全会一致同意华国锋辞去中央委员会主席和中央军委主席职务的请求。选举胡耀邦为中央委员会主席，赵紫阳、华国锋为副主席，邓小平为中央军委主席。中央政治局常委会由胡耀邦、叶剑英、邓小平、赵紫阳、李先念、陈云、华国锋组成，增选习仲勋为中央书记处书记。这个重要的人事变动，从组织上保证了拨乱反正任务的完成和党的正确路线的贯彻执行。
党中央高层人事变动的同时，习仲勋被安排到负责党中央日常事务的书记处工作，是考虑到他德高望重，经验丰富，又有高超的领导才能，也有利于对新gān部的传帮带。此时习仲勋已六十八岁，对中央提议自己担任这样重要的职务心存感激，同时也有自己的想法。他虽然三月份就开始参加书记处工作，但觉得自己毕竟是快七十岁的人了，不管是从党的事业出发，还是从个人的身体状况考虑，都应让位于更年轻的同志。习仲勋在全会讨论中央人事安排时发言，一开始就表明了自己的态度说，全会决议关于人事安排的方案中，除对我个人安排是否再作考虑以，完全拥护中央政治局关于中央人事变动问题的建议。
习仲勋说：拥护胡耀邦同志为党中央主席。三中全会前后，是谁冲破了“左”的一套造成的那潭死水，推动了历史的伟大转折?耀邦同志就是重要的一个。他敢于解放思想，勇于冲破种种禁锢，这不是他的缺点，而是一个共产党人特别是一位领导gān部所必须具有的一股革命闯劲，一种革命胆略，这是难能可贵的，可以说是人才难得。自他担任总书记、主持中央书记处工作以来，做了大量的工作，很有成绩，这也是大家公认的。选他当主席顺乎党心、军心、民心。国际舆论预料也会是好的。【贺氏藏书·刘大海jīng校】
他说，这次人事变动，非常及时，是粉碎“四人帮”以来特别是三中全会以来，又一次最大的拨乱反正，一次有深渊历史意义的战略决策，是全党的一件大事，关系党和国家的命运和前途。可以肯定地说，有这次六中全会的人事变动，可以在几十年内避免发生像“文化大革命”那样的浩劫。我是乐观的，对今后满怀信心，但是也不能高枕无忧，因为不安定的因素还存在，天下还不那么太平，我们务必谦虚谨慎，兢兢业业。我的态度，一是坚决拥护，二是寄希望于新上去的同志，在几位老中央副主席的传帮带下，把党和国家的事情办好。
习仲勋谈到自己进中央书记处时说，中央政治局这次建议选我进中央书记处，小组会上许多同志对我的评价，都使我诚惶诚恐，非常惭愧。我觉得这个担子很重，不能胜任，这不是谦虚。虽然我曾经在中央担任过领导工作，但那已是五十年代的事，现在情况与过去有很大的不同。人贵有自知之明：一、我的缺点毛病很多;二、工作能力不qiáng，水平不高，虽有一些实践经验，但不适应目前形势的发展;三、年近古稀，已有力 不从心之感，不符合领导班子成员年轻化的要求。总之，无论从哪方面讲，我都不够条件，比我qiáng的同志有的是。今年三月底，中央通知我参加中央书记处的工作，我对耀邦同志讲过，我将竭尽全力，做一点力所能及的事，帮帮忙，在有生之年，力争为党多做一点工作，以不辜负党中央对我的信任及期望。现在我仍然是这个态度。我并且准备随时让贤与能。
习仲勋还谈了对一些问题的看法和思考。他说：
一是官做大了，不一定本事就大了。本事和职位是两回事，别人的经验不等于是自己的。在过去中央的几次会上我都说过这个话。
二是抬轿子、坐轿子的问题。抬轿子的人，任何时候任何地方都会有。问题在于坐轿子的人的态度，你是欣赏鼓励呢，还是抵制反对?抬轿子的固然不对，坐轿子的责任更大，我们每个人都会遇到这个问题，也都有一个如何正确对待的问题。习仲勋的这些话，对领导gān部来讲，至今仍有借鉴意义。
