《参同契》所讲的丹道学术，特别注重身心jīng神的修炼，它所指用于“返老还童”、“长生不死”，至于最高解脱而登上仙位的丹药，主要的药物，便是人人自己所具备的jīng、神、黑而已。即在修炼的过程中，也可以借用，或者必须借用外物的丹药，那是为了培养补充衰歇而有病象的身心，使其恢复jīng、神、焏的生命本能而已。它是中国养生学的祖述宝典，也是最早研究身心生命奥秘的著作。它影响汉、魏的医学，生物物理学，乃至佛学与禅宗。后来道教的经典《huáng庭经》，所谓“上药三品，神与炁、jīng”等思想，以及《龙虎经》等的著作，都是由《参同契》的蜕变而来，不过加上一些宗教神秘的观念而已。它认为恢复jīng神先天原始的情况，能够自作生命的主宰，以及变化生死的功能，一切都可操之在我，才是眼食丹道的效验。至于锻炼药物的jīng、神、炁与服食的方法，必需要有正确的心性修养，与真正智慧的认识才能做到。所以统摄修炼药物，服食成丹等的程序，便要透彻了解御政的重心。讲到药物，虽然指出jīng、神、黑为修炼丹药的主材，但是，并非如宋、元以后的丹道，参合佛学禅宗的理论与方法，而且更不是明、清以后伍冲虚、柳华阳的丹道学派，专以性神经系统的jīng虫卵子等，认为便是jīng神的jīng。同时，更没有如明、清以后的丹道，动辄便以任、督等奇经八脉作为修道的主题。它的本来原文，非常清晰，只因后世道家与道教的道士们，各从不同的观点，不同的角度，自己为它作注解，于是讲究修性修命的，主张独身主义的单修静清派，主张不离家室之好，男女合藉的双修派，主张烧铅炼汞而用外丹的丹法，就众说纷经，统以《参同契》作为原理的根据了，所以房中采炼等等左道旁门的谬论，也都—一牵qiáng附会，援引《参同契》的文言，而言之成理，著之成文。至于《参同契》原本所说的jīng与神，便是魂与魄的外用，只是jīng与神的化合物而已。它与《周易·系辞传》的“jīng气为物，游魂为变”确是同一路线的思想。
其实，《参同契》一书，并非真正难读，也不是作者故弄玄虚，保存有无上秘密的口诀，只是受历史时代背景的影响，文章风格，各有不同。魏伯阳生当东汉时代，正当文运走向变今而仿古的变革时期，他没有像近代人的条分缕析，归纳分类得清清楚楚，但是你只要把握书的主题，是在说明修炼丹道的原理与方法，百读不厌，久久就会自然贯通，找出它的体系条理了。他引用老子的理论，是为了借重先圣古人的言辞，以证明他的道理，并非向壁虚构。他引用《易经》象数的原则，极力说明天地日月气象变化的宇宙规律，借以证明人身生命活动的原理，是与天地宇宙变化的程序，有共通活用的轨则，并非是要你把天地日月的规范，呆呆板板地用到身心上来。清代道士朱云阳认为，他是以月的盈亏，来比jīng神的衰旺，日的出没，来比气血的盈虚，这是非常合理的名言。现在我们举出一二段有关修炼清静的理论与方法，是他说明老子的“致虚极，守静笃”、“万物芸芸，各归其根，归根曰静，静曰复命”的引申注解。可以在其中看到稍迟魏伯阳一二百年间的佛学与禅学等。从它如何取用中国文化中对于心性现状解释的科学观，以及首先提出以“无念”为入手的《参同契》的修法，也由此可看出宋儒理学家们的修养“静”“敬”的方法，它与佛、道两家，是如何地结有不解之缘了。
