黎元洪就职总统后，任命段祺瑞为国务总理，这是段的第三次组阁。段组阁时有一个老问题，就是要任命徐树铮为国务院秘书长，黎也是坚决不同意的，段把这意思请张国淦向黎去讲，袁死前段亦是请张国淦向袁要求派徐为秘书长而被拒。张知道黎也不会同意，可是又不能不讲，才向黎一提，黎就沉下脸来说：“请你告诉总理，一万件事我都依从他，就这一件我办不到。”张不好把这话对段讲，就去请教徐世昌，徐怕黎、段两人因此闹僵，乃亲自去见黎说：“我以为你一万件事都可以不依从他，这一件非依从他不可，不要怕又铮跋扈，芝泉已经够跋扈的了，多一个跋扈也差不了多少。”徐世昌的话一点也没有错，在当时的情势，段有没有徐树铮都是一样，他的眼中根本就没有黎元洪。
当黎同意徐树铮为国务院秘书长时，有一个保留条件，就是规定国务院秘书长来见总统陈事时，须先知会总统府秘书长一同入见。这个规定也是令人不解的，原来黎做总统后，段从不以总理身份去见总统，而是由国务院秘书长前往。徐树铮见黎时也并不尊敬，黎有时问起某一件公务时，他总是这么说：“现在是责任内阁制，有总理负责，总统不必多问。”
小徐有才气但任性，段能倚信小徐，实在很难得，可是小徐的缺点是跋扈，很难与人共事，像张国淦这样能够忍让的人，亦无法和小徐相处，竟于8月1日辞职，由丁世峄继任。丁鉴于张的失败，所以采取不让步态度对小徐，并提出府院办事手续草案，建议：
“大总统得出席阁议发表意见，但不得参加表决；大总统对国务自由行使其职权。如用人不同意，得拒绝盖印。阁员应随时向总统面商要政，国务会议前须将议事日程陈报，会议后须将议事纪录呈阅。”
黎自丁世峄入幕后，声势一振，其左右如哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾等，亦附和丁的建议。段一怒而请假不视事，赖徐世昌等调和，段才稍稍让步，于八月廿六日手谕徐树铮：“本院呈请大总统核阅文件，应责成该秘书长躬自递呈，用印后赍回，无论风雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差异。”又呈报黎：“逐日文件，均由树铮躬递。该员伉直自爱，不屑妄语，其于面对时，凡有声明为祺瑞之言者，祺瑞概负全责。”
对有关府院权限问题，亦议定折衷办法，即
（一）国务会议议事日程先期呈阅，事后送呈议事纪录；（二）国务会议散会后，推国务员一人入府报告议决事项；（三）每星期五，国务员齐集总统府会商政务。举行聚餐；（四）总统对国务会议议决案如有认为不合者，得命总理及主管阁员说明其理由，如仍认为不合，得jiāo复议一次；
（五）未经国务会议议决之命令，总统得拒绝盖印。府院职权因此明确划分。
徐树铮不只和总统府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦。在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来。照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权，那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧，孙主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言，小徐竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事，孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹，而段却有左袒小徐的意思。
总统和国务院职权划分后，国务院大权几全集中于徐树铮之手，不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意，不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火药气氛接近爆炸。这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会。孙洪伊认为小徐眼中完全没有内务总长，段也不尊重自己，乃当面质问段：凡与各省民政长及有关的问题，内务总长是否无权过问？院秘书长是否有权擅自处理？段无言回答，只说了一句：“又铮荒唐。”吩咐把胡瑞森一案的咨文追回，可是国会已经印发了出去，无法追回，孙乃于八月三十日愤而辞职。段一面派许世英致意慰留，一面调整内阁办事程序五点：（一）凡答复议会之质问书，须由主管部起草；（二）颁布命令须由国务员副署；（三）院令须经国务会议通过；（四）阁议通过者，秘书不得擅改；（五）各项法令非经总理及主管部总长副署，不得发出。黎闻知此事，乃于十月一日召见孙，面予恳留。
不久，孙以裁汰内务部员司，为被汰人员祝书元等28人借口不合文官任免休职条件，控拆于平政院，平政院决定受理，限孙五日内提出答复。孙认为平政院是袁所设，其本身地位有问题，因而置之不理。10月7日平政院认为内务部非法，任免令一律取消，由院呈请大总统下令执行。孙则力斥平政院非法设立，不在民元《约法》内。双方争执甚为激烈，孙认为这是徐树铮幕后策划出来的。
孙和总统府秘书长丁世峄同为国会中的韬园系，这一系在国会中颇有力量，所以孙亦有恃无恐，与丁联合对抗小徐。丁对小徐处处防范抵制，不似张国淦那么随和，因此遂使当时政治空气紧张。
10月18日，徐树铮忽然手持“孙洪伊着即免职”的命令请黎盖印，黎为之骇然，坚决不肯盖印。此后，徐一连到公府催促四次，最后一次公然很不礼貌地说：“总统不盖印，就只能不准伯兰（孙）出席国务会议”！此时，黎一肚子的火大喝一声：“你说的是一句什么话”！徐冷冷地回答说：“这是总理说的”。
这次政cháo的范围非常之广。国会议员王玉树等提出对政府的质问案，认为要罢免一个总长，应该由国会提出弹劾，而不能准许国务总理独断独行。孙洪伊本人则认为“国务员对总统应负联带责任，内阁可以总辞，不能单独免一个阁员的职。”
10月24日，很少到公府来的段忽然来到了公府，亲自请黎在免孙的命令上盖印。黎仍然拒绝。段乃气势汹汹地说：“总统不肯免孙伯兰的职，就请免我的职吧”！黎被他这一将军抵挡不住，便又无可奈何地说：“可以让伯兰自动辞职，免职令还是不下的好”。
但是孙洪伊表示除非总统下令免职，自己决不自动辞职。
10月27日，黎请参谋总长王士珍与孙同到公府来商量这个问题。王士珍劝孙让步，以一个专使的名义出洋考察，不开去内务总长的职，由次长代理部务，以便和缓政cháo。
孙表示不愿出洋。
国会中韬园派议员吕复、褚辅成等提出了弹劾院秘书长徐树铮案，并且还拟进一步弹劾国务总理段祺瑞。徐看见问题闹大了，不免情虚胆怯，便表示“只要伯兰辞去内务总长，维持总理的威信，可以调任为全国水利总裁，或者外放省长”。孙表示：“什么官我都不要，只要维持我的人格”。段听了孙不辞职，不出洋，不外调的话，不禁怒冲冲地说：“好，我们大家都辞职，让孙洪伊一个人去gān”！