筹安会成立后，孙中山乃下令讨袁，令革命党同志潜伏各地暗中布置。4年10月陈与许崇智奉孙中山命潜伏广东，由东京路经上海，上海同志坚留陈在沪主持反袁工作，许崇智遂上书孙，请准陈留沪，负责一切，孙中山答应，陈乃在沪布置一切。当时上海镇守使是袁的死党郑汝成，有jīng兵数万扼长江咽喉，控制海军、为袁世凯的东南屏障。
陈其美和革命同志认为如果不除郑汝成，则上海形势将不利于反袁活动。11月10日是日本天皇登极典礼，驻沪日本总领事开会庆祝日皇登极，郑汝成因是上海军政最高首长，照例必须往贺，陈其美乃布置死士十余人，预伏于龙华到日本领事馆所经路线，英租界外白渡桥一线由jīng于枪法的王晓峰、王明山二人担任。王晓峰是吉林人，王明山是山东莱阳人。10日晨，王晓峰持两支手枪，王明山怀两颗炸弹，埋伏在白渡桥侧。11时许，郑汝成偕其司务长乘汽车来，将近外白渡桥，因为车辆拥挤，乃徐徐慢驶。王明山乃以第一枚炸弹扔向郑车，未击中，炸弹爆炸声使行人仓皇逃避，郑的司机拟开快车，说时迟那时快，王明山再向车内掷出第二枚炸弹，只见轰隆，车盖爆裂，玻璃纷飞，郑汝成当场被击晕，车亦停驶，王晓峰乃攀附车门，用驳壳枪猛she郑头部十余发，郑遂当场毙命。两位壮士击毙郑汝成后，神色自若，态度从容，弃枪就捕，从容赴义。
郑死后，袁世凯极为震动，以杨善德继任上海镇守使。杨没有郑jīnggān，革命党人遂发动12月5日的肇和兵舰起义。
肇和兵舰起义，是陈其美一手策划的，总机关设在上海法租界霞飞路渔阳里五号，以蒋中正、吴忠信、杨庶堪等分任军事、财政、总务之责。
12月3日袁世凯欲运兵南下，命肇和舰于6日开赴广东。革命竞认为肇和舰已运动成熟，若听其离去，殊为可惜，陈其美遂征得肇和舰长huáng鸣球及舰上练习生陈可钧等同意，定于12月5日起义。决定由杨虎率领一部分同志占领肇和舰，猛轰制造局；由孙祥夫率一部分同志占领应瑞、通济两舰，为肇和舰后援；制造局及城内一部分联络成熟的军警，立即响应。推陈其美为淞沪司令长官，吴忠信为参谋长。5日下午4时，杨虎率海军陆战队同志30余人乘小汽艇袭取肇和，陈可钧等在舰上响应，顺利占领肇和舰，立即向陆上攻击。不幸另一支由孙祥夫率领之同志，所乘小汽轮没有照会，被租界巡捕房gān涉，无法开出，遂不能按照计划占领应瑞及通济两舰。因此肇和舰遂陷于孤立无援。陆上同志闻肇和舰pào声，即照原计划分别向电报局、电话局、巡警总局、工程总局等机关进攻，陈其美偕蒋中正督战，但袁军pào火猛烈，革命军伤亡众多，海上、陆上都无后援，遂至功败垂成。
云南起义后，陈其美在上海策动各地起义。袁世凯特驻重兵于上海，不敢他调；同时暗中布置，要暗杀陈以除心腹之患。
南京浦口商埠筹备督办蔡某是袁世凯心腹，袁命蔡物色一个可靠的人筹划暗杀陈其美的工作。蔡和张宗昌是赌友，两人均jīng于赌博，因此相知甚深。有一天蔡约张打牌，张赴约，只见蔡一人，很是奇怪，蔡乃延入内室，郑重问张有没有胆子替老头子（指袁）gān一件重要工作。张这时屈居冯部副官长之职，颇不得意，正想往上爬，一听袁有密令，立即答允。于是蔡乃去电北京，第二天袁有密电给冯国璋，命张宗昌克日来京。冯乃令张即日去北京一行。张晋京见到袁，袁即授以杀陈其美任务，且予以大洋5万元。张返南京，冯询以赴京经过，张对冯说：“大总统jiāo我一个任务，是极秘密的，可是我对督师却不能不说，总统要我找人刺杀陈英士。”冯听张所说，即表示支持，因为陈其美在上海对冯亦是一大威胁。
