据说，“天子一怒，伏尸百万”。虽然没那么夸张，也去之不远。尹嘉铨完全没有料想到自己这两个折子的后果：
朝廷立刻派出要员，将尹嘉铨锁拿入京。皇帝批发六百里加急急件，命北京和山东两处官员，抄了尹氏在北京和山东博野两处的家。
和雍正皇帝一样，乾隆也十分喜欢抄大臣的家。乾隆抄家与雍正抄家有一条不同，那就是格外注意“违碍文字”。乾隆对臣下的日记、书信、私人笔记特别感兴趣，每次抄家都会严命抄家官员细心搜检，看其中有没有“悖逆之词”。这次抄尹嘉铨的家时，皇帝特别指示，尹氏之“丧心病狂，实出寻常意料之外”，所以“恐其平日竟有妄行撰著之事”。因此“如有枉妄字迹诗册及书信等件，务须留心搜检，据实奏出”。因此，三月二十日天还没亮，前天夜里接到六百里加急上谕的大学士英廉就亲自带领大批兵丁，来到尹嘉铨在北京的住所，掘地三尺，细细搜罗。
不出皇帝意料，收获果然颇丰。作为一个“理学大家”，尹嘉铨不但藏书丰富，而且著作颇多。从三月二十日到二十二日，英廉共找到书籍310套，散书1539本、未装订的书籍一柜、书板1200块，以及书信一包共113封。乾隆组织一批翰林学士，组成“审读小组”，帮助他逐字审查。
在乾隆朝，只要想打倒一个人，最稳妥的办法就是审查他的文字。作为庸凡之人，谁也不能保证自己的每一句话都能“放之四海而皆准”，如有偏离“准星”之处，那么对不起，你就有可能犯罪了。经过细致筛选，乾隆在尹嘉铨所有文字中发现了数10处“悖逆”之处。
在后来公布的罪状中，皇帝说，最错误的一处，是这样一句：“朋党之说起而父师之教衰，君安能独尊于上？”
尹嘉铨认为，因为打击朋党而禁止士人拜师收徒是错误的。儒家性理之学十分jīng微，其中最微妙的部分，只能通过拜师授徒方式传授。如果把大儒讲学授徒一律定为“朋党”，把官场上门生与座师的关系也视为“朋党”，势必削弱“父师之教”，造成圣人之学的衰微，反而不利于皇权独尊。
乾隆认为，这句话是公开与雍正帝唱反调。
打击“朋党”是清代政治的主线之一。宋代以降，大臣们结成朋党的重要途径就是通过“师生关系”。由于科举时代录取率极低，考中者对于阅卷录取自己的主考官无不感激涕零，视为伯乐知音，一旦录取，就投拜这个主考官门下，成为他的门生。主考官往往通过这种方式结纳羽翼，门生也希望通过攀附座师而在官场迅速升迁，因此极易在朝廷形成一个个山头，党同伐异，造成朋党之祸。宋朝和明朝，败亡的主要原因之一就是由此。因此，雍正和乾隆使尽了种种手段，打击大臣们的“科甲”积习，也就是科举出身的官员们以师生关系结党的习惯。雍正皇帝曾御制《朋党论》，反对大臣们拜老师收门生。
乾隆说：
朋党为自古大患。我皇考世宗宪皇帝御制《朋党论》，为世道人心计，明切训谕，乃尹嘉铨竟有“朋党之说起而父师之教衰，君安能独尊于上”之话……不知是何肺肠？
尹嘉铨的第二大错误，是著了一本书，叫《名臣言行录》。书中记录了清初以来的一系列名臣如高士奇、高其位、蒋廷锡，乃至本朝的鄂尔泰、张廷玉的嘉言懿行。乾隆将此书定为大逆之作，认为它会助长人们的朋党思维。因为只有朝廷才有品评大臣的权利，臣民无权把谁定为“名臣”，又把谁定为“非名臣”。如果个人可以树立品评标准，必然容易造成大臣及其子孙的意见纷争。被列入名臣录的，其子孙门生自然会感激攀附，与其人结好。没有被列入的，其后代和同党必然起而攻之。这就很容易造成朝廷及士林的分裂。皇帝说：“乃尹嘉铨竟敢标列本朝名臣言行录，妄为胪列，谬致品评，若不明辟其拌，将来流而为标榜，甚而为门户，为朋党，岂不为国家之害，清流之祸乎？”这种做法，和尹氏在奏折中建议把一些理学名臣入祀孔庙一样，断非人臣所应为。
