同治二年五月，江苏大部已经收复，曾国藩与江苏巡抚李鸿章开始研究江苏的减税问题。鉴于江西经验，江苏的陋规裁革力度没有江西的大，对于原有的陋规，有的裁革，更多的则予以保留。“只期只敷办公，不准逾额浮收。”改革之后，江苏的漕粮负担只减去了百分之二十七。这个幅度远较江西为小。
太平天国战争耗尽了曾国藩的心力。越到晚年，他对官场上的陋俗越持“浑和宽容”的态度。这种心态使得他不能下定决心，从根本上重新厘定陋规，建立一套清楚合理的新财政体系。他采取了承认现实的态度，认为陋规形成多年，合理因素与不合理因素纠结难分，无法彻底清理，只能因势利导。他说：“大抵风俗既成，如江河之不可使之逆流。虽尧舜生今，不能举斯世而还之唐虞。贤者办事贵在因俗而立制。所谓‘除去泰甚’者耳。”
从整体上看，江南地区的减赋政策对太平天国战争后经济的恢复功不可没。战争停止几年之后，原本被蹂躏得毫无生气的江南地区已经重现繁荣，许多地方已经见不到战争的痕迹。同时，官员们的贪婪榨取得到一定程度的约束，对澄清两江地区吏治也起了重要作用。
五
吏治的另一个关键问题当然是对官员的任用和管理。有治人无治法，是传统政治的不变信条。
到达祁门之后，曾国藩立刻派出幕僚，秘密考察两江地区所有高级官员（府道以上）的优劣。同时，他又要求副省级和道员级官员们汇报自己属下官员的情况。同时命各级基层官员以公文形式，谈一谈自己对本地形势和任务的看法，以此考察官员的素质：“密札司道，举劾属员，札各营统领，举劾营官哨弁，均得以密函上达。札饬道府州县官，访求地方利病、山川险要，留心所属绅民之才俊、田野之树畜。现前急应办理事件，均用书函答复。”
他还仿效唐代武则天之法，在衙门口置一木匦，名为举劾箱。号召所有军民人等，举报贪污不法官员，总督衙门对举报人严加保护。
通过一番考察，曾国藩认为两江地区急需从外地调来几位高素质的官员，来作为本地官场的楷模，为此他写信给胡林翼等好友，请他们推荐好官：“唯须得极清廉极贤之州县一二人，来此树之风声。”他甚至想把安徽省北部的地方官全都换掉，为此写信向胡林翼求助：“皖北州县，一一皆请公以夹袋中人才换之，俟当附片奏之。”
虽然对官场进行了一番洗汰，但曾国藩对两江地区的官员整体素质一直不满意。同治元年，他在给安徽巡抚李续宜的信中说：“他选用的州县官员‘皆不惬物望’，而李巡抚留用的那些人‘也非称意之选’。”这反映了大清帝国晚期吏治极度败坏之下官员素质的整体陷落。因此，曾国藩只能降格以求，以能找到“中材”为满足。到同治二年夏初，他在给郭嵩焘的信中还认为自任总督以来，“吏治毫无起色，可愧之至”。
六
直到调任直隶总督后，曾国藩才发现，和这个天子脚下的省份比起来，两江地区的地方官素质还是很高的。
同治七年七月二十日，曾国藩奉命调任直隶总督，成为天下各省督抚之首。在赴保定就任途中，曾国藩一路留心考察直隶的吏治，结果令他十分惊讶。他说直隶“风气之坏，竟为各省所未闻”，“此间吏治极坏”。
他发现，有的直隶地方官到任一年多，竟然没有升堂问过一次案。另一个问题是各地随便摊派抓差，以致穷人纷纷逃亡。在给皇帝的奏折中，他这样汇报：
臣入境以后略询民间疾苦，大约积狱太多，羁累无辜。闻有州县到任年余，未曾升堂一次，讯诘一案者。又因连年用兵，差徭甚重，大户则勒派车马，供支柴草；小户则摊派钱文，掳充长夫。劣绅勾通书役，因缘讹索车辆，有出而无归。贫户十室而九逃。
曾国藩决心痛加整顿，“大加参劾”，“严立法禁，违者重惩”。他对朋友们说，自己“素非苛刻者流”，这样做实在是迫不得已，“非刚猛不能除此官邪”。
在对属下官员们进行深入考察了解之后，曾国藩于同治八年四月将第一批应参应举之员汇奏朝廷。这次参劾的十一名劣员均为知县、知府以上官吏，其主要劣迹或是“性情卑鄙，操守不洁”，或是“貌似有才，心实贪酷”，或是“擅作威福，物议沸腾”，或是“品行卑污，工于逢迎”，或是“专事夤缘，贪而多诈”，或是“浮征勒派，民怨尤甚”，或是“词讼置之不理，积压尤多”，或是“疏慵不理公事……浮收勒派，贪名久著”。与此同时，又据实情将李朝仪等十名贤员的事迹加以表彰。
九月上旬，他又递上第二批举劾官员的名单，包括参劾劣员八名，保举贤员九名。
经过整顿，直隶官风大为改观，然而，曾国藩并不满意。他说：“年内两次举劾，虽舆论尚谓不谬，而官场习气全未转移。”就在曾国藩准备将整顿吏治进行到底之际，发生了“天津教案”。之后他又调回两江总督原任，使得直隶吏治整顿半途而废。
第五节 向小吏低头：曾国藩与潜规则
一
除了清的一面，曾国藩也有“浊”的一面。
总督时期，曾国藩在人情来往上开支不少。
在官场应酬上，曾国藩并不标新立异，而是尽量从俗。刚刚就任总督时，他曾经要求部下免于迎送，时间长了，他发现这种要求实在难以贯彻，徒然惊世骇俗，并无实益，所以越到后来，就越随波逐流了。
同治十年九月底，曾国藩到苏州阅兵。他写信给曾纪泽谈到在苏州这几天的应酬情况：
余于二十八日抵苏后，二十九竟日拜客，夜宴张子青中丞处。三十日在家会客，织造及质堂、眉生、季玉公请戏酒。初一日在恽次山家题主，后接见候补百六十余人，司道府县公请戏酒。初二日早看操，夜湖南同乡公请戏酒。
可见天天拜客，日日戏酒，曾国藩的所作所为，与一般官僚并无二致。只不过在遵从成规的同时，他尽量降低规模，简化形式，处处为他人考虑，不想给下属造成过大负担。十月初他到达上海，正好赶上他的生日。十月初十，生日前一天，地方官员们请戏酒给他预祝。十一日正生日，接惯例又要“正祝”一番。曾国藩怕大家破费太多，竭力辞退，而是自己花钱请了几桌客：
初十日，各官备音尊为余预祝。十一日又将备音尊正祝。余力辞之，而自备酒面款接各客。内厅抚提藩等二席，外厅文武印委等二十席。虽费钱稍多，而免得扰累僚属，此心难安。
这二十多席想必花了他不少钱，然而吃吃喝喝只是他日常开销中最小的部分。
两江总督本是天下最“肥”之“缺”，曾国藩的前任们因此手笔都比较丰阔。曾国藩既袭此任，在许多方面也不得不萧规曹随，比如致送炭敬。