接着各省代表团也联名致电黎元洪：“各省代表会于元月二日决议，选举临时副总统，即于三日上午十时开选举临时副总统大会。我公当选。除通告全国外，并由本会特派员赍各省代表签名书敬呈钧鉴！兼表欢迎。”南京临时政府也致电黎元洪：“今日参议院选举副总统，经全数投票，举我公充任，共庆得人，谨为中华民国前途贺。”
辛亥年十一月十三日于是成为中华民国元年1月1日。孙中山先生就在这天率领汤、王两代表和美籍顾问荷马李于下午5时专车抵达南京，下榻于宝华盦。提起这个宝华盦倒是一个有名的地方，它是清两江总督招待外宾的宾馆，后来变成了西箭道参谋本部。
孙中山先生抵京后，有人问孙先生说：“您这次回国，带来了多少饷？多少枪pào？”
孙先生笑着回答说：“我空着两手回来，可是我带回来国人最需要的东西，就是革命jīng神。”
民国元年元旦（以下本文全改用阳历）晚10时，孙中山先生就任临时大总统，宣告中华民国成立。临时大总统誓词曰：
“倾覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福。此国民之公意，文实遵之，以忠于国。为众服务。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职，谨以此誓于国民。”
临时大总统提出内阁名单，仿照美国政府制，不设总理，分作九部，由总统提出各部总长、次长名单如：
陆军部总长兼参谋总长：huáng兴，次长：蒋作宾
海军部总长：huáng钟瑛，次长：汤芗铭
司法部总长：伍廷芳，次长：吕志伊
财政部总长：陈锦涛，次长：王鸿猷
外jiāo部总长：王宠惠，次长：魏宸组
内务部总长：程德全，次长：居正
教育部总长：蔡元培，次长：景耀月
实业部总长：张謇，次长：马君武
jiāo通部总长：汤寿潜，次长：于右任
总统府秘书长：胡汉民
代表会对国务员名单亦小有修改，原来孙大总统是提名宋教仁长内政，章炳麟长教育，未获通过。
中华民国临时政府组成，名单公布，各部总长中仅陆军、外jiāo、教育三部是同盟会会员，其余各部总长都是立宪派人士中同情革命者。不过次长几乎全是同志。政府虽告成立，实业部总长张謇、jiāo通部总长汤寿潜均住上海，内务部总长程德全则卧病租界，财政部总长陈锦涛则在上海洽商借款，司法部总长伍廷芳更因在上海主持和议，不克返宁，所以这时的南京政府，实际负责的总长也只是三位革命党人，就是陆军部总长huáng兴、外jiāo部总长王宠惠、教育部总长蔡元培。其余五部部务均由次长代理。
临时政府经参议院通过后，孙大总统于1月5日举行各部委任礼，各部成立的日期则有参差。特表列如下：
机关名称成立日期地点
陆军部一月九日督练公所
海军部一月十七日水师学堂
外jiāo部一月十一日原设总统府内，三月
二日迁鼓楼前狮子桥
司法部一月十二日甲家巷
财政部一月十七日旧藩署
内政部一月十七日江南政务厅
教育部一月十九日jiāo涉署（碑亭巷外务司）
实业部一月二十三日劝业道署
jiāo通部一月二十三日粮道署
法制局一月十五日中协署（今肥侯府）
南京卫戍总督府一月十四日
本来武昌方面和上海方面的革命同志意见就不太协和，事情肇因由于huáng兴，huáng兴自己已经竭力希望弥补这个裂痕，可是天下事往往是有了裂痕，只会扩大，很难弥缝。南京组府时，推举黎元洪为副总统，也是huáng兴的建议，其目的即在调和武汉，不过武昌首义的志士甚多，仅让黎元洪一个人做副总统，在武昌方面看来是不公平的。当时黎元洪下面的革命同志中，最重要的有一位孙武，他对策划起义，贡献很大，起义前一天，孙武试验炸弹，不幸爆发被炸受伤，举义后孙武是军务部长，南京临时政府成立前，孙武由武昌到了上海，因为他和黎元洪接近，所以对huáng兴很不好，由于和huáng不睦，言谈之间，自然对上海方面的革命同志也不好。陈其美对孙武的印象便非常不佳。临时政府筹组时，孙武希望做陆军部次长，可是陆军部总长是huáng兴，huáng既然不欢喜孙武，自不会拉他作次长。于是孙武便被摈弃，就因此使得武汉和宁沪之间更形貌合神离。
