这时武昌因汉口失陷而岌岌可危，都督府内有人建议请huáng兴出任作战总司令，黎欣然同意，乃于九月十三日在阅马厂高筑将台，举行隆重的“拜帅大典”。将台上置有高桌，蒙以huáng布，周围是雄赳赳气昂昂的武装士兵，台口为营长以上的高级军官，由都督府到将台过道两旁，站满了文武官吏，黎、huáng两人并辔而出，文官行脱帽礼，武官行撇刀礼，兵士行举枪礼，气象庄严隆重，有过于黎元洪就都督的誓师礼。
黎都督huáng总司令就位后，典礼开始，由李玉山宣读黎都督的任命状。这篇任命状是一篇文辞典丽的文章：“huáng君兴险阻备尝，功在民国，各军当悉听调遣。”宣读任命状后即由黎元洪都督授令、授旗、训话，然后是huáng兴总司令答礼、答词。黎都督退席后，huáng总司令则骑着那匹已经骑过的高头大马，绕场巡行，全场官兵举枪致敬，礼成。
当huáng兴就任革命军战时总司令，即以防御汉阳为主要任务，设总司令部于昭忠祠，任命李书城为参谋长。李原在北京军咨府任职，由载涛派其与huáng郛南下。李、huáng离北京后即决心革命。huáng抵上海，留助陈其美；李则兼程来汉口，抵汉时汉口已失陷，遂投奔huáng兴。副参谋长一为杨玺章，一为吴兆麟，参谋有姚金墉、蔡济民、徐达明、甘绩熙、高建翕、宾士礼、金龙章、吴醒汉、夏维善等。参谋处的任务是沿襄河入江处起，迤黑山以下挖壕筑堡，雇用民夫数千人，昼夜工作。当时两军苦战，隔江、汉二水对峙。革命军因汉口之战损失过重，新成立部队官兵大半未受训练，因此不堪大战。
九月十八日据报汉口方面有清军1万余人，在汉口刘家庙至桥口附近，并于上关、花楼、黑山对岸及沿江布防。革命军则在汉阳南岸嘴至三眼桥一带防御。二十三日决定渡河攻击汉口，当时判断汉口清军兵力约一镇以上。革命军攻击计划：步四协张廷辅向汉口市街攻击；步六协杨载雄向汉口龙王庙登陆，攻击清军左翼，武昌凤凰山pào队支援进攻部队向汉口she击，海军pào舰亦加掩护，设信号于huáng鹤楼、凤凰山、大别山等处。九月廿六日渡襄河左岸攻击，进攻时鄂军在左，湘军在右，鄂军因系临时召募，所以毫无作战经验，湘军甚勇，但独力难支，遂告败北。革命军伤亡惨重，计官57人，士兵792人，失山pào18尊，步枪600余枝，子弹2300余箱。
革命军进攻汉口失败，于是全力固守汉阳，清军因dòng悉革命军方面作战实力不qiáng，军令亦不统一，于是大举进攻汉阳。自辛亥年九月二十八日至十月初六，剧战八昼夜，革命军死军官137人，伤85人；士兵死2693人，伤400余人。至十月初七日上午十时，汉阳遂告沦陷。
清军之攻汉阳，出动了qiáng大兵力，配以新式德国管退pào若gān尊，实力在革命军以上。
革命军守汉阳者，为鄂湘两省军队，人数虽在5万人以上，但缺乏作战经验，彼此又不协调，且全用于第一线，所以极感疲乏。汉阳之败并不能怪huáng兴一人，可是由于huáng兴曾指挥过镇南关之役、河口之役、huáng花冈之役，都是功败垂成，遂使人对huáng有虽勇而不能战的印象。huáng自己亦有年年败北的感慨，其和谭人凤诗有云：“怀锤不遇粤途穷，露布飞传蜀道通，吴楚英豪戈指日，江湖侠气剑如虹；能争汉上为先着，此复神州第一功，愧我年年频败北，马前趋拜敢称雄。”
