这时中国学生曾推汤尔和、钮永建为代表，由日返国，向北洋大臣袁世凯请愿，要求清朝政府不得允许外国军队在中国领土上作战。光绪卅一年（1905年）日本士官学校步科第三期毕业班、中国籍学生蒋方震以第一名毕业。依照日本规定，士官学校第一名毕业生等于是武状元，应由日本天皇接见，并亲赐刀，这是一桩极大的荣誉。可是这一年的光荣却落在中国学生身上，因此，日本人以后便规定有些课程不许中国学生上课。
日本士官的第一、第二两期，中国学生甚少，从第三期起中国学生人数大增，后来为人所知的有：蒋方震、蒋尊簋、李烈钧、蔡锷、张孝准、许崇智、良弼等。蒋方震字百里，浙江海宁人，回国后和同学张孝准、陈调元同被东三省总督赵尔巽延揽，后来做过保定军官学校校长。蔡锷字松坡，湖南宝庆人，回国后被云南总督李经羲延揽，后来领导护国军讨袁。良弼回国后则成为清廷皇族军——禁卫军的高级军官。留日士官学生的出路都是很特殊的，不仅所获的职位高，而且晋级也快，大多在短期内做到了标统（团长）或协统（旅长），也有做到统制（师长）的，这是由于当时清廷缺乏中上级军事gān部，因此留日士官生便受到了重视。可是日本士官系的中国学生都具有反满革命思想，大多数后来都参加了辛亥革命。
有一个奇怪的现象，袁世凯的北洋军中很少选用留日士官生，所以士官生多数是在南中国活动。后来袁在民国时代做了洪宪皇帝，领导和组织反袁的人物竟多是这些留日士官系。
庚子之变后，清朝政府的建军工作是全国性的，袁世凯北洋练兵只是建军工作中的主要部分，其他各省也都在练兵，不过后来未能自成一系，所以没有历史意义。在当时全国各省练兵中，东三省是比较特殊的，东北系军人后来加入了北洋系，在民国初年的军阀纷争局面中，扮演了极重要的角色。
东北是清朝的发祥地，清朝末年东北又是对日俄两国的国防前线，所以清廷对东北是非常重视的。光绪三十一年（1905年）盛京将军赵尔巽（驻节奉天，是清朝在东北的最高军政长官），成立了两个军事领导机构：一个是督练公所，主持新军训练工作，赵尔巽兼任总办，实际负责人是士官武状元蒋方震，以总参议名义主持练兵工作；另一个是主持整顿旧军的军务处，由行伍出身的老将张锡銮为总办。张锡銮字金坡，浙江杭县人，他父亲是驻防四川的一个旧军官。他早年随军习武，骑术和枪法都很jīng绝，廿岁在武昌投军，一步一步往上爬。他和袁世凯私jiāo甚笃，是袁的老把兄。他绰号“快马张”，那时候横行关外的绿林马贼是著名的红胡子，快马张曾招抚了两个著名的红胡子头目，一个是后来名震全国的张作霖，另一个是冯德麟。当时规定，凡受抚的人都必须觅具殷实保人，保证日后不反，张作霖的保人是南澳镇总兵段有恒，就是段芝贵的父亲。
这时候，关外还有一支旧军，就是在“古北口”扈驾有功，由北洋巡防军统领升任淮军翼长的张勋。
旧军看新军，一切都不顺眼，尤其对那个初出茅庐的蒋方震，他那时年才廿六岁，公然就主持新军一切训练事宜。旧军当然知道，如果新军练成，首先蒙受淘汰命运的就是旧军，因此蒋方震的练军工作才开始了三个月，旧军将领就推举张作霖领头向蒋攻击。
张作霖为人侠义，敢作敢为，他能在东北系内崛起就是因为他有胆识，这时他领头反对新军，公然宣称要找蒋方震拼命。赵尔巽左右为难，一方面想保全新军gān部，一方面又不愿太压制旧军，乃想出一个折衷办法，就是派蒋方震到德国深造，专研陆军，以缓和旧军不满的情绪。