当临时政府的人事尚在磋商时，有一天，于右任去找huáng兴，恰巧这天胡汉民、宋教仁都在huáng处，huáng见到这位西北革命领袖、《民立报》的主持人，便笑着说：“你来得正好，我们正在谈组织政府的人选，你有什么意见？我们大家不妨jiāo换一下。”于表示有一件事必须注意，就是在政府人选中，应该多容纳武昌首义的革命同志。不幸于的意见并未被huáng完全采纳。当时孙中山先生甫由国外返国，对于组府人事huáng兴意见最被尊重，huáng认为已经公举黎为副总统，武昌方面应该满意了，所以各部次长多由海外归国同志出任。至于章炳麟（太炎），原本是提名他为教育部长，未被各省代表会同意，遂告落空。
章是个学问家，但个性很怪，他参加革命一心想做一个国师，想象戏台上的诸葛亮或是刘伯温，不料南京临时政府组成后竟没有他的份，遂使他也站到武昌方面。由于武昌不满南京组府的人事，而浙江的陶成章也与武昌接近，因此浙江一部分革命同志亦倾向武昌，使宁汉之间的裂痕更加扩大。
同盟会在革命时期一直是个秘密组织，南京临时政府成立，才决定改为公开组织，以“巩固中华民国，实行民生主义”为宗旨，举孙中山先生为总理，huáng兴、黎元孙为协理，宋教仁、胡汉民、马君武、刘揆一、平刚、张继、李肇甫、汪兆铭、居正、田桐为gān事。实际责任由宋教仁负责。
辛亥革命前，革命志士的观念多是“排满”的狭义民族主义，所以革命成功后，部分革命党员以为目的已达，过去结合的因素消失，加上组府的人事问题，革命的其他意见，因此分化的作用便随之发生。章炳麟的光复会本是同盟会的一个支系，辛亥光复后，同盟会主急进，章派主缓进。南京政府成立后，章即脱离同盟会，民国元年1月3日先组织中华民国联合会。后来张謇一派的预备立宪公会因同以江浙人士为中心之故，遂与章之中华民国联合会合并，组成统一党，以注意民生采用社会政策、发展国民经济等十一项为政纲，由章炳麟、程德全、张謇、熊希龄为理事，汤寿潜、唐绍仪、汤化龙等为参事。另一方面孙武因不满huáng兴，乃约湖北临时参议员刘成禺、张伯烈等组织民社，以拥黎为号召，主张“进步主义，以谋国利民”为宗旨，发起人有黎元洪、蓝天蔚、谭延闿、王正廷、王鸿猷、孙武、张振武、吴敬恒、刘成禺、宁调元、张伯烈、汪彭年等。这个民社可说是以湖北人为中心。
章炳麟有学问，古怪，是个大胆敢说的人，孙大总统对他很优容。在南京组府时，章有一信给孙大总统，请戒饬左右，孙中山先生以章素好诋诃，不以为意。章遂再上一书云：“……武昌倡义，曾不二月。南北肃清，首发难者不敢居功，而况吾侪鼓chuī之士？……仆亦尝与人言，孙君今日莅中国而总群黎，非复曩日秘密结社时也，宜屏去幸人，委心耆秀，东西从者三数浮làng之人，一律资遣归国，无令杂处，然后搏jīng一志，劳来四民，南方虽弱，足勉自成就，尝传达其言于汪兆铭……箴规不听，不得不着之报章……仆虽浅拙，亦尝涉历世变，死生之分，一系于执事耳。”孙大总统对这位狂妄的国学大师不以为忤，还聘为总统府的枢密顾问，其聘函典雅可诵，有谓：“执事目空五蕴，心殚九流，撷百家之jīng英，为并世之仪表，敢奉国民景仰之诚，屈为枢密顾问。庶几顽懦闻风，英彦景附，昭大业于无穷，垂型范于九有。伫盼高风，无任响往，急惠轩车，以慰饥渴。”