在活体实验问题上受到欺骗的桑德斯，是通过内藤的报告首次掌握了731部队的全貌，才可能陆续地审讯部队的gān部。9月9日在盟军总司令部，对陆军兵器行政本部的新美清一就化学武器问题进行审讯。同月27日，在陆军军医学校的审讯中，取得了芥子气和路易士气等毒气治疗法的报告（《每日新闻》1984年8月16日）。同月20日，在军医学校审讯了出月三郎（防疫室室长）和井上降朝（细菌学教室室长）。得到的回答是：军医学校防疫研究室负责防卫方面的任务，配置在哈尔滨、北京、南京、广东和新加坡的固定防疫给水部的任务，如同招牌上所写的是防疫给水。而对于细菌战武器及其研究，一无所知。对桑德斯来说，“这虽是关于细菌战问题最早的审讯，但这种回答是完全不能令人满意的”。出月等人不仅没有供出日本军医学校与哈尔滨（平房）731部队的关系，而且连进行过攻击性细菌实验也未jiāo代。10月1日再次审讯细菌战防御负责人井上降朝时，他说，军医学校的研究记录在遭受空袭中90%以上业已烧毁，巳不可能找到。但是，到了11月，新潟支部送来了记录的复制件，弄清了遗留下来的问题。1988年8月，山中恒先生发现了《陆岸军医学校防疫研究报告》中的第二部10号至947号，共61册（《朝日新闻》，1988年8月21日）。报告包括大量培养霍乱、鼠疫菌以及大量提炼河豚毒等内容，揭露出隐藏在731部队后面的防疫研究室的真实情况。此外，《研究报告》中包括了石井四郎于1940年3月30日在军医学校召开军医药物学会议上所作的演讲记录（第99号）。据此，认定固定防疫机构是关东军防疫给水部（哈尔滨部队长石井四郎，在编人员为1836人，1936年8月11日组成），除此之外，还有五个机构：华北防疫给水部（北京）、华中防疫给水部（南京）、华南防疫给水部（广东）以及“陆军军医学校防疫给水部研究室”（部队长石井四郎，东京在编人员310人，1933年4月1日组成），从而弄清了东京防疫研究室和防疫给水部的关系。另外，还有22支机动防疫机构，其中一支就是参与诺门坎事件的加茂部队（部队长石井四郎，在编人员为995人，1939年6月21日组成，已复员）。
由于对陆军军医学校有关人员的审讯“是完全不能令人满意的”，桑德斯又审讯了陆军省医务局局长神林浩和海军省医务局局长保利信明。在9月25日的审讯中，神林给桑德斯留下了“非常合作的qiáng烈印象”。事实上，10月2日他提供的731部队的基本资料：即部队的规模（本部、支部的驻地）、命令系统图、部队任务、本部组织机构图（731部队（平房）各部部长姓名以及牡丹江、林口、孙吴、海拉尔、大连各支队的支队长姓名），还有疫苗和血清的生产能力等，给人的印象是“在整个日军中细菌研究只不过是没有价值的小规模”而已。没有提出超过防御性实验的资料。内藤良一在10月6日的审讯中最早说“平房研究所的任务，从一开始就是将细菌战武器作为实战武器来研制的”。同时，结合示意图说明在平房建立这支部队的经过，以及“宇治”型炸弹、“波”型炸弹、“吕”型炸弹和母子炸弹等细菌武器的种类，桑德斯评价说：“这是初次揭示了日军细菌战计划的规模”，“今后的课题在于能否取得这些资料”，从而产生了获取这些资料的积极性。10月7日又就各种炸弹详情审讯了金子顺一。金子是一个到1941年为止在平房工作了三年半，后来又调至东京军医学校工作的人物。
