冯的故乡河间，是一个平原，历代所种植的树木甚多，最古的远至汉代，参天合抱，尽属良材，冯就任后将河间属的古树大树扫数砍伐，运至天津，善价而沽，地方人士大哗，指摘冯国璋太不像话。冯见众怒难犯，乃用缓兵之计，邀请故乡年高德劭的乡党士绅至京，好言抚慰，谓树龄过老，任其腐朽可惜，故予以砍伐利用，诸乡亲请勿误会，补栽新树费用，本人当全数负担。众虽感不满，而木已成舟，无可如何，犹幸已允补偿，亦可慰情聊胜于无，遂回乡各自购栽新树，事后开单向冯要钱，冯置之不理，众人大呼上当。还有三海中的鱼在清朝时是不准擅捕的，所以繁殖日增，百斤以上者极多，冯居为奇货，招来渔人数十，网罟齐施，竭“海”而渔，中有巨鲤一尾，重达400余斤，乃光绪帝生日所放的长生鱼，脊鳍系有免死金牌四面，亦遭此劫。事为外商所闻，纷来竞购，开价哄抬至3000元之钜，外jiāo部以此事有rǔ国体，力争不可，各报亦大加抨击，冯始知难而罢，所捕之鱼，悉自掏腰包买下，偷jī不着，反蚀一把米。
段祺瑞向湖南用兵时，冯、段之间的分裂表面化了。冯不同于黎元洪的是他在北洋军系中有地位，有兵权，还有长江三督为后盾。冯的第一道本钱是江苏督军李纯，李出身于陆军武备学堂，曾向徐世昌拜过门，民国前十年加入北洋第六镇，驻防北京和保定一带，从此他即与这支部队结了不解之缘。北洋第六镇原是武卫右军改编的，曾任统制（师长）的先后有段祺瑞、王士珍、赵国贤、吴禄贞、李纯。辛亥年吴禄贞由第六镇统制升任山西巡抚，李纯遂继任统制，随冯国璋南下参加汉阳之战。民国成立，第六镇改为第六师，李纯遂为第一任师长。癸丑年二次革命，李烈钧在湖口誓师抗袁，袁调他打湖口，革命军失败了，李获升江西都督，袁命马继增继任第六师师长兼赣北镇守使。袁洪宪称帝时调马继增到湘西打护国军，不知怎的马忽然自杀，第六师长乃由第十一旅旅长周文炳升任，可是周不久又害了jīng神病，于是改由第十二旅旅长齐燮元升任。齐绰号“齐瞎子”，前清秀才出身，在天津办过小报，并曾在《大公报》投过稿。由于冯国璋北上做总统，乃调嫡系大将李纯继任江苏督军。李是个好名不实的人，他离开江西前，授意南昌人开会挽留他，8月1日南昌总商会开挽留督帅大会时，他派副官谭毅到会索阅挽留电，看措词是否合意。公然有一位先生建议请仿照黎总统遥领赣督，另一个则提议以第六师长齐燮元升任赣督，也有建议建生祠、铸铜像、立去思碑等等。
省议会和绅、商、学、农各界均纷纷通电挽留李帅。80老翁欧阳霖被江西各界推出来做“卧辙代表”。“督帅”启节之先，警务处阎恩荣派巡警多名，沿街命各商家设席祖饯，每席赏大洋四元，不料仅有四家遵办，临时拜托商会副会长卢芳亲自出马，逢人作揖打拱，勉qiáng凑足了30余席，据说这些路饯有的只摆果盘，有的更马虎，只盛些清水或剩菜，所花本钱不到两毛钱。“李督帅”徐步路过，路饯的主人恭而敬之地行礼，大帅含笑点头答礼，轻举贵手把桌上的茶汁倾点在地上，算是受饯；商会还买了花爆20万串，一路放到江边，学校放假以备学生们成群排队送“大帅”上洋船，商绅有送到九江才作别的，也有一直送到南京的。
最扫兴的是新闻记者，他们报道“督帅”离赣的花边新闻中说：“督帅”动身时收了门生和义子30余人，每人收费竟多至数万元，在南昌的金库提了30万元，又令财政厅转托中国银行向日本银行商借了日元100万。这些消息颇使李纯为之气沮。
冯国璋做了总统后，曾表示尊重责任内阁制，对于段用人行政和决策的决定都不gān涉，段对冯在态度上也比对黎时好得多。可是他们是两个实力派，冯颇有心机，段则刚愎自用，冯当然不愿意做一个和黎元洪一样的受气总统，段则决不肯放弃半点权力，因此两人的争执，一样尖锐化。
争执的第一遭，是军权，这也是历来总统、总理间的争执焦点。冯就任不久，就想恢复“大元帅陆海军统率办事处”，段当然不肯同意。段在国务院设立了“参陆办公处”，以取代袁世凯时代的“统率办事处”。
冯要过问全国大事，不愿做有名无实、像个泥塑的大总统，段在这一方面总算让了步，自6年10月8日起，每天派一位官员向总统报告政情。
可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓，于是权力之争使这两位北洋巨头，裂痕愈来愈大。
段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁，这就是明明告诉请愿的人说：是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。
刘建藩、林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。因此当湖南战事发生后，北京政府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容：“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”
冯、段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江三省地盘，然而湖北、江西和江苏不相联结，并且因为地形分散而力量不集中，尤其是江苏更是处于皖系势力的三面包围中。至于冯国璋自己身居北京，也是在皖系势力范围内。不过，皖系军人纸上谈兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南时，必须越过长江，要经过直系的地盘，直系地区虽然分散，却是皖系用兵西南必经的孔道，所以段在征南军事上必须要取得冯的支持。
冯并不是凡事坚持到底的，对湖南问题便是一个例子，当段的压力加qiáng后，冯就软化，10月22日，冯终于同意褫夺了刘建藩和林修梅两人的官职和勋章，并且予以通缉。
冯的直系和陆荣廷的桂系较为接近，具有秘密同盟关系，因此对湖南和两广问题较为关心，和滇系的唐继尧较少联系，所以对四川问题不太关心，段便在四川问题上不受冯的牵制。
段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途，当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入，段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的迷梦，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长，曹是著名的亲日派，段后来为国人攻击卖国就是这一期间铸成的。日本为了对中国贷款，乃以朝鲜、台湾、兴业三银行合组一特殊银行团，由日人西原guī三经手，后来就是有名的“西原借款”。
综合民国六七年间，中国向日本的贷款为数极钜，现在把这些贷款项目分述于次：
（1）善后续借款第一次垫款日金一千万元。民国六年八月二十八日财政总长梁启超，与横滨正金银行代表缔结，借款期限一年，年利七厘，以盐余担保。
（2）jiāo通银行借款日金二千万元。民国六年九月二十八日曹汝霖、陆宗舆与日本特殊银行团代表缔结，借款期限三年，年利七厘五，以jiāo通银行所有国库券二千五百万元为担保。