同时，为了不让石井掌握的有关细菌战情报在公开审判中披露出去，就要尽可能地采取预防措施。
国务院指示把石井四郎等人提供的细菌战资料作为秘密情报处理，使之不泄露。
电报中使用“情报系统”（Intelligence Channels）来表示，也可以意译为“特殊情报渠道”。
Intelligence Bureau是情报局，Intelligence Officer是情报军官的意思。美国国务院巳摸透石井心思：“与其被苏军逮捕，还不如投靠美国，能延长生命。”
关于石井以731部队的细菌战资料与美国进行jiāo易，免于追究起诉其战犯的罪责，有关人士反驳说，“这并非进行jiāo易。在当时的情况下，除了唯美之命是从以外，别无选择的余地。”但是，这里有一份美方的资料可以确定两者之间有无jiāo易。
这是一份附有编号为SFE188/4和1947年9月29日的文件记录。
标题为：“国务院、陆、海军部三部调整委员会远东分会”。文件一开头写道：
参照SFE/2·SFE/3秘书备忘录，附上的文件是SFE为CAD代理成员的备忘录，分发给分会。
J·P·CRESAP USN司令秘书
在“附上的文件”中有如下记录：
一、CAD（陆军部民事部）代理成员对于国务院成员所说的“即使不做出这种保障，也可以从石井将军及其部下那里取得必要的情报”的记述，不能表示同意。
二、陆军部和空军的成员相信，这种情报（细菌战）在合众国的安全保障上极其重要，所以应该承担日后的困难等风险。
三、合众国军部、军队职员以及合众国政府当局领导认为，同石井将军及其细菌战集团保持着密切的个人接触，但只要不向他们表示（细菌战）情报不作为战争犯罪的证据来使用，就不可能获得具有最大价值的详细情报。
四、因此，最终最重要的是合众国的安全保障。
五、（a.省略）b.各部的不同意见，经过进一步研究之后仍不能统一时，各部不同的见解，可分别写报告送jiāoSWNCC（三部调整委员会）。
六、P&O陆军部和空军的委员同意上述事项。
这样，美国方面在把本国的安全保障看作最重要的这一点上统一了意见。
国家安全保障上的利己主义
美国国务院于1947年9月8日发出一份绝密文件，就保护石井四郎中将等731部队gān部的身份和收集细菌战资料问题，再次对麦克阿瑟总司令的详细方针做出设定：
一、CINCFE（麦克阿瑟）不得对石井及其他有关的日本人给予任何许诺，要采取以往一直使用的方法，尽可能地继续收集更多的细菌战情报。
二、由此而获得的情报，要全部保存在情报系统内，直到向国际军事法庭提供的证据表明犯罪事实又无法再隐瞒下去时为止。
三、虽不给石井等人做出免除战犯罪责的许诺，但是，可以告诉他们，美国当局从美国的安全保障的角度考虑，不对石井及其有关人员的战争罪责予以追究。
美国国务院的绝密文件明确地传达了美国对731部队的态度。接着，美国国务院备忘录向麦克阿瑟下达这一指示的“理由”，在附录A中这样写道：
1.日本的细菌战情报，对美国的细菌战研究计划来说具有重大的价值。
2.在手头的附录A第三项的资料纲要中，认为对揭发石井及其有关人员战犯的证据，其根据尚不充分。
3.对美国来说，731部队的细菌战资料的价值，远远超过了对石井等人追究为战犯所产生的价值。这在美国的国家安全保障上，更为重要。
4.通过审判战犯，透露出731部队的情报，使它传到别国，这对美国的国家安全保障上来说，是不明智的。
从日方获得的细菌战情报可保存在情报系统内，从石井等人取得的细菌战情报，不宜作为追究战争犯罪的证据来使用。
在东京国际军事法庭上，证据确凿，应继续使用上述方法到无法再采用时为止。
在附录B中附有致麦克阿瑟的如下信件：
一、在不做任何承诺情况下，从石井处获取所需的情报是可能的。危险的承诺，日后恐怕会给美国带来很大的麻烦。从国家安全保障的情况来看，必然会揭发石井等人，尽可能地依靠以往的方法继续收集情报；
二、上述一切联络，均作为最高机密来处理。
石井四郎等人企图保存生命，而美国“从保障国家安全需要上出发”，也必须救免731部队人员的罪责。因此，国务院绝密文件在“本文三”、“附录B”中一再重复qiáng调。
这样，就开始“避开苏联”的审讯。1947年12月12日致美国国防部化学战部长的“关于细菌战调查梗概的报告”记录了当时的情况：
关于哈尔滨和有关日本细菌战研究的受审人员如下：
受审人员自发地提供了情报，这一点是值得注目的。没有人提出通过审讯保障赦免战犯罪责的要求。
提供的情报，除KASAHARASHIRO保存着孙吴热的临chuáng资料外，其他受审人员全部是依靠记忆。不仅对事先提出的日本细菌战研究报告中的题目追加了情报，而且还能收集到不少报告中未提到的有关由日本人集中研究的人体疾病的情报。
金泽的病理学资料，由1943年ISHIKAWATACHIO从哈尔滨拿回来的约500人的人体标本组成。其中在研究上能有效使用的有400个。据OKAMOTOKOZO说，在哈尔滨的人体解剖，到1945年有千人以下。
据OKAMOTOKOZO说，850份标本记录中，有效资料有401件，资料不完备的317件。OKMOTO怀疑ISHIKAWA从哈尔滨带回了不到500件。
调查结果，收集到的证据，补充和扩大了这个领域以往的内容。这些资料都是日本科学家花费了数百万美元和多年研究才获得的。
情报是通过传染病接种细菌性的病源菌才得出的人体患病率的结果而取得的。这种情报涉及活体实验，受到良心谴责，是我们无法在实验室中取得的。
为了取得这些资料，花费了25万日元，同实际研究成本相比较，这只是微乎其微的零头而已。然而，收集到这些病理学上的资料是这种实验性质的唯一的物证。我希望做出一切努力，不要使自发提供这些情报的人卷入麻烦中去，也不要让这些情报泄露给别人（底特律克堡研究所Md基础科主任埃德温·V·希尔说）。
在取得以上大致情况的报告以后，从I947年10月29日至11月25日期间，进行了个别面对面的调查，其结果如下：
肉毒芽孢杆菌 ISHIISHIRO
M实验，对实验材料经两天培养，让5人摄取其菌，其中两人死亡。
布鲁（杆）菌 ISHIISHIRO
M实验对20人以上的实验材料进行了皮下注she。他只记得注she后，波状发烧持续了好几个月。
布鲁（杆）菌 YAMANOUCHIYOJIRO
患者1-4周发生波状发烧。发烧时血液呈阳性。（以下略）
此外，对5人进行肉毒芽孢杆菌实验，对20人进行皮下布鲁（杆）菌注she实验。
皮下注she及利用炸弹进行瓦斯坏疽实验。通过注she、吸入、鼻滴、肺内注she和咽喉涂抹，进行流行性感冒实验。