这一时期的朝鲜，国王昏聩，闵妃弄权，官吏贪污，盗匪猖獗，民穷财尽，路无行人，灭亡的命运已至不可避免的境地。在这种情形下，朝鲜又出了东学党起义。
东学党起义给日本造成一个夺取朝鲜的机会，也促成中日的甲午战争，对于东方近代史，是很重要的。
东学党是一种半宗教性的会党组织。什么叫做东学党呢？它是合儒释道为一体的东西，它是朝鲜保守旧势力对抗西方势力的一种民间组织。它的立意既然是对抗西教，所以自号东学。它的酝酿经过了若gān年，其情形极似后来在中国发生的义和团。开始并不叫做东学党，直到一个崔时亨的人出来替天行道，东学党才盛行朝鲜。崔时亨是朝鲜全罗道东阜系人，自号“纬大夫”，摘选佛老断章片句，自成一家，辗转传授，信徒日多，饥民揭竿相从，公然要攻城略地。朝鲜政治腐乱，财政困难，军队粮饷不发，当然无心替王室作战，崔时亨率领东学党乘机起义，占领了全罗道，转攻忠清道，所向无敌，气势很盛，在全罗道有兵团千余名悉数被歼，韩廷派遣洪启薰率兵进讨，兵将都不用命，韩廷中有大半数主张请袁世凯代为征讨。袁认为必须依条约邀日本共同出兵，所以一面电北洋大臣陈述意见，一面为韩廷划策，建议用兵方略。怎知这时朝鲜民心士气都已失尽，兵不听命，将皆丧胆。北洋方面获知朝鲜东学党起义，乃派兵船一只，载jīng兵二三百人登陆仁川，另派提督叶志超率一千多人为后援，可是日本兵舰已载日兵七千余分向仁川、釜山登陆，在所有战略要地布防。东学党见中日均有大军到临，遂纷纷作鸟shòu散，中日远征军均未发一枪一弹而东学党即已溃散。乱平后日军仍驻扎各重要地带，袁世凯看出日本别有用心，因此亲往访晤日本公使大鸟，对大鸟说：贵国大兵已至，中国先头部队虽少，继续还有大军增援，现在乱党已平定，中日两军如留驻朝鲜，可能因细故而生隙嫌。万一发生事端，必导引欧美各国派兵来韩，这样一来不止是朝鲜的灾难，亦对中日两国均不利，为今之计不如贵我两国同时撤兵。大鸟则对袁答复说要把袁的这番话报告日本政府，其实这不过是拖延策略。
清廷运兵至朝鲜的军舰名济远舰，管带（即舰长）方伯谦率舰泊仁川港口，见日本军驻仁川的一天比一天多，深恐万一发生纠纷众寡不敌，为日军所乘，因此通知袁世凯后径行移船先去。清军一退，朝鲜京城和仁川到处都是日兵，中国旅韩商民纷纷迁避。
日军咄咄迫人，袁世凯坐困朝鲜。他奉李鸿章的命令是继续敦促日方撤兵，可是在那种情形下，日兵如何会撤呢？袁因此密电北洋，请急调南北洋水师来援，同时集中陆军驻防东北，以应缓急。并且请欧美驻华使节出面调解，可是一切都太迟了，日本抓住了这个机会，决心吞吃朝鲜，即使与清朝一战也在所不惜。
日本在朝鲜既不理会清廷要求同时撤军，相反的还陆续增兵挑衅，而在国际上则由外相陆奥重光提出一个中日两国共同改革朝鲜内政的建议。日本这个企图是看准了中方不会接受日本在朝鲜和中方站在同等地位共管朝鲜，只要中方不接受日本提议，日本便找到了翻脸的机会，借此独断独行。
果然，清廷的答复依然还是要日军先撤出朝鲜才有谈商的余地，而日本则厚着脸皮，横蛮地坚持先要讨论改革朝鲜内政问题，待这个问题有了具体结果，才能撤兵。
清政府中有头脑应付中日问题的，只有李鸿章一人，李鸿章当时应付国际局势的策略是“以夷制夷”。这个策略不一定是最好的策略，但在当时的情势，也只有这一着棋。
