5日(旧历十八日)晚间，清军沿宫墙巡逻至宣化门时，曾因阻止关闭宫门与守卫的新军发生争执。统领新军的开化派领袖朴泳孝主张与清军开战，但为竹添和金玉均所劝阻，他们主张避免与清军正面冲突，所以下令不关宫门，制造形势已恢复正常的假像，希望清军能够接受政变的既成事实。但此举等于放弃了防守的最大屏障，是军事上的大忌。袁、吴能够带兵顺利入宫，端赖于此。竹添之错，此其一。6日(旧历十九日)，在吴、袁两次派人入宫送信，要求晋谒国王并进宫入卫后，竹添内心已开始恐惧动摇，竟提出将日军撤出王宫，虽经开化派反复恳求，他勉qiáng同意再留两天，但已极大地动摇和挫伤了政变一方的士气。竹添之错，此其二。当日傍晚清军qiáng行入宫，激战后政变者不支，金玉均建议挟持国王退走仁川，再作后图，为竹添所拒绝。所谓挟天子以令诸侯者，合法性所在也。谁控制了国王，谁就有合法性，政治上就占有主动。不料竹添惶恐之际，竟主动放弃了政治、外jiāo斗争中最关键的棋子。竹添之错，此其三。
反观袁世凯，在清廷驻朝官员中，主外jiāo、商务者为陈树棠，长军事者为吴兆有，袁虽有总理营务处和会办朝鲜防务的名义，但权、位均在陈、吴二人以下。袁虽一开始就力主反击，但凡事均需会议，颇多掣肘，难以当机立断。陈怕引起中日冲突，主张缓发;吴、张则谓“无北洋令，不敢轻动55”。最后在袁表示所有后果他愿一身承担的情况下，吴等才勉qiáng同意发兵。在双方的意志较量中，袁远胜于竹添。
其次，袁在朝鲜宫廷、军队内部建立起来的关系网络在反政变过程中起了重要作用。袁曾编练朝鲜新军，其治军虽严，但善于以恩驭下，颇为韩人感戴。政变时新军全在开化派控制之中，而经袁联络策动，其左右两营随即加入清军一方，加qiáng了反政变的力量。朝宫廷内外的官员内侍不断向袁通报消息，使清军及时了解政变者的动向，也是反政变得以胜利的重要因素。在政治、军事资源的利用上，袁亦远胜于竹添。
开化派矫诏诛杀守旧派大臣、组阁、发布政纲、召见外国使节，全是以国王的名义进行的。清军gān预政变，qiáng行带兵进宫，用的也是护卫国王的名义。国王在谁手上，谁的行动就具有合法性。但竹添在紧急关头，竟轻易放弃了这一对双方都是至关重要的筹码。反观袁世凯之作为，他对这一点的认识，也远远超出了竹添。清军攻占王宫，遍搜宫内而不见国王踪迹，又传闻国王已经遇害。袁当即派人寻找国王的庶子，打算立为监国，以争取政治上的主动。在找到国王后，立刻迁入清营加以保护;迁回王宫后，袁更是以自己统带的部队入宫护卫，并亲自住在国王隔壁以便于控制。其实，国王当时已有离心倾向，虽未参与政变yīn谋，但未必不愿意就此摆脱清廷控制。
正被中法战争搞得焦头烂额的清廷与北洋大臣李鸿章，接到甲申政变，清军卷入的消息，十分震惊。迟至九天后才发下“目前办法，以定乱为主，切勿与日人生衅”的密旨，态度十分消极。次日，朝旨对陈、吴派兵赴援的请求，予以驳斥，“目下办法，以查办乱民、保护朝王、安日人之心，并剖析中倭误会打架，以释衅端为第一要义。驻朝委员等所禀，请兵救援，此事本未与日本开衅，何援之有?所禀殊未可尽信。著吴大翨克日前往熟审机宜，悉心办理，一面迅速奏闻，并与李鸿章会商妥办56。”从清廷的指示来看，其大事化小,息事宁人的意图十分明显。如果按吴、陈的意见，坐等北洋和清廷的指示，固然在丢失朝鲜的责任上，可以为自己预留退路，但结果肯定会是政变获得成功，清军将被迫撤出朝鲜。