王恭，故有今日之难。如果再放纵他，大祸可就会降临您头上了。”
司马道子忧惧，不知所为。于是，他悉以朝政托付给这个儿子，天天饮酒消愁。
“（司马）元显脱警，颇涉文义，志气果锐，以安危为己任”。一些附会奉承之人，均誉赞说司马元显神武不凡，有东晋明帝之风采。
由于王恭第一次起兵时徘徊观望，殷仲堪一直很觉自己没面子。此次兴兵，殷仲堪急不可耐，但自己又不会将兵，便把军事指挥权统统jiāo给时为南郡相的杨佺期。杨佺期为先锋，率水军五千先行。桓玄领兵继之。殷仲堪自带二万军，殿后而行。