1945年10月8日，增田知贞从哈尔滨回到东京。审讯取得了很大的进展，开始摸到部队的核心部分。之所以这样说，是因为增田是石井四郎的心腹，如果日本没有战败的话，继石井、北野之后，他会成为731部队的第三代部队长，是一个了不起的gān部。10月9日，增田在接受桑德斯审讯时jiāo代说，“在731部队秘密地进行细菌战的研究”，“研究攻击性细菌战的部门为了保密，相互之间是不能进行协作的”。从增田的经历来看，在军医学校任教官（1931-1932年，1941-1943年）和在731部队（1937-1939年，1945年4月至战争结束）工作，是jiāo叉在一起的，说明平房的部队和东京的军医学校之间有着极为密切的关系。由于增田患急性疟疾，使第一次审讯陷于中断。三天以后的10月11日和16日又进行了审讯。增田本人chuī牛说：“只有石井和我，才了解有关细菌战活动的全貌。”（10月8日）增田的口供成了“桑德斯报告”的核心。也就是说，他详细地供述了在平房用于实验的病原体种类、培养基、大量生产的方法、生存能力的研究、水井污染、动物实验、细菌喷雾（烟雾剂）、从飞机上直接撒布以及部队感染事故等有关情况和在实验中使用的病原体肠伤寒菌、副伤寒菌、赤痢菌、霍乱菌、鼠疫菌、炭疽菌、马鼻疽菌、破伤风菌等，以及在炸弹的野外实验中，使用了灵菌和炭疽菌两种等情况。另外，还供认在炭疽菌的研究中，两年内共使用了100匹马、500只羊。他初次供称，平房的研究费，1944年度为600万日元；部队人员数1939-1940年期间，最大规模时多达3000人，1945年部队崩溃之前为1500人。这样，于11月1日提出了“桑德斯报告”。
“桑德斯报告”总结了上述两个月审讯的情况。报告说，细菌战的中心机关设于平房，最多时拥有3000名部队人员，其重点放在制造实战用的细菌武器，研究过8种特殊炸弹，尤其彻底研究了“宇治”型炸弹，曾在野外进行过2000多枚的实验。但是，在这里没有jiāo代在安达进行野外活体实验的事实；同时，报告的“结论”中认为，日本细菌战计划未能制造出实用武器，而且还指出，即使手中掌握了细菌、化学武器，但由于担心美国用细菌、化学武器进行报复，所以，没有用于攻击（作战）。
桑德斯生病回国以后，盟军总司令部查到了潜伏在千叶县的石井四郎，把他带到东京。1945年底至1946年初，石井和盟军总司令部之间进行jiāo易（所谓“镰仓会议”），以换取细菌战情报为条件，盟军司令部免除731部队有关人员的战犯罪责。关于这件事，石井本人曾向若gān人说过。免除战犯罪责一事，早在1945年秋麦克阿瑟、威洛比和桑德斯三人就巳做出决定。桑德斯在接受记者采访，回答“你是否知道免除战犯罪责的jiāo易”的提问时说：“是的，那是1945年秋天，我和盟军总司令部的上司威洛比少将进行商谈之后，两人一起来到了总司令办公室。我们坐在麦克阿瑟两旁。我清楚地记得当时jiāo谈的内容。威洛比说，如果不保证不追究他们的战犯责任，就不能顺利地查明731部队的情况，是否可以由桑德斯中校出面做出这一保证呢？麦克阿瑟回答说：‘可以这样做。’威洛比问：‘桑德斯中校可以说是您的意思吗？’麦克阿瑟（默不作声地点了点头）。”为了接办桑德斯的调查工作，底特律克堡的阿沃·汤普森来到日本。他从1946年1月11日起至3月11日为止，进行了两个月的调查。这就是第二次调查。汤普森的调查，瞄准在石井的审讯上。对石井的第一次审讯是1946年1月17日在东京进行的，直到2月25日，期间断断续续地进行了审讯。1月9日，另一个部队长北野政次独身从上海乘美国飞机回国后，对他每周进行一次审讯。对石井的审讯，作为“关于日本细菌战活动的报告”，于1946年5月31日提jiāo给化学战部队长。这个“汤普森报告”收录在本书第三章和资料一中，已有详细说明，在这里予以省略。但是，石井四郎和北野政次都不仅隐瞒了进行活体实验的事实，而且有关731部队的其他情况，也作了谨慎的供述，使之不超越“桑德斯报告”的内容。这一点有必要加以注意。