光绪廿五年（1899年）十月，袁世凯曾率领武卫右军到山东会操。这时山东的义和团运动很热烈，袁世凯和他的新军开赴山东，是荣禄所安排的。原来山东闹义和团已经两年多了，最初以大刀会名义在山东练习拳棒，准备和教士搏杀。光绪廿三年（1897年）李秉衡任山东巡抚时，大刀会在山东特盛，十月间曾杀死德国传教士二人，李秉衡因此被革职。但继任的人则是和李秉衡持同一立场的毓贤，而大刀会这时已自称义和拳，标出“扶清灭洋”的口号，毓贤改“拳”字为“团”字。义和团既得封疆大吏的支持，于是在山东境内大为蔓延，引起了各国的抗议，这年十一月，清廷乃派袁世凯署理山东巡抚。袁在廿四日驰抵济南接印视事，上谕有：“山东民教不和，亟宜持平办理”。又有上谕：“山东省民心未宜，徐筹劝解镇抚之方”。袁世凯抵任后即针对山东情势拟订治本和治标两途，治本是协力以调和民教；治标是绥靖地方。光绪廿六年（1900年）二月，袁正式补授山东巡抚，这时他的新军已经在山东境内布置妥当，而义和团在东昌、济南、泰安、曹州各府活动激烈。袁乃大举整肃，一方面派道府督同县令绅耆，设法解散义和团；一方面令营队屯札梭巡，不许义和团再作活动，其著名凶悍滋事首领，则严缉惩办；一方面剀切发布命令，严禁义和团活动。义和团的首领们见这位新巡抚既不像前任巡抚那样善待他们，同时所采行的措施又极严厉，于是纷纷率领徒众和军队自山东向河北、山西各地发展。
北京朝廷守旧派在慈禧面前力赞义和团，义和团的势力逐渐控制了北京和天津。袁世凯深知当极端守旧派包围慈禧时，是无法能够肃清义和团的，虽然明知义和团这种作法会惹出大乱子，可是无法加以阻止，只好保全山东一省。所以，表面上只是劝戒义和团不要滋事，可是暗中则命令所有部属施用压力要把这类团民完全逐出山东。
自袁受任山东巡抚，山东确实做到了划境自保，使得凡是信奉义和团或是憎恨洋人的老百姓都把袁恨入骨髓，有的说：“袁世凯要造反”，有的说：“袁世凯是卖国贼”。
袁世凯在山东时间并不长，可是凑巧因为义和团事件，使他受到了中外人士的另眼相看。
慈禧被极端守旧派包围，使义和团举着“扶清灭洋”的大旗在宫阙京畿四处活动，守旧大臣们的想法，是依恃义和团把洋鬼子完全赶出中国。
光绪廿六年（1900年）四月中旬，涞水拳民烧毁保定铁路，直隶总督裕禄派武官杨嗣同前往弹压，杨被戕于易州。清廷派枢臣赵舒翘往涿州察看，赵回京后不敢把义和团的真相向慈禧陈说。五月十五日在京城内拳民把日本公使馆的书记杉山彬杀死，毁教堂杀教民，五月廿日并烧毁了正阳门。
五月廿日，慈禧在仪鸾殿召见王公大臣，六部九卿。大臣们跪满殿内，后至者乃跪于殿外。慈禧和光绪背窗向北坐，枢臣礼亲王世铎、王文韶、赵舒翘跪御案旁，另一枢臣刚毅因出京考察未归，大臣们自南而北，排列若雁行跪地行一叩礼。光绪诘责大臣为何不能弹压拳乱？这时翰林院侍读学士刘永亨由后排膝行而前，启奏说：“臣刚才见到董福祥，董愿请旨驱逐乱民。”刘的话还未讲完，端王载漪便伸出大指厉声说：“好！