所以日本在朝鲜问题上向清廷摊牌，李鸿章知道无法与日本诉诸战争，乃转而希望用俄国对付日本。因为俄国对朝鲜也有兴趣，也已插手，自然不愿见日本占有特殊利益，因此李鸿章便透过俄国驻华公使喀西尼，希望帝俄出面gān涉，或由帝俄联合英美法意各国，制止日本的野心。可是这时日本也向帝俄及欧美各国积极活动，解释日本的目的是在改变朝鲜的现状，清除朝鲜的反动势力。各国鉴于朝鲜排外分子的过分顽固，对于日本的话也能接受，同时日本并向帝俄保证它对朝鲜没有领土野心，决不侵占朝鲜领土。这样一来，李鸿章所凭借的一张王牌便打不出来了。当中日面临决裂，李鸿章一再催促帝俄出面gān涉时，帝俄的回答是：“俄国只能以友谊劝日本撤兵，不能相qiáng”。于是李鸿章想透过国际gān涉以阻止日本在朝鲜的野心这一计划便落空了。
对于在朝鲜所发生的中日纠纷，清廷上下都很激动，愚昧的清廷朝野面对日本明治维新以来的进步竟是茫无所知。大家觉得若gān年来受够了英法等国的欺凌，一股怨气无处发泄，如今还要受东洋小鬼的气，实在是“是可忍，孰不可忍？”因此当时主张对日qiáng硬，对日宣战的呼声高达沸点了。
了解当时清军无法和日军一战的，只有李鸿章。李鸿章自同治十三年（1874年）日本侵袭台湾起，就主张以日本为假想敌扩充海军。光绪十四年（1888年）开始，海军经费就被挪用来修建颐和园，以作西太后晚年休憩游乐之地，海军从此即未添置新舰。中日甲午之战爆发前六个月（1894年2月），北洋海军提督丁汝昌请求改装铁甲船镇远与定远上的大pào，需银61.3万两，可是海军衙门一文不名。这年四月李鸿章主持海军大校阅，发现中国的海军全无新舰，既无法和英美法俄的海军比，也无法和蕞尔小邦的日本比。
对日作战需要海军，海军既然如此，怎能宣战呢？
当清廷对日本和战的争论还未一致，日军已大举进驻朝鲜了，袁世凯一再向李鸿章请示方策，李鸿章所能指示的也只是命袁谨守岗位，引据条约促日本撤兵。除了这样指示而外，毫无实际支援。可是弥漫整个中国的，是一片战争的呼声，因此袁世凯致电北洋大臣，他坦直地说：“倘若朝廷决定对日作战，则请先撤回在韩的使署人员，世凯以一身报国，无所恇畏，但恐有rǔ使命，有损国威。”
袁世凯这时的处境的确很艰难，因为东学党人对袁不好，认为袁帮助韩政府对东学党qiáng施压力，主张用兵，所以在东学党高涨的时候，一部分党人竟想暗杀袁世凯，使得袁在这一期间不敢出使馆大门一步，使馆等于被禁困，柴米油盐都很缺乏，许多职员看见情势不佳，都托故潜遁。等到日兵大举入韩，东学党虽已敛迹，可是朝鲜的亲日派拥大院君出场，朝鲜的亲日派当然是反袁的。大院君不忘旧仇——当年壬午之乱，袁助吴长庆捕捉大院君送至保定一段住事，因之恨袁入骨。而日本巴不得利用朝鲜人把袁除掉。
迨日兵进占朝鲜京城后，遂公然派兵架大pào于袁世凯的使署前，pào口指着使署，于是朝鲜京城内外谣言纷起，人心惶惶。
袁被困在朝鲜使署，幸得他在朝鲜所娶的第三姨太闵氏力予照应。袁在家乡已娶元配于氏，其后又在陈州讨过一位二姨太，在朝鲜时期，由唐绍仪的介绍，娶了这位朝鲜佳丽闵氏。这位闵氏夫人得侍清朝的钦差大臣，自也满心乐意。当东学党起义，袁处境危难，心情也十分恶劣；由于袁少年得志，在朝鲜一帆风顺，一旦遇到逆境，实在很烦恼。闵氏夫人侍袁体贴照料，尤其因她是朝鲜女子，出入使署不受人注意，所以袁对外的连络便多借助这位如夫人了。