（三）阁员由总理选择，不必征求总统同意。（四）公府秘书长由总理推荐。（五）中央（指总统）致各省的电报，须由院方核发。
3月23日大总统令准署国务总理王士珍辞职，特任段祺瑞为国务总理。24日派张志潭为国务院秘书长。25日参陆办公处迁回国务院。27日令张敬尧为湖南督军兼署省长。28日令改海军总司令为特任，以蓝建枢为总司令。29日令陆徵祥复任外jiāo总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长，朱深为司法总长，田文烈为农商总长，曹汝霖为jiāo通总长兼署财政总长，吴鼎昌为财政次长。4月4日晋授曹锟勋一位，一等大绶宝光嘉禾章。授予张敬尧一等文虎章，二等大绶宝光嘉禾章。
授予吴佩孚勋三位，二等大绶宝光嘉禾章。犒赏攻克岳州和长沙的将士各30万元。另以6万元赈济湘灾。
新任参陆办公处主任靳云鹏和徐树铮、吴光新、傅良佐四人是段祺瑞手下的四大金刚，四大金刚中以徐树铮最能呼风唤雨。新任国务院秘书长张志潭字远伯，是徐树铮很赏识的人，徐原来做国务院秘书长时，张是秘书，一切大小事徐都和张商量，徐曾告张国淦说：“远伯才气高，我希望他将来可以接替我。”段这次组阁后，徐树铮是扭转局势的大功臣，所以重要人事都是徐的安排。不过徐树铮后来却和张志潭闹翻。
段第三度复任总理，上台后第一件事就是通令各省，称北军为“国军”，南军为“敌军”，不许再用北军、南军字样。这表示段要把武力政策进行到底。而段的宠臣徐树铮得意洋洋地到北京来祝贺新内阁时，也公开表示“不打到广州决不罢兵”。
段确定了对四川、湖南、广东三省进兵的第三期作战计划：（一）湖南战场仍以直军为主力，俟湘东之“敌”肃清，即抽调张怀芝的第二路为进攻广东主力，同时令江西的“国军”向南雄推进，福建的“国军”向cháo汕推进，会合广东境内龙济光军四路进攻。
（二）以奉军为进攻四川主力，分为两路，一路由鄂西入川东，一路由陕南入川北，会合陕军和刘存厚的川军进攻。
同时电前线将士予以嘉奖，电云：
“据第一路总司令两湖宣抚使曹锟，总司令湖南督军张敬尧等，迭次电称：‘各军自三月十八日克复岳州后，节节进攻，分途收复平江湘yīn两城。二十五日，由同山口进窥长沙，逆军处处死抗，经我军协力痛击，星夜追逐，逆势不支，遂于二十六日将长沙省城完全克复’等语。此次各军激于义愤，忠勇奋发，由岳州取长沙，曾不数日，力下坚城。该总司令等督率有方，各将士忍饥转战，嘉慰之余，尤深轸念。所有在事出力官兵，着先行呈明，分别呈请优奖，仍即督饬各军，乘胜收复县邑，以奠全湘。所有地方被难人民，流离dàng析，并着查明，妥为抚恤。用副国家绥辑劳徕之至意。此令。”
段对于北军在湖南战场的胜利，认为武力统一指日可以实现，而北军一定可以击败南军。其实这时刘存厚在四川已不能立定，龙济光在广东也节节失败，可是段完全不在意。
段内阁这次组织后，冯国璋是完全低头了，就是主和的实力分子长江三督也不敢唱反调。这时政局中的大红人是徐树铮，李纯也竭力拉拢徐，江西督军陈光远公开表示接受第三期作战计划。到此时期，直系已完全屈服于皖系。
段论功行赏。徐树铮应居首功，于是他到了北京，不仅段内阁的人事他有决定大权，对南军事也由他主持，同时他还包办了新国会的选举。4月7日另一皖系大将倪嗣冲来到北京，极力主张以临时参议院代行国会选举权，即日进行总统选举。可是徐树铮认为新国会在三四个月内就要成立，由新国会选举总统是合法的，因此不必提早总统选举，而且提早总统选举是不合法。
徐树铮这时策划的新国会就是后来著名的安福国会。
自段祺瑞第三度组阁后，徐树铮就成为那时期的政坛宠儿。他也踌躇满志，以段阁后台自居。有人说当时的北京政府，一切军国大计都在段手中，而段则一切取决于徐，他简直是内阁中的内阁，总理下面的总理。
段祺瑞刚愎，可是他却宠信徐树铮。小徐才气高却不成熟，他做任何事都使人侧目，段的政治麻烦多数出在小徐身上。这一时期，小徐极力排斥直系，这是段所乐见的。可是他也不容段系中有其他的红人，靳云鹏和小徐都是名列段手下的四大金刚，靳云鹏当了参陆办公处主任，小徐是不高兴的，于是他专门和靳作对，靳只得请假不办公，军事大权便落到小徐的手中。国务院秘书长张志潭本是他推荐的，不知怎的他也不满意张，张也只得辞职。段的文武两大幕僚都和小徐闹翻，其不能容人，于此可见。奇怪的是，段也不能容人，可是却容一个飞扬跋扈的徐树铮。
徐树铮迫走靳云鹏后，段系内部便起了分化。
这时候，徐树铮想做直隶督军，他想把曹锟再升一级，升曹为两湖巡阅使兼湖北督军，调湖北督军为江苏督军，这样既解决了李纯，又打击了直系，更为自己开了一条路，实在是“一石二鸟”的如意算盘。他认为曹锟由一省督军上升为两省的巡阅使，又仍掌一省督军，应该会心满意足的，如果曹锟同意，自己的直隶督军便垂手可得。不料这个消息传出后，曹锟大为光火，认为这是明升暗降，故意调虎离山，因此4月4日打了一通电报给北京政府，请辞两湖宣抚使，在未获批准前先请假一个月，以便到信阳jī公山养疴。当时北洋军人常用辞职或养病来威胁政府；与曹的行动配合的，是前线总司令吴佩孚亦致电北京，称因所部作战疲劳，请将全军调回直隶休息。这是表示吴部随时可以撤军北返。
曹锟是主战派的第一号大将，湖南的捷讯刚好挽回了北洋派威信，而吴部又是湖南战场上的主力，如果曹锟真的倦勤，吴部真的撤回，则段祺瑞武力平南的政策就功败垂成，付诸流水。因此，徐树铮这一遭碰了大钉子。段为了解释误会，特要徐树铮亲自跑到汉口来向曹锟道歉，劝阻曹锟不要辞职或请假，也劝曹令吴佩孚不要从战场上撤退。
徐树铮在汉口同时部署了新的作战计划，他打算把调往四川作战的奉军改调到湖南战场上，用以监视直军，以防直军作战不力或撤退。
段原来部署的第三期作战计划是西战场与南战场双管齐下，现在徐则把西战场推迟一下，集中全力解决南战场。徐这计划段没有完全同意。
段祺瑞三度组阁前，一切有利的情势都倾向于他，可是等他上台后，情况就两样了，皖系和主战派的军阀拥护他是自有打算的，希望因为作战而能分到日本的借款和军火，同时因为作战而各自可以截留国税，买马招兵。奉军入关前劫夺了一批军火，段上台不久，第三批从日本运来的军火又在塘沽被奉军劫收。
如果照第三期的北军对南作战计划，一个月打下湖南，三个月平定两广，至多半年内就可以完成全国武力统一。可是天下事就是那么不如人愿，在湖南作战的直军，于占领长沙后，借口饷械不敷，进兵缓慢。