实际上，由泰安轮传送的吴、袁等报告事变的函件，经丁汝昌由旅顺电报转发，10日(旧历二十三日)午间才传到北洋衙门，而朝廷的旨意更是迟至15、16日(旧历二十八、二十九日)才发布,而此时距政变的发动已逾半月,清军如没有当机立断地采取行动,政变早已成功是毫无疑义的。也正如陈树棠、吴兆有所担心的,清廷果然要追究谁先挑起事端的责任,并派吴大翨、续昌为钦差大臣前往查办。据说吴大翨原想以袁世凯作为替罪羊57，虽系齐东野语,但也反映出当时一般人均认为袁是在事变中起主要作用的人物。
实际上，在惊闻甲申政变而彷徨无计之际，得知清军已及时平叛，而没用国内派一船一舰，添一兵一卒，清廷和李鸿章实在是大喜过望，所谓查处肇事者不过是官样文章。就在朝廷委派吴大翨赴朝鲜查办事件的旨意下达之际，袁世凯关于政变始末的详细报告也送到了北洋，很得李鸿章的赏识。九天后，李发电报给行至山海关的吴大翨，告知他袁有一份报告，“分条详禀此事始末万余言，极为详尽，抵马山后可索取一阅58。”李鸿章的关照实已表明了自己的立场。而袁世凯也“详尽叙述政变起因、事实为一册，附列证据，派人等候在马山浦。11月13日，两位特使到达后，立即送览。”16日(公历1885年1月1日)，吴大翨等到达汉城，袁世凯参见时，对自己带兵入宫之事颇为理直气壮：
袁公入见说：“袁某带兵驻韩，责任即在于保护，如果失掉了韩国，并且丧失了其君主，朝廷会不会予以谴责?”吴公说：“必会严厉谴责。”袁公说：“既然拼以死力救护，韩之君主国家俱存，但也有擅自挑起争端之罪，愿朝廷按律法惩治。然而袁某自问，还是觉得无所愧怍啊。”吴公急忙说：“君劳苦功高，相见恨晚，当以实情上达。”续公也说：“我们自当竭力保全，希望不要灰心。”59
吴、续二人显然已受到李鸿章的态度和袁氏报告的影响，对袁已有很好的印象，而且吴是著名的主战派，故会有上述勉慰有加的话。但袁之出色，反衬了吴(兆有)、张(光前)的庸懦，因而吴大翨等对二人态度颇为轻视怠慢，对袁世凯则和颜悦色，引起了吴兆有等人的嫉恨60。加上袁平时锋芒毕露、跋扈专断的作风，吴、张等遂借查办的机会，将责任全部推到袁世凯身上;但发觉钦差对此不以为意，并不认真追查出兵责任(事实上他们认为袁能当机立断，挽回大局，不仅无过，而且有功)时，遂揭发袁挪用军饷一事。据王伯恭《蜷庐随笔》记载此事如下：
朝鲜甲申之乱，一时间重要大臣，全都被乱党杀死，慰亭(即袁世凯)对死者家属全都给以优厚的抚恤，仓促间没有钱，就挪用了军饷。事后，禀请合肥(即李鸿章)作为正项开支核销，合肥批评驳斥他说：“该管带纯粹是以银钱买结韩人之心，实属荒谬，所请示之事不予批准。”而且发函命令吴兆有，责令该管带将借用的军饷，照数赔补。慰亭之叔子久观察61，也寄函痛训他，令速为补赔。……于是慰亭jiāo卸营务回籍，所借兵饷，则售卖家产进行补偿。62
初露峥嵘 [四]
袁世凯挪用军饷，为的是在大乱之后收拢人心，增qiáng韩人对华的向心力，并非私用。但不经请示批准而擅自做主，确实违纪，被人抓到了短处。人们指责其“专擅”，不是没有原因的，就此也可见其办事作风之一斑。其实，李鸿章是极为欣赏袁世凯的，但作为淮系集团的首领，也不能不敷衍那些跟随了自己多年的老部下，平息一下他们的不满。而袁世凯也看出风头不对，遂借口嗣母牛氏身体不适，请假归省。这是袁世凯走上仕途后的第一次蹉跌。