17日国务院下令严缉康有为、刘廷琛、万绳栻、梁敦彦、胡嗣瑗。至于真正的罪魁祸首张勋，只受到免职拿办的处分。
据说张勋托庇于荷兰公使馆时，一手拿着手枪，一手拿着《复辟实录》，内有北洋军阀赞成复辟的文电。因此北洋军阀投鼠忌器，不敢惩办他。王占元、张怀芝、张作霖而且纷电北京政府，要求对张勋宽大处理。段祺瑞除了在形式上曾向荷兰公使要求引渡外，也无其他行动。
据说张勋所珍藏的《复辟实录》其分二类：第一类为徐州会议纪录，是由幕僚根据回忆补写的；第二类为北洋军阀赞成复辟的函电，共计82件。由于张手中有这些文件，所以他有恃无恐，以此为他勒索的本钱。
北洋派三领袖之一的王士珍自觉无颜见人，他的两个老朋友一个做了总统（冯国璋），一个当了总理（段祺瑞），而他却变成复辟的附从，因此他准备回正定原籍隐居，段听了马上跑到他的寓邸安慰他，劝他以北洋团体为重，继续担任参谋总长。
王士珍之外，北京军警长官江朝宗（步军统领）、吴炳湘（警察总监）、陈光远（第七师长）等附逆无罪，而且维持北京秩序有功，均不加罪。江朝宗是段所不欢喜的人，所以调为迪威将军，步军统领则调第八师长李长泰继任。复辟犯冯德麟因张作霖的保释电而获得自由。张镇芳、雷震chūn两人准在狱中自备菜肴，且特准吸食鸦片。
段不仅没有惩办复辟祸首的兴趣，甚至还想借题大赦洪宪帝制的祸首。原因是洪宪帝制祸首jiāo通系首领梁士诒、朱启钤、周自齐等都是他的老朋友，在张勋复辟时，jiāo通系曾慨助军费，不过他虽有此意，却因顾虑全国舆论而未立即实现。
复辟笑剧中，最有趣的是康有为和梁启超师徒两人各助一方，康助张复辟，复辟后的“宣统上谕”就是康的手笔；梁助段讨逆，讨逆檄则是梁的手笔。两大国手所撰文献都很动人，复辟失败后，康恨梁入骨，有诗为证：
“此次讨逆发难于梁贼启超也，诗曰：鸱枭食母獍食父，刑天舞戚虎守阙。逢蒙弯弓专she羿，坐看日落泪潸潸。”
康有为后来曾有《致徐太傅书》洋洋五千言，登在《不忍》杂志第九、第十两册中，揭发复辟经过，力指段祺瑞、冯国璋、徐世昌都曾与谋，始乱终弃，愤愤不平。且有诗为证——
“诸帅本与少轩徐州订盟复辟，今竟妒功背盟无信，感而赋诗，诗曰：围城惨淡睹龙争，蝉嘇声中听pào声。诸帅she王敢传檄，群僚卖友竟称兵，晋阳兴甲何名义？张柬无谋召丧倾。信义云亡人道绝，龙祣收影涕沾缨”。
冯国璋于8月1日抵北京，黎元洪本避住法国医院，因冯抵京后要来看他，所以回到东厂胡同迎接。冯抵京当天就去见黎，两位总统相见，互相客套一番，冯殷勤地要迎黎回任总统，黎却说了许多众望所归的话请冯继任。冯这次拜访，只坐了半个钟头就走了。
黎送冯走后，仍回到法国医院去。
段不愿意让黎复任总统，却也并不希望冯继任总统，他本想暗示北方军阀推举徐世昌为临时总统，可是他的计划还未开始，北方军人们不识段的心意，即纷纷电请代总统入京执行元首职权。倪嗣冲在电报中呼冯为“我大总统”，呼黎为“前大总统”。这样一来，段不好意思不让冯代下去，只好作顺水人情，他认为今后的总统只是一个高拱无为的元首，冯当了这个毫无实权的总统，反而比较在南京拥兵自重好得多，冯是在段这种心情下当了总统。
冯抵京时，清室派有代表到站欢迎。8月4日冯特派内务总长汤化龙为代表答谢逊清皇帝派代表欢迎他的盛意。汤见到溥仪时，恭行三个鞠躬礼，大声地说：“大中华民国大总统，谨派内务总长汤化龙，致谢大清皇帝，并敬问大清皇帝安好！”世续代表溥仪也大声地唱道：“大清皇帝谨谢大中华民国大总统答礼的盛意，并回问大总统安好！”
