令胡适心中略感慰藉的是，随着朝鲜战争爆发与美国的介入，台湾的安全问题得到了保证，社会秩序和人心逐渐稳定下来，“中央研究院”也陆续从杨梅镇搬到台北市南港区。中研院总办事处和下属史语所、数学所两个大所办公大楼以及研究人员及家属的宿舍相继在同一院落内建成，工作人员也分期、分批迁往南港开始有板有眼地工作和生活起来。整个台湾学术界显出了蓬勃向上的生机，学术前景也逐渐明朗起来了。流落到孤岛的书生们感到各个方面都发生了大的、好的变化，总体是向着进步的方向走去。据石璋如说，这个时候“院方也打算在台湾立足生根，不再回大陆，研究人员在南港配有眷舍，生活渐趋安定”。
鉴于这样的情形，胡适回归台湾的意识更加qiáng烈，他写信请李济设法为其在傅斯年图书馆附近找一小块地方，(按：傅斯年去世后，史语所在办公楼旁专门修建了一座以傅斯年名字命名的图书馆。)由自己出资买下，盖几间小房以此安心读书写作。胡适首次回台北居住时曾有一个宏愿：想过两三年安静生活，将他的《中国思想史》和《白话文学史》写完。因此前胡适总在学政两界来回奔波，难以顾及著述，其作品往往只有上部而没有下部，曾被他在北大的老对头huáng侃夫子称其为“太监”。胡适为了雪耻，也为了了却蛰伏在心中日久的学术心愿，决定借此空隙，埋头撰写“二史”，但直至临终，这一计划并未完成，成为胡适本人与中国文化史上的一件憾事。
1958年，胡适在“国民大会”中间与蒋介石休息闲谈
李济接到胡适这封轻描淡写的书信，却感到事关重大，并非自己能瞒着台湾当局就可擅自作主的，遂将此事向朱家骅作了汇报。朱家骅由大陆来台后，由于派系倾轧，加之与大权在握、日见走红的陈诚不和，渐渐失去了蒋介石的信任，原来担负的“行政院副院长”等要职皆被革掉，只被正式任命为“中央研究院院长”。而此时所谓的“中央研究院”只有迁到台湾的原史语所与数学所一部分，基本属于一个有名无实的空架子，如同一只被拔掉毛的老母jī，徒有其形。为摆脱这一困局，朱家骅费尽心力，上下周旋，招兵买马，扩院建所，如从史语所中分出考古研究所、民族研究所、近代史研究所，迁台的数学所加以扩编，并着手组建物理所、化学所、植物所等等，企图恢复战时的规模和盛况。正在这个时期，接到了胡氏要买地盖房的消息，他同样不敢隐瞒和擅自作主，便直接向蒋介石作了禀报。蒋闻讯，当场表示在中研院旁边拨一块地为胡适建房，所需费用由自己的稿费中开销，以示对胡的照顾与敬重。这一下，搞得朱家骅和李济都有些尴尬，但又不能推辞。在美国的胡适闻知后更是惶恐不安，认为自己受主公之重托出来“看看”，结果什么也没“看到”，无尺寸之功却要接受厚禄，实感愧疚，乃明确表示不能接受如此盛情厚意，仍要自己出钱购置。就在双方为几间小房子你来我往商讨之时，一件意想不到的祸事发生了。
胡适的流亡生活(3)
据石璋如回忆：“四十六年(1957年)夏天，由于天气炎热，又没有外人，尤其在星期六快下班和星期天的时候，同仁常穿着拖鞋、汗衫上班。在八月四日星期六，是个闷热的yīn天，下午五点多蒋总统突然偕蒋夫人，带着随扈来到院里，大概是要找朱家骅院长的麻烦。蒋一行人抵院时，院方已经下班了，多处门房深锁，卫队直接到所上，就碰到还没回家的严耕望先生。严先生先请一行人至会议室暂坐，随即来找我告知上事。我才刚到家脱下衣服，马上穿回衣服出来。我到所时只见到蒋总统一行人已出所的背影，无法对他们有所招待，谁知道这样就出错了。中央研究院有固定的上班时间，蒋总统来所时已属下班时间，不能说中研院偷懒不上班。后来不知道有谁说了什么话，朱家骅院长就在十一月辞职。”
