可惜，源义经没有理解哥哥的这一份苦心，把宝剑弄丢了。面对坛浦海战如此辉煌的胜利，源赖朝只评价了一句话，这傻家伙根本就不知道最重要的东西是什么。
源赖朝对弟弟的不满不是从遗失了草薙剑开始的。一之谷大战后，源义经得胜回到京都，后白河法皇非常高兴，封义经为左卫门少尉，加检非违使。检非违使又被称为判官，源义经从此被日本人称作源九郎判官义经。对于源义经不经请示、擅自接受法皇厚封之事，赖朝勃然大怒。
源赖朝虽然非常生气，只是当时源平两家鹿死谁手尚无定论，还需仰仗能征善战的义经带兵打仗。于是赖朝qiáng压怒火，暗暗忍了下来。如今平家已灭，岂能再容源义经?坛浦海战后一个月，赖朝下令，东国武士不许听从义经指挥，实际上把源义经的官给罢了。紧接着，赖朝收回了赏赐给义经的原本属于平家的二十四块领地。
义经刹那间变得无权无财，却不明白是怎么回事儿，根本不了解哥哥的心思，于是亲自押解抓获的平宗盛等平家俘虏赶往镰仓，幻想见到哥哥，一切美好如旧。
结果，赖朝连镰仓幕府的大门都不让义经进，把他撵到相模国的腰越驿安置。义经觉得很委屈，写了一封言辞恳切的信，向赖朝表功的同时，诉说自己的委屈，这就是日本历史上有名的“腰越状”。
但是赖朝这个时候已经对功高盖主的弟弟动了杀心，在赖朝的眼中，威胁到自己地位的人必须死。
名将如花般凋零
义经不能进入镰仓大门，只好返回京都。
在返京途中，义经得知平宗盛父子被斩首。这个时候，义经看出来哥哥有敲山震虎、威胁自己的意思。回到京都之后，义经就准备公开跟哥哥决裂了。
赖朝为了置义经于死地，召集手下武士问计：我弟弟现在名头这么响亮，粉丝比我还多，怎么办?你们谁敢去杀义经?
源氏武将都沉默不语。虽然镰仓公待我等恩重如山，但是毕竟九郎是灭平氏的首功之人，要去杀他，大家觉得于心不忍。只有与义经早生嫌隙的梶原景时，给源赖朝出主意，让他派一个叫土佐坊昌俊的和尚到京都去谋杀义经。
土佐坊昌俊来到京都，意图刺杀之时，被义经识破，写下悔过书，宣誓不再刺杀义经。但等到他返回京都居所，竟然出尔反尔，率领六十多名骑兵，偷袭义经居所。结果被义经的手下七骑以一当十，打得大败。土佐坊昌俊也被义经活捉。
义经非常生气，指责土佐坊昌俊违背誓言，应该受到惩罚。土佐坊昌俊肉烂嘴不烂：“是镰仓公让我杀你的，我不算违背誓言。”义经一生气，给他一大嘴巴。土佐坊昌俊又说：“你打的不是我的脸，是赖朝将军的脸。”义经一听这话，心里也是一激灵。两国相争，各为其主，土佐坊昌俊倒也算条汉子。义经问他：“你想不想回镰仓?”土佐坊昌俊说：“我既然不幸被擒，你就赶紧把我杀了吧。”义经只好亲手杀掉了土佐坊昌俊。
随后，义经就向后白河法皇讨得了征讨哥哥源赖朝的院宣。赖朝听说之后，率领源家诸将，出兵讨伐义经。法皇这个时候是两边都不敢得罪，给了义经讨伐源赖朝的院宣之后，怕赖朝生气，又下达了让西国武士追讨义经的院宣。
义经率两百多骑郎党出行，不幸在扬帆去九州的途中遇上bào风，船只沉没，两百多一骑当千的勇士全部葬身大海，义经这下彻底没咒念了。
