9月25日，唐绍仪通电辞去外jiāo总长。他在电文中痛斥张勋说：
“张勋盘踞徐州，形同割据，弁髦中央命令，官吏由其任免，赋税由其征收。近且搜集逋逃，号召徒党，以悖谬不法之言论，gān犯国会尊严，以无稽之谈，肆诋司法总长，勒令解职。”
电文附带指责北京政府对广东问题处理不公：
“龙济光督粤三年，纵兵殃民，jianyín抢掠，甚于盗贼，以为政府曾奖以有世界眼光，故虽奉明令解官，而延不jiāo代，肆为无理之要求。近虽jiāo印，而仍占据孤山，勒索巨款，以各独霸琼岛之需……李烈钧以肇造共和、矢忠民国之人，滇南起义，投袂而兴，间关万里，转战名城，乃其结果不及一残bào冤酷之龙济光，烈士灰心，端人解体。”
唐绍仪的辞职电发表后，黎派府秘书长丁世峄到天津加以挽留。唐本来无意于到北京参加段内阁，其外jiāo总长一职，是由黎提名，他由上海动身到天津来，也是受黎的邀请。他一到天津，就知道北方的空气对他十分不利。段认为：黎坚决邀请唐入阁，只是为了夺取内阁总理，因此不惜采取种种手段，阻止唐到北京来就职。
段利用徐州会议打击了政敌唐绍仪，但是这个武器反过来又伤了自己。在督军团猛烈攻击唐绍仪的同时，徐州会议还讨论到内阁问题，张勋主张推举徐世昌组织内阁，段应退为徐内阁中的陆军总长。张勋排斥段内阁具有两种用意，第一是与段争夺北洋派领袖的地位，第二是要利用徐世昌为清室复辟开辟道路。因此，徐州会议在北洋派内部产生了一个尖锐的矛盾——张勋与段祺瑞之间的矛盾。
徐州会议还存在张勋与冯国璋之间的矛盾，这两个人的关系从来就是不好的。冯派代表参加徐州会议，并不是甘心充当张勋的助手，而是利用徐州会议酝酿政变，企图夺取总统的地位。但张勋自为盟主而把他看作是一个摇旗呐喊的小卒，没有取得他的同意，冒名签发电报，这是他所不能容忍的，因此他与自己一系的李纯、王占元等都撤回了代表，表示了长江三督和徐州之间的不合作的态度。
张勋与其他各省军阀之间也不是没有矛盾的，由于张勋妄自尊大和独断独行，各省军阀敢怒而不敢言。张勋每发表一次意见，各省军阀只能随声附和。一次，福建督军李厚基的同意电报来迟了一步，他就大骂李破坏北洋团体，影响盟主威信，吓得李来电谢罪，并且委过于秘书办稿太迟。后来北京选举副总统，张勋命令各省盟员通电为徐世昌捧场。李很快地就有回电说：“与其推戴东海（徐），毋宁推戴我帅”。
这时候各省北洋军阀纷纷仿照前清督抚的成例。称为“某帅”，只有张勋一个人称为“大帅”。由于大盟主的威风越来越大，除了退盟的长江三督而外，各省盟员逐步地下降为他的应声虫。其中有些恬不知耻地建议以后不必召集会议征求同意，一切问题经由盟主决定，大家无不乐于服从。但是，甘心做奴才的人毕竟只是少数，大多数盟员对盟主的反对是越来越深了。
“大帅”驻节的徐州，有时成为政治避难所和各种各色政治野心家进行yīn谋活动的“市场”。被北京政府明令通缉的帝制犯顾鳌、薛大可都被“大帅”聘为机要秘书。张勋还有电报邀请杨度、孙毓筠等全部被通缉的帝制犯都到徐州来，北洋派有关的下台军人政客如陆建章、阮忠枢、龙觐光等都被“大帅”礼聘为高等顾问。暗杀宋教仁的主犯洪述祖也在徐州做了“大帅”的座上客。9月27日，号称“文圣”的保皇党魁康有为应“大帅”的邀请，也到徐州来进行活动。
徐州由“中华军国”向前更迈进了一步，成为复活“大清帝国”的半公开活动场所了。因此，全国人民对徐州会议一致表示愤慨，南方五省督军也有通电加以斥责，黎一再促请段内阁制止督军团目无法纪的行为。
9月29日，北京政府才下了一道禁止军人开会gān政的命令。命令说：
“近有少数之人，每囿一隅之见，或组众集议，凌轶范围，或隐逋逃亡，托言自固。
甚至排斥官吏，树植党援，假爱国之名，实召亡国之渐。……若仍不顾大局，一意孤行，国法具在，公论胥存，本大总统为捍卫国家计，亦不能不筹所以善后也！”
这是北京政府敢于公开谴责各省军阀的第一次，也是仅有的一次。但是同一天，北京政府下令解除了唐绍仪的外jiāo总长，这就说明北京政府对制止军人gān政是外qiáng中gān的。
同一天，段以内阁名义发表艳电（29日）说：
“近阅迭次通电，热诚所激，间有过情，道路传闻，并有约期集议之举。嗣后国家大计，诸公有所献替，幸其各抒所见，剀切直陈；其或关系重要，亦可专员来京申意。
苟利于国，敢不拜嘉。至于逾轨之行，举非国家统一所利，诸公躬膺重寄，务乞以身率属，共济艰虞。”
这个电报把他们gān涉国会、排斥阁员、威胁政府、图谋不轨种种不法行为说成是“热诚所激”，把公开举行的徐州会议说成是“道路传闻”，并且委婉其词地教导他们，只要gān政不表面化而采取较为隐蔽的形式，仍是可以容许的。这个电报发表，就使制止军人gān政的命令成为空文。
第二天，段另有卅电（30日）分致各师、旅长说：
“各师、旅长以治军为专责，于国家用人行政，自不应越权参预。近阅上大总统有电，竟有该师长等联名其中，殊背军人之义。各该师、旅长于整顿军队计划有所建言，尽可到部或派员陈述。至于私约会议，有淆听闻，甚非国家之利，宜切戒之。”
9月30日，段在国务会议上声明他并未预闻徐州会议。他说：
“当项城（袁）病情险恶的时候，张勋要带五千兵到北京来，我打电报警告他说，你如果敢于带兵到北京，我就派兵打你。同时我还电约华甫（冯），如果张勋敢于调兵北上，请他派兵和我的军队两面夹攻。”
北京政府对禁止军人gān政发表命令后，那些“唯大帅之马首是瞻”的各省军阀纷纷电呈不再参加会议，并且撤回了他们派往徐州的代表。冠盖往来的徐州顿然呈现了人去楼空的冷落场面。张勋电问段，艳电是否出自总理本人的意志？回电说：“吾辈私jiāo虽厚，公谊难容”。因此，张勋牢骚满腹地通电有关各省说：“去河北贼易，去朝廷党难！”
尽管张勋的气焰被压低，徐州会议不能继续召开，但是帝制派、政治yīn谋家和投机政客仍然十分重视张勋的军事实力，段的策士徐树铮仍然与他密电往来，梁启超也曾到过徐州。因此，张勋还敢于以个人名义继续发出攻击财政总长陈锦涛的电报。当国会提出关于徐州会议的质问案时，他还敢去电恫吓国会说：“部下健儿阅报后，群情愤激，拟入京面较曲直，然后待罪阙廷。”
民国6年1月4日，倪嗣冲和北方各省军阀代表到南京来向冯国璋祝寿。这一时期，北洋军阀常借各种酬应方法接触，祝寿便是其一。到南京祝寿的名单中，有段祺瑞的亲信：