冯就职后，派张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处长，侍从武官长仍为荫昌，总统府指挥使仍为徐邦杰，这两人是袁时代就担任这项职务，历事袁、黎、冯三位总统，可称三朝元老。
冯很认真地唱出“将相和”，他要北洋三杰团结，以重振北洋声势，他认为今后府院是一家，上下是一致，内外是一心。他紧握着段的手，亲切地说：“以后咱们再也没有什么府、院之争了。”他又对王士珍和段祺瑞说：“咱们三人从此要一条心，通力合作，在咱们三个人中间，无所谓总统、总理、参谋总长，”他的三杰一体论煞有介事。
其实三人各有矛盾。根本无法“一体”。
段祺瑞讨平张勋复辟时，总统问题曾使他面临两种抉择，一是让黎元洪复职，二是请冯国璋真除，在事情上段本来就瞧不起黎，这次两人闹得太伤感情，段认为黎免他总理职太伤他的自尊心，所以他完全不考虑让黎复职。张国淦曾劝他说，黎无兵无勇，经过这次颠沛，如果由段拥他复任，则黎一定很听话。冯有兵有勇，又同是北洋派的两大台柱，做了总统可不会像黎这么听话。段也同意这个意见，无奈他为人太刚愎，同时又中了一种毒素，认为冯虽然有兵有勇，在北洋派中有号召力，如果留在南京便会成气候，如果来到北京就任空头的大总统，就慢慢会消蚀。因此他在黎、冯二人中便支持冯。其实早在袁世凯小站练兵时起，冯、段两人便面和心不和；袁世凯死后，冯、段两人各有千秋，对于争夺北洋派领袖，向来不遗余力。
段本来打算在冯入京后，即派段芝贵为江苏督军，小段在袁世凯时代是一等红督，做过湖北督军和奉天督军，其后虽以帝制余孽而休息一个时期，这次讨逆他又东山再起，有功于“再造共和”，段想用他代替冯为江苏督军，应该是说得过去的，因为同是北洋派。那知冯国璋也有他的安排。他在离开南京以前，就提出调任江西督军李纯为江苏督军，升任驻南苑的第十二师长陈光远为江西督军。原来李纯、陈光远和湖北督军王占元在北洋派中都是亲冯的。早在辛亥革命时，冯国璋统率北军第一军南下与革命军作战，第一军是由第六镇统制（即师长）李纯，第二镇协统（即旅长）王占元，第四镇协统陈光远等混合编成，由此以后，他们便逐渐形成一个小集团，就是后来赫赫有名的“直系”。
直系名称是因为冯国璋是直隶人，这和段祺瑞的皖系是因为段祺瑞是安徽合肥人相同，不过参加这两系的军阀们，并不完全是这两省人，大都因为个人利害关系，并且在直、皖两系明争暗斗过程中，他们的成员互相变化，很难划分界限。
冯国璋不只是安排了江苏督军，同时又将一向由自己统率的禁卫军扩大为两个师，禁卫军是清朝末年成立的，辛亥年袁再起组阁，即以冯为禁卫军统领，民国成立后，冯仍继续统率这支军队，名称也不变。迨冯继任总统后，禁卫军改编为两个师，以王廷桢为第十六师师长，留在南京，与由江西调来的第六师长齐燮元共同守卫江苏地盘，另以刘询为第十五师长兼总统拱卫军司令移驻北京。这样的安排，他在北京当总统便有自己的军队，而在长江一带又有地盘。第六师师长齐燮元原任十二旅旅长，因前任师长周炳文患jīng神病，齐乃升任，这支军队一直驻防江西，它的前身是武卫右军，后改第六镇，再改第六师，段祺瑞、王士珍、吴禄贞、李纯都带过这支军队。