张宗昌于是携巨款赴沪，可是如何实现刺陈计划，亦颇费周章，因为陈在上海的活动也很谨慎，北洋的人是无法接近的。正当他一筹莫展，无计可施时，却在一个偶然机会中碰到了曾当过他的排长，但被他斥革的同乡程子安，程见到张极力表示感激，因为程接到家书，知道张回掖县时曾经去谒见程母，且送了300大洋，所以这次在上海见到同乡老长官，非常亲切。张问程现gān何事？程说在陈其美处跑腿，混混日子而已。张进一步询问，程言及在陈左右颇受排挤，极不得意。张闻程言为之心动，乃相约第二天赴长三堂子欢聚。第二天相晤，酒酣耳热，张悄悄对程言及刺陈事，认为这是升官发财的大好机会，劝程负责策划一切，程亦欣然慨允，遂积极布置。
5月18日陈其美在上海萨坡赛路被刺。后来证实袁世凯为了杀陈付出了70万大洋的赏金。
孙中山在袁世凯死后，曾追祭陈，且亲撰祭文，有云：
“……君总群豪，与贼奋搏。百怪张牙，图君益渴，七十万金，头颅如许，自有史来，莫之或匹。君死之夕，屋欷巷哭。我时抚尸，犹勿瞑目。曾不逾月，贼忽自殂，君倘无知，天胡此怒？含笑九泉，当自兹始。文老幸生，必成君志。……”
北洋军阀史话
八十九、袁被迫下令撤销帝制
5年1月5日，袁世凯正式对云南护国军用兵，颁布讨伐令，令云：
“前据参政院代行立法院奏称：唐继尧、任可澄拥兵谋乱，声罪请讨。又据各省将吏先后电称：蔡锷等通电煽动，请加惩办等语，当时疑其另有别项情节，先将唐继尧、任可澄、蔡锷褫职夺官，听候查办；嗣据各路边报，蔡锷纠合乱党，潜赴云南，诱胁该省长官及一部军人，谋叛国家，破坏统一，宣言独立，遣兵窥川，稍拂逆谋，横遭残害，妄自尊大，擅立官府，人民多数反对，饮泣吞声，不能抗其威力。又任意造谣，传播远近，妄称某省已与联合，某国另有yīn谋，非诈欺惑众，即挑拨感情，呓语谎言，全无事实。各省军民，服从政令，拱卫国家，各友邦又皆希望和平，敦睦邦jiāo，决非该逆等所得诬蔑。当滇变肇端，政府及各省将吏，驰电劝诰，苦口热心，积牍盈尺，而该逆等别有肺肠，悍然不顾，以全体国民所决定之法案，该逆等竟敢以少数之jian人，违反举国之民意，于政府之正论，同僚之忠告，置若罔闻，丧心病狂，至此已极。该逆等或发起改变国体，或劝进，一再赞同，为日几何，先后迥异，变诈反复，匪夷所思。自古国家初造，类有狡黠之徒，包藏祸心，托词谋变；而如该逆等之yīn险叵测，好乱性成者，亦不多见。至滇省人民，初无叛心，军士亦多知大义，且边陲贫瘠，生计奇艰，兵仅万余，饷难月给，指日瓦解，初何足虑。国家轸念滇省军民，极不愿遽兴师旅，惟该逆等倚恃险远，任意鸱张，使其盘踞稍久，必致苦我黎庶，掠及邻封，贻大局之忧危，启意外之牵涉，权衡轻重，不敢务为姑容，竟废国法。着近滇各省将军、巡按使，一体严筹防剿，毋稍疏忽，并派虎威将军曹锟督率各师，扼要进扎，听候调用。该省之变，罪在倡乱数人，凡系胁从，但能悔悟，均免追究，如有始终守正，不肯附乱者，定予褒奖。所有滇省人民，多系良善，尤应妥为抚恤，勿令失所，用副予讨罪安民之至意。此令。”