6月9日，大鸟率四百名日军抵达仁川，翌日到达汉城;同时，派赴朝鲜平乱的聂士成、叶志超部清军也相继抵达距汉城一百五十余里的牙山。此时，东学党被政府军打败，又迫于清军大兵压境，内部产生了分裂，全?准遂与政府军议和，并于6月12日率起义军退出全州。由于动乱趋于平息，袁世凯电告李鸿章暂缓增兵，并会晤大鸟圭介，据袁发给北洋的电报，双方会谈情况如下：
凯谓，韩国乱事已渐平，我国兵拟早撤，以免暑雨。如果听到日本派遣大兵，自然也将增兵前来。因相互防备，必生嫌隙。倘若在韩西方人伺隙播弄，或西方人也派兵来候收渔利，不但韩国危急，对中国日本亦必有损。中日和睦，亚洲大局可保。倘若互生嫌隙，徒然自害。我辈奉使，应统筹全局以利国家，岂可效武夫庆幸多事?我深知必无利，故尚未调一兵来汉(城)。大鸟回答说甚是，我正好有相同见解。我国政府把韩国匪徒看的太重，(所以)才从速派遣大兵，我年逾六旬，岂能愿意生事?……我们二人就此约定，我除八百(士兵)外尽力阻止增兵，你也发电阻止中国增兵，我二人在这里必可推诚商办。66
袁所贯彻的是清廷和李鸿章的意图：韩乱将平，双方可依《天津条约》同时撤军，相安无事。大鸟则完全是虚以委蛇。早在5月，日军即已秘密动员。6月1日(旧历四月二十八日)，日本政府在得知朝鲜正式向清廷请援的当日，即召开了内阁会议，并请日军参谋总长等军方要人参加，决定以保护使馆和侨民为名出兵朝鲜。其行动策略是：在外jiāo上“尽可能居于被动者地位，事事使中国成为主动者”，“极力避免和第三国发生纠葛”;在军事上“力争居主动地位，一切要先发制人，以便处处陷中国于不利地位67。”会后即着手组成指挥战争的大本营。朝鲜国内局势稳定后，日本也根本不打算撤军，而是训令大鸟按原定计划继续增兵朝鲜。大鸟之所以与袁订约，为的是在朝日军人数还不足以形成对清军的压倒性优势之前，麻痹中国，延缓清廷的增兵速度，占据先机。在此次约定之后，日本仍源源不断向朝增兵，到六月底，在朝日军已有陆军万人，兵舰七艘，集中在仁川、汉城一带，构筑工事，准备作战。
日军在朝鲜站稳脚步之后，即按其既定方针，向清廷提出共管朝鲜的三端建议：(1)日、中共同会剿东学党;(2)日、中共同改革朝鲜内政和税务;(3)日、中共同训练朝鲜军队。三端之外还有两个附加条件，即无论清廷同意与否，日本决不撤军;清廷不同意共同改革朝鲜内政，日本将独力进行68。李鸿章则指示驻日公使汪凤藻，“韩贼已平，我军不必进剿，日军更无会剿之理。乙酉伊藤与我订约，事定撤回。又，日韩条约承认韩国自主，尤其没有gān预内政之权，均难于条约之外另商办法”，拒绝了日本的建议69。李鸿章试图以公法和条约制约日本，孰不知日本对此有利于己则用，不利于己则废;翻手为云，覆手为雨，把两国间的条约视同无物。李鸿章见中日jiāo涉撤军已不可能，遂转而求助于列qiáng调停，迫日撤军。此后一段时间内朝鲜的局面是：日本积极备战增兵，中国则无所作为，坐待各国调停。事态的发展竟好像完全是按照日本的行动策略进行的，即外jiāo上中国积极，日本消极;军事上中国消极，日本积极。如果说中国在军事上本来还有机会的话70，随着时间的流逝，甲午之战的败局也就是不可避免的了。
甲午战争失败的原因错综复杂，但外jiāo上的失误绝对是重大起因之一71。清廷昧于cháo流与时局，顽固坚持“天朝——四夷”的过时观念，固步自封，失误不断。在朝鲜问题上，不明公法，放弃宗主国之责任于前，不知变通于后，最终陷入了自己没有准备且不情愿进行的战争。