虽然前期打击朋党的成绩卓著，乾隆却从来没有掉以轻心。他深知这一政治顽疾虽然匿迹于一时，却绝不会就此寿终正寝。政治高压稍一放松，它就会死灰复燃。对朋党的警惕，无时无刻不存于皇帝心中。尹嘉铨自投罗网，一下子激活了皇帝心中的过度防御机制。
尹嘉铨的出现，让日夜不停搜寻自己统治漏dòng的乾隆又发现了专制政治的一个薄弱环节：民间讲学之风。
在中国历史上，民间讲学现象非常普遍。孔子收徒三千，就首开民间讲学之先河，也正式创立了儒家学派。到了宋代，书院大量出现，名儒大家各自以书院为据点，传授自己体悟到的圣人心法，讲学之风空前繁盛，理学由此兴起并成为儒学的主流。及至明朝，讲学之风达于极盛。大儒王阳明极重讲学，认为这是开启智慧、传播学术的最佳方式，故一生讲学不休，甚至军旅之中也日夜不辍。王阳明的后学们光大乃师之风，或依托于书院，或约期于山水，甚至庙堂林野，寺观名胜，招朋引众，讲学辩论，宗风所及，几乎无处不讲学，无人不讲学。
民间讲学具有高度的自发性和qiáng大的生命力。它的目的是探讨发展学术真谛，陶铸学人完善的人格，而不像官学那样以科举入仕为唯一目标。民间讲学一秉学术自由的原则，尤其重视辩驳争论对学术发展的推动作用。各书院之间经常举行大规模的辩论会，各派学者云集荟萃，彼此攻伐，极大地促进了儒学学理的深入发展。日常师生之间，也注重质疑问难，宋代之后所流行的各家语录，一般就是书院师徒间的问答记录。
然而步入清代，自由讲学之风却戛然而止。萧一山说：“清人以异族入主，时不免存疑忌之心，对于智识阶级为尤甚。聚众讲学，形同煽惑，是以深中清廷之忌。”所以，顺治十七年（1660年），朝廷颁布命令，严禁士子会盟结社。各地民间私人书院也被政府转变为官办，原来自由学术研究的场所沦为科举考试的预备机关，讲学内容与规模受到严格限制。自由讲学之风由是渐息，清代之学术，“乃渐由学术团体，一变而为私人研究”。
然而，天下承平日久，自由讲学之习在乾隆朝又有所抬头。特别是尹嘉铨这样以道学自命的“道学家”，更认为自己获得了圣人的“独传心法”，不传授给他人实在是一种损失，因此私下里仍然大肆收徒聚众，退休之后，更是奔走于各书院之间，宣扬自己的独特见解。乾隆认为，这是“盛世”的一大威胁。
清初统治者反对讲学，主要是怕汉人借此进行yīn谋集会。及至乾隆时期，这种威胁几乎已经不存在。乾隆认为，讲学的最大威胁在于容易滋生朋党倾向。对于提倡纲常名教的道学本身，乾隆是坚定支持的。但是对于大小臣工学程、朱、陆、王诸大儒的样子，要求学术自由，百花齐放，自由辩论，他则绝不允许。正如鲁迅所说，“因为一学样，就要讲学，于是而有学说，于是而有门徒，于是而有门户，于是而有门户之争，这就足为‘太平盛世’之累”。盖党内有党，派内有派，是宗教和学术的共同规律。儒学内部并非铁板一块，儒学思想的生长点也是多源的，许多儒学大家往往把自己视为儒家正统，而把他人视为异端或非正统。自由讲学、自由辩论很容易导致一些不同学术派别的争执甚至冲突，而科举出身的朝中官员无不是儒学信徒，学术上的分门别类极容易引发政治上的矛盾斗争。比如宋代朱熹与陆象山就曾经势如水火，彼此辨别不休，在朝大臣也卷入其中，分成派别门户，门户之争又发展成朝臣的朋分角立，引发了朋党之争，不以皇帝的是非为是非。如此，“小则紊乱朝政，大则颠覆宗社”。