会议原定开半个月，但时间到了，却还没有要闭幕的迹象。当时庐山是“山雨欲来风满楼”，大多数中央委员身在庐山却不识“真面目”。习仲勋从周恩来的秘书那里知道一点情况，隐隐约约感到有些不正常的气氛。
七月十四日，彭德怀写信给毛泽东。十六日，毛泽东加注标题“彭德怀同志的意见书”印发全会。彭德怀是一个性情耿直的人，他在会议没有解决原定纠“左”问题的情况下，便把自己的调查研究结果和意见整理成文字材料，送毛泽东参阅。在信中，他肯定了“大跃进”的成绩，肯定了人民公社的伟大意义。他指出当前的主要问题，一是浮夸风较普遍地滋长起来，二是小资产阶级的狂热性使我们容易犯“左”的错误。当与会同志从简报中看到这封信时，不少人认为虽然有些语言欠妥，但整个意见还是积极的。这时，毛泽东要大家好好读读战国时期楚国宋玉所作的《风赋》，庐山的空气开始紧张起来。二十一日，张闻天作长篇发言，他以鲜明的态度支持彭德怀的意见，其中提到“刮共产风恐怕也是小资产阶级的狂热性”。二十三日，毛泽东在会上针锋相对地予以批驳。这样，一些支持彭德怀意见的人便心有余悸。二十六日，毛泽东又在一封信中批示说，现在已经出现了党内党外右倾有组织猖狂进攻之势。这样一来，庐山形势突变，会议逆向而转，人人表态，与彭德怀、张闻天等划清界限。
这时，要不要批判彭德怀?习仲勋感到非常为难。他从内心深处认为彭德怀的信没有错，许多观点自己也是赞成的，但又不得不与毛泽东保持一致。他想写一篇表态性发言稿，想来想去却无从下笔，找不出批判彭德怀的理由。他颇为作难地高诉秘书说：算了，不写了，到时根据情况我讲几句就行了!
八月二日，中共八届八中全会正式召开。全会印发了毛泽东写给张闻天的一封信。信中借助汉代文学家枚乘的辞赋名篇《七发》为张闻天“治病”。林彪、康生等人在全会上更是火上浇油，上纲上线，把彭德怀说成是野心家、yīn谋家、伪君子。康生把彭德怀、张闻天比作布哈林，，说他们企图改换中央委员会、改换主席。大会的气氛越来越紧张，使人感到喘不过气来。经过几次紧张的集中批判，全会定下了彭(德怀)、huáng(克诚)、张(闻天)、周(小舟)等军事俱乐部成员的“种种罪行”。十六日全会通过了《中国共产党八届八中全会关于以彭德怀同志为首的反党集团的错误的决议》和《为保卫党的总路线、反对右倾机会主义而斗争的决议》。
这次全会原定以纠“左”为主调，而中途转向它的反面，一场铺天盖地的“反右倾”斗争席卷全国。
八月十七日，全体与会人员下山到九江机场，每十五分钟一次航班飞返北京。不料，天有不测风云，在微山湖西侧上空，一场bào风雨袭来，几个架次的飞机临时改降济南机场。中午在济南一个宾馆就餐，整个餐厅桌桌满座，唯独彭德怀孤零零一个人坐在一张桌子旁吃饭，竞没有人敢与他同桌。据习仲勋秘书田方回忆，习仲勋在庐山会议期间，对批判彭德怀心情复杂，非常为难，因而情绪低沉。
历史终于拨开了迷雾。一九八一年六月，中共十一届六中全会通过的《关于建国以来党的若gān历史问题的决议》，对彭德怀冤案也进行了平反昭雪，恢复了彭德怀的名誉。习仲勋为此感到十分欣慰。
■长葛调查
