段在进行军事组织时，外jiāo上遭遇到一点困难，原来根据《辛丑条约》，天津附近20里是不许驻军的，这对于讨逆军很不方便，幸而和日本有密切关系，日本方面且派青木中将帮助段策划军事，借给军费100万元，同时日本公使在公使团会议中建议中国在讨逆时期，各国勉qiáng同意中国军队有行军及运输的自由。7月2日晚9时，段祺瑞偕同梁启超等驰抵马厂，马厂在天津以南。当晚段分别和各将领密谈，进行说服和协调工作。7月3日上午8时第八师司令部举行组织讨逆军军事会议，会议中公举段祺瑞为讨逆军总司令，慷慨誓师。段以急速行动组织了这个司令部，派段芝贵为西路讨逆军总司令，以梁启超、汤化龙、徐树铮、李长泰为讨逆军总部参赞，靳云鹏为总参议。
段祺瑞在财政上除了日本支援以外，旧jiāo通系也予以支持，曾在jiāo通银行预借军饷200万元。
6年7月4日，段祺瑞以讨逆军总司令名义发出讨伐张勋的通电：
“天祸中国，变乱相寻，张勋怀抱野心，假调停时局为名，阻兵京国，至七月一日，遂有推翻国体之奇变。窃惟国体者，国之所以与立也，定之匪易。既定后而复图变置，其害之于国家者，实不可胜言。且以今日民智日开，民权日昌之世，而欲以一姓威严，驯伏亿兆，尤为事理所万不能致。民国肇建，前清明察世界大势，推诚逊让，民怀旧德，优待条件，勒为成宪，使永避政治上之怨府，而长保名义上之尊荣，宗庙享之，子孙保之。历考有史以来二十余姓帝王之结局，其安善未有能逮前清者也。今张勋等以个人权利欲望之私，悍然犯大不韪，以倡此逆谋，思欲效法莽、卓，挟幼主以制天下，竟捏黎元洪奏称改建共和，诸多弊害，恳复御大统，以拯生灵等语，擅发伪谕。横逆至此，中外震骇。若曰为国家耶，安有君主专制之政，而尚能生存于今之世者？其必酿成四海鼎沸，盖可断言。而各友邦之承认民国，于兹五年，今覆雨翻云，我国人虽不惜以国为戏，在友邦则岂能与吾同戏者。内部纷争之结局，势非召外人gān涉不止，国运真从兹斩矣。
若曰为清室耶，清帝冲龄高拱，绝无利天下之心，其保傅大臣，方日以居高履危为大戒，今兹之举，出于迫胁，天下共闻，历考史乘，自古安有不亡之朝代？前清得以优待终古，既为旷古所无，岂可更置诸严墙，使其为再度之倾覆以至于尽？祺瑞罢斥以来，本不敢复与闻国事，惟念辛亥缔造伊始，祺瑞不敏，实从领军诸君子后，共促其成。既已服劳于民国，不能坐视民国之颠覆分裂，而不一援。且亦曾受恩于前朝，更不忍听前朝为匪人所利用，以陷于自灭。情义所在，守死不渝。诸公皆国之gān城，各膺重寄，际兹奇变，义愤当同。为国家计，自必矢有死无贰之诚，为清室计，当久明爱人以德之义。复望戮力同心，戢兹大难，祺瑞虽衰，亦当执鞭以从其后也。敢布腹心，伏维鉴察。”
同日讨逆军总司令段祺瑞发表“讨逆檄”，全文如下：
“讨逆军总司令段祺瑞，谨痛哭流涕申大义于天下曰：呜呼，天降鞠凶，国生奇变。