关于朱家骅突遭横祸一事，庙堂与坊间滋生了许多说法，但似乎没有一件能摆到桌面上的铁证。有人说，在1948至1949年国民党大势已去的重要历史转折关头，李宗仁、白崇禧等桂系军阀联合阎锡山趁机拥兵自重，bī蒋介石下野。蒋于万般无奈中只得屈从，由李宗仁代理国民政府总统之职。蒋回到老家浙江奉化溪口暂时隐居。李、白等军阀集团拉阎锡山、朱家骅、王世杰、张治中、吴铁城等各色官僚合作，并以“卧榻之侧，岂容他人酣睡”的姿态，bī蒋出洋流亡，永远在中国这块地盘上消失。蒋于1949年3月3日接到张治中亲自上门敦促其出国的信息，甚感悲愤，勃然大怒曰：“他们(按：李宗仁、白崇禧)bī我下野是可以的，要bī我亡命就不行!下野后我就是个普通国民，哪里都可以自由居住，何况是在我的家乡。”4日，吴铁城再次派李惟果前往溪口，转达李宗仁集团要他们希望其尽快出洋之意，蒋更为盛怒，除了大骂李宗仁“不仁”之外，还差一点将李惟果抓起来“斩立决”。蒋介石背运至此，李、白bī宫至此，世道无常，由此可见。再后来，随着国民党军队弃守南京，李宗仁统率一gān人马流窜到广州重新组建内阁，并由追随其骥尾的阎锡山、朱家骅出任行政院正副院长，以此掣肘蒋的权力。蒋把这一做法看作是对自己的叛逆，遂怀恨在心，伺机发难。1950年3月1日，蒋介石一脚踢开李宗仁，在台北正式复“总统”职。“登基”仪式完毕，老jian巨滑的阎锡山深感大事不妙，便主动向蒋介石提出辞去“行政院长”的请求，这一请求很快得到准许。
阎辞职后，由陈诚继任“行政院长”，自此，陈氏成为在台湾仅次于蒋氏的二号实权人物。未几，朝鲜战争爆发，美国第七舰队进入台湾海峡，岌岌可危的国民党当局稳住了阵脚。在这种急转直下的新形势下，一直忍而不发的蒋介石开始对撤退大陆前的“叛逆”者进行肃清。当王世杰的“总统府秘书长”被以“蒙混舞弊，不尽职守”的罪名整肃掉之后，一路排名查号便把视线转向了朱家骅。在各方权贵yīn谋与阳谋的合力夹击、施压下，朱家骅终于心有不甘但又无可奈何地宣布辞去中研院院长之职，只剩了一个“总统府资政”的空冠。
朱家骅辞职后，国民党当局指令由李济代理“中央研究院”院长职。未几，中研院按照惯例召开评议会推选新任院长。众评议员提出了三个人选，即胡适、李济、李书华，由“总统”圈点，结果蒋最后圈点了胡适。据石璋如说：“做过驻美大使、北大校长的胡适先生，抗战中帮了中国不少忙，政治上坚决反共，四十几年大陆清算胡先生，台湾眼见大陆批胡，于是就捧胡，使台湾与胡先生合拍。若非大陆清算胡先生，以他的自由派立场，总统也不太放心的。当局既然有心安排胡先生出任中研院院长，自然就要虚位以待，朱先生必须辞职。”
从石氏的回忆中可以看出，蒋介石早就想收拾朱家骅了，只是没有一个适当的借口而迟迟未能得手，蒋氏决意要拿自己的稿费给胡适盖房一事，即是一个倒朱扶胡的信号。这个信号就当时的朱家骅而言，或许蒙在鼓里，或许已有警觉。但不管哪种情形，到了这个时候已经显得不重要了，重要的只是朱在什么时间下台的问题。当蒋介石等得不耐烦的时候，便抓住中研院人员“偷懒”这个不是问题的问题向朱开火。朱不堪重击，轰然倒地，胡适适逢其时地接掌了院长一职。而大陆的“反胡批胡”运动，又促使台湾方面大力“捧胡”。如此这般，胡适于纷乱的政治cháo流中顺利坐上了台湾学术界第一把jiāo椅，这个结果是胡适本人始料不及的。