张勋、张作霖后来都被划入北洋派，这是广义的说法，如果照狭义的说法，北洋派应该是指袁世凯在北洋大臣任内编练的新军，并不包括其他各省区所编练的新军或旧军在内。
两广也是比较特殊的地区，旧系军人很占优势。在广西省的是陆荣廷。陆字gān卿，广西武鸣县人，也是绿林豪杰出身，受广西提督苏元chūn的招抚，后来他自己亦做到了广西提督，和张勋是同一时期在苏元chūn下面做管带，彼此曾义结金兰。这两个把兄弟随后分道扬镳，张勋向北方发展，而陆荣廷则始终留在广西，成为地方势力。
与陆荣廷齐名的还有一个龙济光。龙济光是云南蒙自人，他的哥哥龙觐光是云南蒙自的世袭土司，被云南总督岑毓英提拔离开蒙自去作外县知县，土司职务遂由龙济光继任。过了几年龙济光也离开蒙自，外出做官，慢慢地竟爬到广西右江道。就在这个期间，龙和陆荣廷不但结成朋友，而且还结为儿女亲家。这时候的广西藩司是张鸣岐，也和龙济光很有jiāo情，待张鸣岐升到两广总督时，龙济光也得张的援引做到广东提督。张鸣岐用龙济光的原因是要龙来抵制跋扈的广东水师提督李淮，就由于这一调动，使龙济光获得在广东扩展势力的机会。
陆荣廷和龙济光分别在广西和广东建立他们的势力和军事力量以后，他们都和袁世凯发生了关系，龙济光被列为北洋派的南方健将，和张勋、张作霖被列为北洋派的北方健将一样。
在狭义的北洋派中，除了北洋三杰外，当时已崭露头角的人物，还有：
王怀庆字懋宜，直隶宁晋县人，在武备学堂毕业，他是小站旧人。卢永祥字子嘉，山东济阳县人，是早期北洋军第三镇第五协协统。陆建章字朗斋，安徽蒙城县人，也是武备学堂的毕业生。此人是冯玉祥舅父。姜桂题字翰卿，安徽亳县人，行伍出身，曾充任僧格林沁的卫队军官，后来率领淮军随左宗棠到新疆，甲午中日战争，他曾在旅顺参战不利，战后被派往小站统率新建陆军的左翼，他是北洋军中年龄最大的一个宿将。和姜桂题一样是行伍出身的还有前面所提到的张勋，也是起自兵间。倪嗣冲，字丹忱，安徽阜阳人，秀才出身，也属于小站练兵时的杂牌将领之一。段芝贵字香岩，安徽合肥人，北洋武备学堂出身，曾拜袁为义父，有gān殿下之称。王占元字子chūn，山东冠县人，马弁出身，被挑选入武备学堂。曹锟则是布贩出身。上述诸人虽然出身不同，但大多数都在武备学堂受过军事教育，只有行伍出身的张勋和姜桂题以及倪嗣冲始终没有进过军事学校。张勋字绍轩，江西奉新人，幼年在河道总督许仙屏家中做书童，因偷东西被逐，乃投奔广西提督苏元chūn处做厨师，为人善于谄媚，一步一步升到管带。八国联军时扈驾有功，升淮军翼长、云南和甘肃提督。
清朝末年编练新军时，其步骤是一面练新军，一面裁汰旧军，并且逐步以新军代替旧军。由于这个决定，对于旧军来说，是非常不满的，任何人无论自己如何愚笨，总不愿自甘受淘汰，所以面临这种命运，他们内心的愤激是可以想象的。
当旧军尚没有完全裁汰以前，清朝政府按照新旧军不同的性质和任务，分别编为中央军和地方军。中央军有一定的番号，但无一定的防地，编制比较正规，军器比较jīng良，军饷也比较优厚；地方军则仍旧沿袭绿营、巡防营、毅军、殿军等等名号，驻防地区是固定的，可是无论军饷、军械、编制都远远不及中央军。由于这种待遇上的差别，便引起了新旧军的极大矛盾，从矛盾的扩大而相互敌对。东北奉天新旧军的互相敌对，就是一个明证。后来清室动摇，新军除了北洋军外都倾向革命，而旧军将领则仍拥护清室。