义经走投无路，只好带领数名郎党亡命到了奥州，投奔藤原氏。此时的藤原氏已经传到第四代藤原泰衡的手里。泰衡收留了义经之后，经不住赖朝不断施加压力，加上内心害怕源义经有朝一日“鸠占鹊巢”，遂于文治五年(1189年)，亲率五百人包围了义经主从居住的衣川馆。
义经手下只有十余人，虽拼死抵抗，终究寡不敌众。义经麾下第一大将武藏坊弁庆手持大刀，跟奥州兵缠斗许久，最后被乱箭she成了刺猬，死尸立而不倒。义经眼见郎党纷纷阵亡，心知大势已去，于是杀死正妻和年方四岁的女儿，在火中自尽身亡，享年只有三十岁。
日本人把擅长偷袭、以少胜多的军事天才义经形容成“战场之花”，也许就是因为源义经壮丽而短暂的一生就像花儿一样，一经绽放便迅速凋谢。
源义经死后，头颅被浸泡在酒中，装入黑漆匣子送往镰仓。梶原景时检查了首级，确认无误之后，上报源赖朝。
源义经悲惨的遭遇，非常符合日本人崇拜悲剧英雄的情怀。在日本人的心目中，源义经变成了一个神话，很快民间就出现了不少义经没死的传说故事。最离谱的是，到了明治时期，日本的一位政治家通过自己的所谓“考察”，把传说进一步发展成了源义经就是成吉思汗的论点，认为源义经没有自尽，而是逃出生天，渡过大海，经北海道前往大陆，最后变成了成吉思汗。他的这个所谓的“学术成果”，特别符合当时日本向中国大陆扩张的需要，轰动一时。但是在今天看来，简直就是一个笑话。
6.源赖朝没有笑到最后
开创镰仓幕府
藤原泰衡杀义经的目的是为了自保，他以为只要jiāo出义经，源赖朝就没有对奥州动兵的口实。他没想过如果义经还在，源赖朝还会对奥州顾忌三分，现在义经一死，源赖朝再不犹豫，出动号称二十八万的大军，向奥州发动了猛烈进攻。短短一个月之内，奥州藤原氏四代基业土崩瓦解。日本国北部的六郡全部被平定，归入赖朝帐下。
随着奥州被平定，自治承四年源赖朝起兵讨伐平氏以来，延续十年的日本战乱宣告结束。源赖朝成为最后的赢家，他的镰仓政权也成了全国的武家中心。
建久元年(1190年)，源赖朝率军进京，住进了当年平清盛在京城的住所六波罗邸。源赖朝入京有两大目的，第一是炫耀武力，第二是希望捞取政治资本，进一步巩固镰仓政权。
可是朝廷不好对付，特别是老jian巨滑、被源赖朝称为日本第一大天狗的后白河法皇，他希望能够把武士集团牢牢控制在自己手里。源赖朝希望得到征夷大将军的封号，但是后白河法皇偏偏不给他，而是授予源赖朝权大纳言兼右近卫大将的官职。虽然右近卫大将是日本律令制下的武官最高职务，但是还得受兵部卿的管辖，而征夷大将军是非常设的令外官，只有国家有兵事的时候，才会任命征夷大将军统帅军队。源赖朝想当征夷大将军，就是要剥夺朝廷的兵权。法皇非常聪明，坚决要把源赖朝限制在体制内，不能让他到体制外胡作非为。
源赖朝出任了权大纳言兼右近卫大将不足一个月就宣布辞官，表示自己不愿意在体制内混，要另立山头，准备单gān。朝廷没办法，只好封源赖朝为天下总追捕使，赋予他维持天下治安的权力。源赖朝得到这个官职之后还不满足，但是他的特点就是能忍耐。他对当时的摄政九条兼实说：“等到法皇万岁之后，就该你我共同掌握政权了。”
建久三年(1192年)，源赖朝最头疼的政敌后白河法皇驾崩，时年六十六岁。他一死，在朝中亲镰仓派的运作下，朝廷正式任命源赖朝为征夷大将军。镰仓幕府隆重成立。