逆贼张勋，以凶狡之资，乘时盗柄，竟有本月一日之事，颠覆国命，震扰京师，天宇晦霾，神人同愤。该逆出身灶养，行秽性顽，便佞希荣，渐跻显位。自入民国，阻兵要津，显抗国定之服章，焚索法外之饷糈，军焰凶横，行旅裹足，诛求无餍，私橐充盈，凡兹稔恶，天下共闻，值时多艰，久稽显戮。比以世变洊迫，政局小纷，阳托调停之名，明为篡窃之备，要挟总统，明令敦召，遂率其丑类，直犯京师。自其启行伊始，及驻京以来，屡次驰电宣言，犹以拥护共和为口实。逮国会既散，各军既退，忽背信誓，横造逆谋。据其所发表文件，一切托以上谕，一若出自幼主之本怀，再三胪举奏折，一若由于群情之拥戴，夷考事实，悉属愆当日是夜十二时，该逆张勋，忽集其凶党，勒召都中军警长官二十余人，列戟会议，勋叱咤命令，迫众雷同。旋即挈康有为闯入宫禁，qiáng为拥戴。世中堂续，叩头力争，血流灭鼻。瑜、瑾两太妃，痛哭求免，几不欲生，清帝孑身冲龄，岂能御此qiángbào，竟遭诬胁，实可哀怜。该伪谕中，横捏我黎大总统、冯副总统及陆巡阅使之奏词，尤为可骇。我大总统手创共和，誓与终始，两日以来，虽在樊笼，犹叠以电话手书，密达祺瑞，谓虽见幽，决不从命，责以速图光复，勿庸顾忌。我副总统一见伪谕，即赐驰电，谓被诬捏，有死不承。由此例推，则陆巡阅使联奏之虚构，亦不烦言而决。所谓奏折，所谓上谕，皆张勋及其凶党数人密室篝灯，构此空中楼阁，而公然腾诸官书，欺罔天下。自昔神jian巨盗，劝进之表，九锡之文，其优孟儿戏，未有若今日之甚者也。
该逆勋以不忘故主，谬托于忠爱。夫我辈今固服劳民国，qiáng半皆曾仕先朝，故主之恋，谁则让人？然正惟怀感恩图报之诚，益当守爱人以德之训。昔人有言：长星劝汝一怀酒，世岂有万年天子哉。旷观史乘，迭兴迭仆者，几何代，几何姓矣，帝王之家，岂有一焉能得好结局。前清代有令辟，遗爱在民，在厚其报，使继续之者不复家天下而公天下，因得优待条件，勒诸宪章，砺山带河，永永无极。吾辈非臣事他姓，绝无失节之嫌，前清能永享殊荣，即食旧臣之报，仁至义尽，中外共钦。今谓必复辟而始谓忠耶？
张勋食国民之禄，于兹六载，必今始忠，则前日之不忠敦甚？昔既不忠于先朝，今复不忠于民国。刘牢之一人三反，狗彘将不食矣！谓必复辟而始为爱耶？凡爱人者，必不忍陷人于危，以非我族类之嫌，丁一姓不再兴之运，处群治之世，而以一人为众矢之的，危孰甚焉！张勋虽有天魔之力，岂能翻历史成案，建设万劫不亡之朝代？既早晚必出于再亡，及其再亡，欲求复有今日之条件，则安可得？岂惟不得，恐幼主不保首领，而清室子孙且无噍类矣。清室果何负于张勋，而必欲借手殄灭之而后快？岂惟民国之公敌，亦清室之大罪人也！
张勋伪谕，谓必建帝号，乃可为国家久安长治之计。张勋何人，乃敢妄谈政治。使帝制可以得良政治，则辛亥之役何以生焉？博观万国历史，变迁之迹，由帝制变共和而获治安者，既见之矣；由共和返帝制而获治安者，未之前闻。法兰西三复之而三革之，卒至一千八百七十一年确立共和，国乃大定，而既扰攘八十年，国之元气，消耗尽矣。
国体者，臂犹树之有根也，植树而屡摇其根，小则萎huáng，大则枯死。故凡破坏国体者，皆召乱取亡之道也。防乱不给，救亡不赡，而曰吾将借此以改良政治，将谁欺，欺天乎？
复辟之贻害清室也如彼，不利于国家也如此。内之不特非清室自动，而孀妃耆博，且不胜其疾首痛心。外之不特非群公劝进，而比户编氓，各不相谋，而嗔目切齿。逆贼张勋，果何所为何所恃而出此？彼见其辫子军横行徐、兖，亦既数年，国人优容而隐忍之，自谓人莫敢谁何，乃起野心，挟天子以令诸侯，因以次铲除异己，广布心腹爪牙于各省，扫dàng全国有教育、有纪律之军队，而使之受支配于彼之土匪军之下，然后设文网以坑贤士，箝天下之口，清帝方今玩于彼股掌之上，及其时则取而代之耳。罪浮于董卓，凶甚于朱温，此而不讨，则中国其为无男子矣！