“大跃进”运动给国民经济带来的严重后果已越来越清楚地显露出来，钢产量持续下降，农业减产，加上严重的自然灾害，粮食紧张，群众普遍吃不饱饭，一些地方还出现了饿死人的现象。这些都影响到轻工业发展，重工业生产也受到严重制约。此时，中苏关系恶化，不仅给中国的政治带来很大影响，而且使原本十分困难的中国经济面临着更大的困难。当时，毛泽东虽然也发现工作中存在的问题，并从一九五八年十一月的郑州会议开始注意纠“左”，但由于没有从根本上解决问题，加上庐山会议突然转向“反对右倾机会主义”，使党的路线方针政策、主观与客观实际相脱离的问题越来越严重，对经济建设带来的损失也越来越大。
面对日益严峻的形势，党中央、毛泽东经过慎重思考，决定采取积极措施，克服困难，战胜灾荒，扭转这一局面。一九六〇年十一月三日，中共中央发出《关于农村人民公社当前政策问题的紧急指示信》(简称《十二条》)，一九六一年三月又制定了《农村人民公社工作条例(草案)》(简称《农业六十条》)，主要是纠正“共产风”，恢复农村经济。为了及时了解两个指示贯彻落实情况，中央号召全党大兴调查研究之风，将一九六一年确定为“实事求是年、调查研究年”。当年三月，毛泽东组织身边工作人员，分三个调查组到浙江、湖南、广东农村调查。三月二十三日，中共中央又发出《关于认真进行调查工作给各中央局，各省、市、自治区党委的一封信》，调查研究之风在全国迅速形成。从中央到地方的各级领导，包括刘少奇、周恩来、朱德、陈云、邓小平、彭真等都分头带领调查组深入基层，中央和各中央局，国务院各部门及各省、市、自治区党政负责人，也纷纷深入到县、社、队进行重点调查。
四月上旬，习仲勋率领有国务院副秘书长和部分直属局正、副局长十多人参加的工作队，到河南省长葛县开展典型调查。
中央和国务院领导到基层工作，按规定是严格保密的。习仲勋在长葛调查时，工作人员理所当然地请他遵守这一规定。由于他身材魁梧，气质特别，平易近人，加上一口纯正的陕西关中口音，虽然衣着朴素，仍不免为当地群众所注目，人们纷纷打听他是从哪里来的，是哪一级的领导。他带着工作队走村串户，到群众中嘘寒问暖，更是引起了人们的好奇和疑问。习仲勋得知后，便给工作人员说，我的身份对群众不用保密，就说是国务院副总理到长葛来调查，这样才能体现党中央对人群众的关心，我们来这里是帮助工作的，把身份告诉群众有何不好呢?有个社员曾当面问他：“你来过长葛没有?你们是参观团吗?你们是不是从北京来的?过去汽车一来都得去欢迎不去还要硬叫去。你们不像过去的参观团。”习仲勋耐心向群众作了解释，得到了大家的理解和信任。习仲勋感到这里群众很朴实，对党有感情。
习仲勋在调查中发现了许多问题，根据掌握的情况，四月二十三日和五月九日，两次向中共中央总书记邓小平和党中央作了详细的书面报告。报告中他以河南长葛县和尚桥公社为例，对农村形势作出如下分析：
(一)农村形势。中央十二条指示下达以来，形势急骤好转。群众歌颂十二条指示说：“毛主席派来了天兵天将，捉去了妖魔鬼怪，灵符降服了邪气，要回盗走的财宝。”外流的劳动力大部分已经回来，生产大队纷纷添购农具、牲畜、架子车等。广大农民都积极起来了，不光出勤率很高，gān活质量也好。社员对自留地普遍感到满意，种得特别好。喂猪、喂jī、养羊的人家正在逐日增多。有些gān部害怕群众的这种积极性，这不对。在最近几年之内，有意识地让群众在“小自由”方面多生产些东西，只有好处，并无害处，何怕之有。更可喜的是群众的政治热情逐渐提高，民主空气开始发扬。群众发动好的地方，到处可以听到群众议论一些政策问题，批评起“五风”来话更长。