在上述设施中，前两区是由布满高压电铁丝网的土墙围起来的，这两栋楼通常叫“总部”。（“要图”中用黑粗线标志）
在“要图”中，虽然巳做了标记，但在这里再次说明一下731部队的组织概况：
部队长：石井中将（1936-1942年，1945年3月至战争结束两段时间任职，在1942-1945年2月期间为北野少将）
总务部：部长中留中佐（后由太田大佐接替）
第一部：研究细菌，部长jú地少将
第二部：研究实战，部长太田澄大佐（兼）
第三部：制造滤水器，部长江口中佐
第四部：制造细菌，部长川岛清少将
教育部：训练士兵，部长园田大佐（后由西中佐接替）
器材部：实验器材，部长大谷少将
诊疗部：附属医院，部长永山大佐
此外，731部队沿苏满边境还设有四个支部和一个实验机场。即海拉尔、林口、孙吴、牡丹江支部和安达实验机场。
在大连还有一个由安东工程师（将官）率领的满铁卫生研究所，它直辖于关东军，在同731部队密切合作下，制造菌苗，并进行各种实验，实际上也可以说是731部队的支部。
战后，人们把731部队通称为“石井部队”，是由于这里的大规模设施和组织，都是根据部队长石井中将的创议而设置的缘故。
从1939年建成一系列设施起，约有2600余人在731部队从事细菌战的研究工作。其中大部分人是由日本内地大学医学部、医科大学或民间研究所派遣来的研究人员和学者。他们的身份是军队职员或工程师。
部队里设有19个令人毛骨悚然的研究作业班，按照现在的说法，就是“课题研究组”，过去任何书刊都没有发表过它的全貌。整个组织情况如下：
特别班：负责管理“马鲁太”①
①“马鲁太”系731部队内对在押活体实验用人员的称呼，日语原意为“圆木”，在这里把人视为任其随意使用的实验材料。一旦被送进731部队，无论哪国人，都不再称呼人的姓名，而称XX号“马魯太”了。——译者
第一部：笠原班，研究病毒
田中班，研究昆虫
吉村班，研究冻伤
高桥班，研究鼠疫
江岛班，研究赤痢
太田班，研究炭疽
凑 班，研究霍乱
冈本班，研究病理
石川班，研究病理
内海班，研究血清
田部班，研究伤寒
二木班，研究结核
草味班，研究药理
野口班，研究立克次氏体（斑疹、伤寒等病原体）
第二部：八木泽班，研究植物
烧成班，制造炸弹
第四部：柄泽班，制造细菌
朝比奈班，制造伤寒及疫苗
在东乡部队时，原来已经确定了这些研究班的正式编制名称，如“第一部细菌课”、“第一部病理课”等。但是东乡部队改称731部队以后，完全隐蔽了正式课名，从保密要求出发，只称呼班名。
这些班名是部队内部使用的一种“隐语”，正式编制名称是第一部下属14个课，如第一部田部班是第一课；凑班是第二课；江岛班是第四课；高桥班是第五课；石川班是第七课；吉村班是第八课；二木班是第十一课等。
在“课题研究组”编制表最前边列出了一个“特别班”负责管理“马鲁太”。
“马鲁太”是什么呢？
被剥夺了人格的“人”
所谓“马鲁太”就是指关东军宪兵队和特务机关以及它所管辖下的“哈尔滨保护院”里关押的苏联人、中国人和蒙古人俘虏（也包括朝鲜人）。
关东军宪兵和特务机关逮捕了潜入中国各地的苏联红军情报军官、在作战中成为俘虏的中国红军（八路军）gān部及战士、为反对日本帝国主义的侵略而参加抗日运动的中国记者以及学者、工人、学生乃至他们的家属等许多人。
关东军把捕获的俘虏叫“马魯太”，一律以特种转移的方式由各地送往731部队“口”字楼内的特设监狱之中。
被关东军逮捕的爱国者们，遭受非人的待遇，仅仅是被当做一块圆木头来使用的“马鲁太”。
由于是“马鲁太”，也就无须有人的姓名。凡是送往731部队的“马魯太”，每个人都编上一个三位数字的号码。然后按编号分给前面谈到的各个班，归各班所有。根据研究目的的需要，他们把“马鲁太”当做进行活体实验的“材料”来使用。
对部队的各个班来说，“马鲁太”的经历、人格自不待言，就连年龄也是毫无意义了。
在被送往部队之前，无论宪兵的审问是多么地残酷，“马魯太”仍然是会开口说话的人。
但是，自从他们作为“马鲁太”被关进部队之日起，全部都变成了无法生还的实验材料。
也有一些女的“马鲁太”，她们是以反日分子的嫌疑而被逮捕的俄国女人和中国的女学生。女的“马鲁太”主要用来作为性病的实验材料使用。
在部队“口”字楼的中间，有一幢混凝土的二层建筑，周围是用长廊围起来的。这里有许多单间牢房，每间牢房都有一个小窗户。这幢混凝土建筑同各研究班直接相联接，叫“马鲁太小屋”（即731部队特设监狱）。
特别班管辖的“马鲁太小屋”，左右分为两个部分，通常称做“7号楼”和“8号楼”。从移驻平房初期起，各建筑物就从1号起按顺序以编号称呼。原则上“7号楼”是关押男的“马鲁太”，“8号楼”是关押女的“马鲁太”，由于女的“马鲁太”少，有时“8号楼”也关押男的“马鲁太”。
据被告人川岛在哈巴罗夫斯克军事法庭上所作的证词，731部队经常关押着二三百名“马鲁太”。实际数字没有记录。
根据各班的实验研究的不同目的，“马鲁太”被转移到单间，或以三至十人为单位被转移到杂居房。
在送入731部队监狱之前，他（她）们一直受到关东军宪兵队夜以继日的拷问，但是，一旦被送进了731部队，就停止进行任何拷问和nüè待，也不qiáng制他（她）们服苦役。
不仅如此，他们供应“马鲁太”最好的伙食，给予充分的睡眠，甚至还发给他们维他命药剂，以便早日恢复已经衰弱了的体力，恢复为健康的肉体——这就是赋予被关押的“马鲁太”的任务。
由于获得了充分的营养，除了做完冻伤实验后的人以外，其他“马鲁太”都很胖，每天什么事情也不做。到接近供做实验时，肯定是死，或者说等待他们的是地狱般的痛苦，但是直到走上实验台的前一天，他们每天的生活是无所事事，表面上是十分无聊的。
作为“马鲁太”而关押的中国女教师做纸捻，并以它作材料编制小的中国鞋或其他工艺品。这就是“马鲁太”的日常生活。