例如：
推演五行数，较约而不烦。拿水以激火，奄然灭光明。
日月相薄蚀，常在晦朔间。水盛坎侵阳，火衰离昼昏。yīn阳相饮食，爻感道自然。吾不敢虚说，仿效古人文。古记显龙虎，huáng帝美金华。淮南炼秋石，玉阳加huáng芽。贤者能持行，不肖毋与俱。古今道由一，对谈吐出谋。学者加勉力，留意深思维。至要言甚露，昭昭不我欺。
名者以定情，字者缘性言。全来归性初，乃得称还丹。
耳目口三宝，闭塞勿发通。真人潜深渊，浮游守规中。旋曲以视听，开阖皆合同。为己之枢辖，动静不竭穷。离气纳荣卫，坎乃不用听。兑合不以谈，希言顺鸿蒙。三者既关键，缓体处空房。委志归虚无，无念以为常。证难以推移，心专不纵横。寝寐神相抱，觉悟候存亡。颜色浸以润。骨节益坚qiáng。辟却众yīn邪，然后立正阳。修之不辍体，庶气云施行。yínyín若chūn泽，液液象解冰。从头流达足，究竟复上升。往来dòng无极，佛怫被谷中。反者道之验，弱者德之柄。耘锄宿污秽，细微得调畅。浊者清之路，昏久则昭明。
当然，这些文简言朴的文辞，其中包含的意义与道理太多，我们来不及多加解说。总之，《参同契》的方法与宗旨，是专为锻炼jīng神魂魄，在到达老、庄所谓的与“天地jīng神相往来”的真人境界，是道家正统的神仙丹道的学术。因此，魏伯阳把当时假借先圣而流传的许多旁门左道，欺世盗名，以及贻误人世社会的小木，严加驳斥。
如说：
是非历脏法，观内不所思(这是指内视五脏，如存想反观肚脐、丹田等的旁门修法)。履行步斗宿，六甲次日辰(这是指步罡拜斗，迷于符篆道术等的旁门修法。)食气鸣肠胃，吐正吸外邪(这是指吐故纳新，专炼呼吸服气等的旁门修法)。昼夜不卧寐，晦朔未尝休(这是指搬jīng运气，紧撮谷道，以及长坐不卧的旁门修法)。身体日疲倦，恍惚状若痴，百脉鼎沸弛，不得症清居(这是指以上五类，专在身体以内，搬弄jīng气的旁门道术)。累土立坛宇，朝暮敬祭把，鬼物见形象，梦寐感慨之(这是指专以祭祀祷告，乃至修炼驱神役鬼等的旁门修法)。心欢意喜悦，自谓必延期，遽以夭命死，腐露其形骸(这是指以上所说修炼神秘法术等旁门的结语)。举措辄有违，悻道失枢机，诸述甚众多，千条有万余，前却违huáng老，曲折戾九都，明者省厥旨，旷然知所由。
魏伯阳在《参同契》中，综合列举这些旁门左道的情形，我们拿他与晋代道家葛洪所著的《抱朴子》共同研究，便知迷信道术的人，随便妖言惑众，欺班成习者，真是古今一辙，既可笑，又可叹!有什么办法，可以警醒愚顽呢?因此，他又说到上古流传下来的道术，本来实是“内圣外王”的真学问，只因后世的人没有智慧，把它弄得支离破碎，反而以伪乱真，影响社会，造成颓风，如说：
维昔圣贤，怀玄抱真。伏链九鼎，化迹隐沦。
含jīng养神，通德三光。jīng溢腠理，筋节缴坚。众邪辟除，正气常存。积累长久，变形而仙。忧悯后生，好道五伦。随旁风采，指画古文。著为图籍，开示后昆。露见枝条，隐藏本根。托号诸名，覆谬众文。学者得之，损柜终身。子继父业，孙踵祖先。传世迷感，竟无见闻。遂使宦者不仕，农夫失耘，贾人弃货，志士家贫，吾甚伤之，定录兹文。
但是他自己又说，在他的著述中，并不照次序的说明此事，都靠读者自己的审思明辨，才能领悟到其中的程序和究竟，如说：