黎虽然就了职，一个问题却引起了争论，便是《约法》有两个，是新《约法》呢？
还是旧《约法》？旧《约法》是民国元年的，新《约法》是民国3年的。
西南军务院抚军长唐继尧于6月10日通电提出四大条件：
（一）请黎大总统即日宣言恢复民国元年公布之《临时约法》；（二）请召集民国二年解散之国会，依法补选副总统，及要求同意任命国务员，组织正式国务院；
（三）请惩办帝制祸首杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛、朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震chūn、袁乃宽等十三人；（四）请下令召集军事特别会议，由各省都督或将军各派代表在上海开会，议决一切善后军事问题。
西南军务院副抚军长岑chūn煊亦宣称这四个条件是护国军方面一致主张，如北京方面同意接受，抚军院当立即撤销。唐、岑的通电发出后，在上海的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则联名通电呼应。国会议员谷钟秀、孙洪伊等则在上海登报召集议员自行集会，以拥护法统，维持新《约法》为奋斗的目标。
段祺瑞不赞成恢复旧《约法》，6月22日他通电各省，内云：
“huáng陂继任，元首得人。半月以来，举国上下所龂龂致辩争者，《约法》而已。然就《约法》而论，多人主张遵行元年《约法》。政府初无成见。但此项办法，多愿命令宣布，以期迅捷，政府则期期以为未可。盖命令变更法律，为各派法理所不容，贸然行之，后患不可胜言；是以迟徊审顾，未敢附和也。
或谓三年《约法》，不得以法律论，虽以命令废之，而无足议，此不可也！三年《约法》，履行已久，历经依据，以为行政之准，一语抹杀，则中国一切法令，皆将因而动摇，不惟国际条约关系自重，不容不再三审慎，而内国公债以及法庭判决，将无不可一翻前案，加之何其可也？
或又谓三年《约法》出自约法会议；约法会议出自政治会议，与议人士皆政府命令所派，与民议不同，故此时以命令复行元年《约法》，只为命令变更命令，不得以变更法律论，此又不可也。三年《约法》，所以不餍人望者，谓其起法之本，根于命令耳！
而何以元年《约法》，独不嫌以命令复之乎？且三年《约法》之为世诟病，佥以其创法之始，不合法理，邻于纵恣自为耳！然尚经几许咨诹，几许转折，然后始议修改。而今兹所望于政府者，奈何欲其毅然一令，以复修改以前之法律乎？此事既一误于前，今又何可再误于后？知其不可而尤而效之，诚不知其可也。如谓法律不妨以命令复也，则亦不妨以命令废矣！今日命令复之，明日命令废之，将等法律为何物？且甲氏命令复之，乙氏又何不可命令废之？可施之于约法者，又何不可施之于宪法？如是则元首每有更代，法律随为转移，人民将何所遵循乎？
或谓国人之于元年《约法》，愿见之诚，几不终日，故以命令宣布为速。抑知法律争良否，不争迟速，法而良也，稍迟何害？法不良也，则愈速恐愈无以系天下之心，天下将蜂起而议其后矣！纵令人切望治，退无后言，犹不能不虑后世争乱之源，或且舞法为jian，授我以资为先例，是千秋万世，犹为国史增一汗痕，决非政府所敢出也。总之，复行元年《约法》，政府初无成见，所审度者，复行之办法耳！诸君子有何良策，尚祈无吝教言，俾资考镜。”
唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则致电驳复，词意坚决，略谓：
“如此次我大总统依法继任，政府对内对外，迭经声明，所依何法？非根据元年《约法》规定程序所衍生之大总统选举法耶？使三年《约法》而为法也，一法不容二存，则被该法所废止之《大总统选举法》，定当非法，云何能依？果尔，则何不于六月九日，开所谓石室金匮以别求元首？夫我总统正位，而国内外共仰为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成为法也。又如我公今所长之机关为国务院，国务院者，元年《约法》上之机关，三年《约法》所未尝有也。三年《约法》若为法，元年《约法》定非法，公所长之院何由成立？今发布院令而中外共许为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成法也。揆诸法理如彼，征诸事实如此，则三年《约法》之非法，确成铁案。”
北洋系方面既然不愿恢复旧《约法》，所以拟议仿照约法会议，来修订一个新约法，议会纷纭，莫衷一是。
6月25日，上海海军突宣布独立，驻沪海军总司令李鼎新、第一舰队司令林葆怿、练习舰队司令曾兆麟发表联合宣言，因拥护旧《约法》而宣告独立，电曰：
“自辛亥举义，海上将士，拥护共和，天下共见。癸丑之役，以民国初基，不堪动摇，遂决定拥护中央。然保守共和之至诚，仍后先一辙，想亦天下所共谅。洎乎帝制发生，滇南首义，筹安黑幕，一朝揭破，天下咸晓，然于所谓民意者，皆由伪造，所谓推戴者，皆由势迫。人心愤激，全国扰，南北相持，解决无日。战祸迫于眉睫，国家濒于危亡。海上诸将士，佥以丁此奇变，不宜拘守常法，徒博服从美名，无补于大局，当与护国军军务院联络一致行动，冀挽危局。正在进行，袁氏已殒。今黎大总统虽已就职，北京政府仍根据袁氏擅改之《约法》，以遗令宣布，又岂能取信天下，餍服人心？其为帝党从中挟持，不问可知，我大总统陷于孤立，不克自由发表意见，即此可以类推。是则大难未已，后患方殷。今率海军将士于六月二十五日加入护国军，以拥护今大总统，保障共和为目的，非俟恢复元年《约法》，国会开会，正式内阁成立后，北京海军部之命令，断不承受。誓为一劳永逸之图，勿贻姑息养jian之祸，庶几海内一家，相接以诚，相守以法，共循正轨而臻治安矣。”
上海海军的独立，使段感到事态严重和自身陷于孤立。当时中国海军共有三个舰队，第一舰队是海军的主力。这次公然独立，不仅严重地威胁北洋系势力下沿海各省区，同时还可以帮助护国军运兵北上。
段祺瑞这才了解问题严重，乃不再坚持要行新《约法》，同时由于林长民、张国淦的奔走，乃于6月29日由黎元洪正式申令，仍遵行民国元年公布之《临时约法》，申令如下：“共和国体，首重民意。民意所壹，厥惟宪法。宪法之成，专待国会。我中华民国国会自三年一月十日停止以后，时越两载，迄未召复，以致开国五年宪法未定，大本不立，庶政无由进行。亟应召集国会，速定宪法，以协民志而固国本。宪法未定以前，仍遵行中华民国元年三月十一日公布之《临时约法》，至宪法成立为止。其二年十月五日宣布之《大总统选举法》，系宪法之一部，应仍有效。”
又申令：“依据《临时约法》第五十三条，续行召集国会，定本年八月一日起，继续开会。所有关于袁氏时期之立法院、国民会议各法令，应即撤销，并裁撤参政院，特任段祺瑞为国务院总理及各部总长。”于是争议不决的法统问题，遂告一段落。