从日本在朝鲜的行动步骤来看，清廷以往的失误被抓住作为其侵略行动的外jiāo掩护十分明显。日本在诱使清廷出兵后，立即以保护使馆商民的名义出兵朝鲜，而后要求共同会剿东学党，再后提出日中共同改革韩国内政，其借口均出于《天津条约》的有关规定;在遭到清廷拒绝后，遂依仗优势兵力，qiáng力迫使朝鲜“改革内政”，实即建立亲日政府，再以此政府之名义否认朝鲜为清属国，并请求日本代为驱逐在朝清军，其根据则是自《江华条约》起，日本就从未承认过朝为中国的藩属，而这恰恰是当年(1875年)中日jiāo涉时清廷放弃宗主国责任，让日本钻了空子所致。其颟顸可叹，其惨败亦势所必至，理有固然。
在清廷军事观望，寄希望于列qiáng的外jiāo调停之际，身在一线的袁世凯已觉察到苗头不对。面对源源不断开到汉城的日军，他感到中日之较量将由外jiāo转为军事，而他赤手空拳，单凭口舌已难有作为，遂于6月18日(旧历五月十五日)致电驻军牙山的叶志超：
日人跳梁，意在防我，qiáng行以大兵入我藩国首都，终将相机狡猾图谋。我方如一振作，日方必自衰落。只是派兵的来意，在保局息事，殊无可奈何。麾下不妨先散播进军汉城的声势而不必马上开进，看其如何转变态度?
袁的意图是要叶虚张声势，作出欲进兵汉城的样子，使自己对日jiāo涉有所倚恃，无奈叶怕刺激日本，并不响应。李鸿章一再指示袁与日使大鸟jiāo涉，要求日本停止增兵朝鲜，其实，武力控制朝鲜已是日本既定国策，正全力贯彻执行，岂是袁世凯所能阻止的?袁同日致电北洋，陈述其所处的外jiāo困境：“凯屡次与之协商，均反复无常，极为可恨，恐怕非口舌所能争”;袁联络各国驻汉城外jiāo官共同诘问大鸟日本增兵之事，“然而日本气势甚为凶悍，各国官员一时亦无可奈何。”至此，袁世凯已完全意识到事态已发展到实力较量阶段，而清廷政策是“保局息事”，有军队也不能使用，瘸了军事这条腿，在日军环伺的汉城，单凭口舌之争已不可能有何作为，如果坚持和局，也不是在汉城所能解决的：“屡次努力劝阻大鸟毋令增兵来汉城，他已答应，然而前言俱食，后言何可再信?况且日本政府意在威胁韩国，大鸟自己不能做主，难以口舌争讲，似应先调南北水师迅速前来严加防备，继续准备陆军;一面电令汪(驻日公使)商办，并由总署酌请驻华各公使调处，或不致很快破裂72”。
此后袁在朝鲜的作用便局限于收集情报、指导亲华的朝鲜政府官员如何应付日本的压迫等方面。起初朝鲜政府的对日jiāo涉，还经常与袁磋商讨教，袁也能由此获取日本方面的情报转达清廷;但随着日军逐步控制了仁川、汉城，政府也逐渐为亲日派所控制，靠日本摆脱清廷控制，自主独立的言论大兴，袁在这方面亦难有作为了。据曾在朝鲜袁世凯官邸做文案的沈祖宪追记，当时日本人确有假手东学党人除掉袁世凯的迹象：
时东学党人必欲害公，藉日兵势力，伺察周密，以至于不能出使馆一步。使馆薪米缺乏，幕僚皆托故潜遁。文牍电报，(袁)乃以一身兼之。73
东学党人之所以仇恨袁世凯，是因袁在镇压东学党起义过程中，一直充当朝鲜政府的主心骨和军师;日本则有甲申政变被袁挫败的旧恨，袁被派驻朝鲜之初，日本就反对，“谓彼曾带队在韩杀败日兵者，显非睦谊”。袁在任十年，关系网遍布朝野，日本欲控制朝鲜，非祛除袁的影响不可，但袁有外jiāo人员身份，日人不便公开出面，而假手乱党bào民则易于掩饰。总之，袁此时所处的环境已是杀机四伏。