这就是失人心的第一法。”刘永亨慑息，不敢置一词。慈禧亦默然。太常卿袁昶跪在殿外，乃抗声说：“臣袁昶有话上奏！”慈禧命李莲英传袁入，袁乃详陈义和团是乱民，是乌合之众，不可依恃，纵令真有邪术，古今中外没有依赖邪术乱民可以成事的。慈禧听了立即厉声问袁说：“你说法术不可恃，难道人心也不可恃吗？今日中国积弱已极，我们所谈的就是人心，如果人心也失了，那如何立国？”太后继续说：“现在京城扰乱，洋人有调兵之说，我们该怎么办？你们大臣可从速奏来。”大臣们意见莫衷一是，或言战，或言和。慈禧乃派侍郎那桐和许景澄劝阻洋兵，同时安抚团民设法解散义和团，后面一点实在表示得很勉qiáng，好像只是敷衍。光禄寺卿曾广汉、大理寺少卿张亨嘉、侍读学士恽毓鼎和朱祖谋见慈禧仍维护义和团，乃联同一齐，待大臣们退出时留后并向殿上朗声说：“臣等尚有话上奏。”于是张亨嘉乃力言拳民当剿，只要能杀为首数人乱即可平。张是福建人，语气又急，所说的话几乎完全听不清楚。朱祖谋更问慈禧：“信乱民，敌西洋，不知倚何人主此大事？”太后说：“我恃董福祥。”朱祖谋朗声说：“董福祥就第一不可恃。”慈禧大怒问：“你是何人？”朱对：“臣为翰林学士朱祖谋。”太后问：“你言董福祥不足恃，你可保一人。”朱仓促不能对，恽毓鼎应声说：“山东巡抚袁世凯有胆识，可调入京。”曾广汉说：“两江总督刘坤一也可以。”军机大臣荣禄见太后生气乃缓和空气说：“刘坤一太远，袁世凯已往调了。”这样才把一场紧张局面化解，张亨嘉、朱祖谋、恽毓鼎、曾广汉乃告退，出殿时慈禧还怒目向着朱祖谋。
五月廿一日，慈禧再召开御前会议，王公大臣、大学士、六部、九卿都参加。太后说：“皇帝不主战，反对用兵，我现在心很乱，今是廷议，大家可以尽量发言。”光绪说：“战非不可言，不过中国积弱已久，兵不能战，光是用乱民怎么能打仗？”侍读学士刘永亨说：“乱民应早除，否则会闯大祸。”载漪抢着说：“义民起自田间，万死不顾以赴国家之难，倘先除义民，人心岂能维系？”光绪说：“乱民都是乌合之众，人心也是空的，主战是危险的。”这时慈禧突然宣读一个文件，她说：“刚才得到洋人照会，内有四点：一、指明一地令中国皇帝居住；二、代收各省钱粮；三、代掌天下兵权……等等。洋人既然无义，国亡已在目前，倘竟拱手奉让，我有何面目见列圣列祖。接受洋人条件，也是亡国，与其不战而亡，宁肯玉碎了。”慈禧说这话时声色俱厉，王公大臣伏地顿首，有的凄然泣下，都众口同声说：“臣等愿效死力”。各大臣对于太后只宣读了洋人照会三条，下朝后纷纷打听第四条的内容，原来第四条是勒令皇太后归政，所以她老人家说不出口。其实这个洋人照会并不是真的，究竟是守旧派捏造的，还是慈禧自造，谁也不知道，可以证实的，则是决非来自外国使领馆。这一次的御前会议，由于慈禧宣读了这个文件，使得主和的人不能再持和议，于是慈禧以高昂的语调说：“今天之事，诸大臣都已听到，我为了江山社稷，不得已要宣战，可是战争的事很难逆料，万一江山社稷不保，诸公今日皆在此，当能体念我心，将来不要归咎于我一个人，不要说是皇太后断送了大清三百年天下。”慈禧在朝堂上对臣下如此客气，一则曰大臣，再则曰诸公，使得跪在下面的王公大臣咸为震动，反对主战一派的大臣们也不敢再反对了，只好众口同声说：“臣等同心报国。”于是，慈禧乃命令总理各国事务衙门尚书徐用仪、户部尚书立山、大学士联元到东jiāo民巷向各国使馆宣谕，问洋人是不是要打战，如要打战可即下旗归国。立山以自己不在总理各国事务衙门请辞。光绪说：“去年各国使臣参观颐和园不是你接待的吗？今日危险你就不敢前往了吗？”慈禧也勃然震怒说：“你敢也要去，不敢也要去。”于是徐用仪、立山、联元三大臣先行退出。慈禧怕洋人真的对徐等三臣有行动，乃命武卫军统帅荣禄积极布置，并派军暗中保护他们。