汉阳失陷后，huáng兴退到武昌，军政府即召开军事会议，黎元洪主席，请huáng报告汉阳战役经过。huáng即席演说，对汉阳失败的原因未能详述，但对于未来军事演变，则认为汉口和汉阳已失，武昌难以固守，主张率领鄂湘两军前往攻取南京。huáng的主张被军政府多数人反对，参谋范腾霄愤然说：“汉阳既已不守，武昌又拟放弃，试问还有什么能力可以攻取南京，如果湘鄂两军尚可用，则武昌当然可守。”他的话一讲完被大家热烈鼓掌，死守武昌的提议便成为这次会议的决定。其时黎元洪因都督府被pào轰，所以迁往城外卓刀泉办公。huáng兴在会议结束后，即偕李书诚、汤化龙、胡瑞霖、陈登山和huáng中垲等乘轮去上海。武昌方面决定重行布置兵力死守，以邓玉麟、何锡蕃两协警备武昌，罗洪升一协守大君山，刘佐龙一协守小君山，王锡龄一营守京口，陈龙章的敢死队守磁基山，标统张廷辅、谢流芳、张杰夫等残部守白沙洲、标统刘廷璧、管带李忠义等守青山。
十月初八日，即清军攻克汉阳的第二天，清政府以二等男爵授给冯国璋。
汉阳之败，对革命军是一个大打击。可是几天后苏、浙、沪联军攻克南京，使革命活动又见蓬勃。独立各省在上海的代表，认为武昌已在危险中，革命事业必须扩大，乃于十四日集议，决定南京为临时政府所在地，选举huáng兴为大元帅，黎元洪为副元帅，即以大元帅组织中华民国政府。这一时期的武昌已经转危为安，倒不是因为武昌有力量固守，而是袁世凯并不想彻底打垮革命势力，幕后原因是独立各省的代表曾于十月十三日开会，通过雷奋、马君武、王正廷所起草的临时政府组织大纲二十一条，且有一个秘密决议，就是倘若袁世凯反正，则公举袁世凯为中华民国临时大总统。袁亦听到这个消息，所以在北洋军可以一鼓作气渡江攻下武昌时，突然煞车，并派代表至武昌谈和。
武昌和上海两大革命中心在一开始便发生意见，huáng兴对于上海方面同志推他为大元帅非常谦让，一再恳辞。随后的折衷意见是于十月二十七日重新改选，推黎元洪为大元帅，huáng兴为副元帅，黎因驻节武昌，不能前往南京，故由huáng兴以副元帅身份代行大元帅职务。
黎、huáng之间不一定有芥蒂，但武昌方面的革命集团与上海方面的革命集团，彼此是有意见的，这是早期革命时的不幸事件，也是袁世凯得以利用的大好机会。
北洋军阀史话
廿六、南京光复
革命军九月十二日失去了汉口，十四日就得了比汉口更重要的上海，接着十五日浙江全省独立，十六日光复苏州，十月七日汉阳撤退后，十二日就攻克了南京，使革命势力并未减弱，反而蓬勃。南京攻击战是一场硬仗，战斗经过有一段曲折而复杂的过程。
当时在南京的，有两江总督张人骏，江宁将军铁良，他们所恃的武力，是江南提督兼钦差江防大臣张勋的部队。张勋在南京城内一枝园设立大本营，用极惨酷的手段镇压南京人民，一枝园、浮桥一带军警林立、杀气腾腾，行人却步，凡是剪了辫子的人，被捕、被杀，不计其数，没有头发的人头高悬在大行宫、花牌楼一带，整个南京变成了恐怖世界。
南京城外雨花台、马神庙、秣陵关一带是徐绍祯的防区。徐是新军第九镇统制兼江北提督，他和张勋曾为了革命问题几乎动了武。徐主张参加革命，张反对，于是徐便单独到上海投奔革命阵营，并在上海筹组苏、浙、沪联军，进攻南京，推举徐为联军总司令，于右任为秘书长，孙毓筠为副秘书长。下辖：宁军司令柏文蔚、镇军司令林述庆、苏军司令刘之洁、沪军司令洪承典、浙军司令朱瑞、淞军司令黎天才、沪军先锋队司令丁怀瑾等。联军总部设于镇江洋务局。