从到中央书记处工作直到十二大召开前的这段时间里，习仲勋协助胡耀邦处理中央书记处的日常工作，中央经常把一些重大的事情jiāo他处理，他不负众望，以丰富的工作经验和革命家的魄力，驾轻就熟，卓有成效，受到了新老gān部的称赞。
■改革机构与配备省部级领导班子
习仲勋在中央书记处联系gān部工作，领导了中直机关机构改革和参与了省部级领导班子的配备。这一时期，党和国家面临着拨乱反正的艰巨任务，jīng简机构、压缩编制、新老gān部jiāo替、调整领导班子、平反冤假错案等工作千头万绪，涉及面广，难度很大。习仲勋以高超的马列主义水平、坚定的党性原则和高度负责的jīng神，坚定不移地贯彻执行党的gān部路线和gān部政策，不顾年事偏高的身体状况，夜以继日地工作，为理顺工作机构，加qiáng党的建设，配备好省部级领导班子，做了大会的卓有成效的工作，为党和国家新老gān部jiāo替做出了大量贡献。
一九八二年九月一日，中国共产党第十二次全国代表大会主在北京开幕。习仲勋出席大会，并当选为大会主席团成员。
这次大会上，邓小平提出了“建设有中国特色的社会主义”这一划时代的命题，指明了中国改革开放的前进方向。胡耀邦代表第十一届中央委员会做了题为《全面开创社会主义现代化建设新局面》的报告，提出到二十世纪末我国经济建设的奋斗目标，即在不断提高效益的前提下，力争全国工农业总产值翻两番，从一九八。年的七千一百亿元增加到二〇〇〇年的二点八万亿元左右，人民物质文化生活达到小康水平。
习仲勋在这次会上当选中央委员，在随后举行的中共十二届一中全会上，当选中央政治局委员、中央书记处书记。对于这个安排，习仲勋在大会召开之前就向中央提出退出新一届中央书记处的请求，说自己年近六十九岁，不宜再担当此任，建议另选年富力qiáng的同志担当重任。九月一日，即十二大召开的当天，拟任中央书记处书记的胡启立提出，中央书记处和中共中央办公厅日常工作非常繁重，他又比较生疏，过去工作中习仲勋对他帮助很大，建议习仲勋仍留书记处。中央同意了胡启立的意见，仍把习仲勋作为中央书记处书记候选人。九月十二日，习仲勋当选为中央书记处书记。
中共十二大结束后不久的九月十七日，中央书记处会议决定由习仲勋协助胡启立负责书记处常务工作。九月三十日，胡耀邦主持中央书记处会议，明确了书记处的分工，习仲勋除协助胡启立工作外，负责联系gān部工作，负责统一战线，民族、宗教方面的动态和方针政策的研究工作。在此后的时间里，他与胡启立一起协助中共中央总书记胡耀邦处理党和国家的重大事务。习仲勋在中央书记处工作期间，年近七旬，但为了党和国家的事业，不辞劳苦，忘我工作，往往到深夜。中央书记处大到墓大问题的协调处理，小到文件、简报的审阅把关，无不浸透着他的汗水和心血。
中央书记处这一时期的一个工作重点，就是改革党和国家的领导体制及gān部制度。早在一九八〇年八月三十一日，中共中央政治局就讨论通过了邓小平八月十八日在政治局扩大会议上所做的关于《党和国家领导制度改革》的重要讲话。邓小平在讲话中说：“我们过去发生的各种错误固然与某些领导人的思想、作风有关，但是组织制度、工作制度方面的问题更重要”，并尖锐地指出：“主要的弊端就是官僚主义现象，权力过分集中的现象，家长制现象，gān部领导职务终身制现象和形形色色的特权现象。”习仲勋出席了这次会议，坚决拥护这个讲话。他敏锐地感到，党和国家领导制度和gān部制度改革是一场革命。当时他还在广东工作，就开始思考和谋划这项改革。到中央书记处后，习仲勋直接参与和领导了这项工作，把邓小平的讲话jīng神作为这场改革的基本指导思想，按照中央的总体部署，大力推进。