他严肃地告诫说，既要充分认识“呼喊派”问题的严重性，绝不可掉以轻心;又要看到它的虚弱性，因为它在政治上是极其反动的，从而也是极端脱离群众的(包括一切爱国的、真正的信教群众)，我们绝不可在它的猖狂活动面前软弱无力，束手无策，我们要教育、争取受“呼喊派”蒙骗的信教群众，让他们回到“三自”爱国教会组织里来。这将是长期的、复杂的斗争，要做大量的艰苦工作。我们完全有力量、办法、有信心解决“呼喊派”问题，取得斗争的胜利。
习仲勋指出，要解决“呼喊派”问题，光靠宗教部门公安部门不行，必须进行综合治理。他把综合治理的措施。总为五句话：充分运用法律武器，坚决打击首恶分子，认真落宗教政策，深人做好群众工作，切实加qiáng党的领导，并逐句了解释。他qiáng调：在调查研究、做好准备的基础上，要集中段时间，组织qiáng大力量，稳准狠地打击首恶分子，坚决瓦霹取缔“呼喊派”的组织和活动。各地应该依照宪法研究采切实有效的办法，把我们的方针政策告诉群众。否则，群众我们的态度不明了、不理解，就不敢起来同他们斗争。反来，只要广大群众真正了解、掌握了党的方针政策，就会形巨大的威力。
这次会议对打击“呼喊派”做了具体的安排部署，明确了解决“呼喊派”的政策界限和斗争策略。之后，各有关省区按照党中央的部署和习仲勋的指示，统一思想，集中力量，统一行动，迅速地开展了打击“呼喊派”的斗争，经过一年多的努力，取得了彻底胜利，瓦解、取缔了“呼喊派”反动组织，揭露和打击了极少数反动骨gān分子，进一步落实了宗教政策，争取团结了广大信教群众，促进了安定团结的政治局面。
一九八四年九月，群众来信向中央反映一些宗教场所既是国家文物，又是旅游景点，在管理使用中存在职责划分不明的问题。按照胡耀邦的批示，中央办公厅组织力量对此进行了调查，并提出解决意见，建议进一步贯彻中发[1982]19号文件和国发『1983]60号文件，落实好宗教政策。一九八五年三月中央办公厅以《调查简报》的形式将调查情况报送胡耀邦。二十二日，胡耀邦批示，请习仲勋牵头处理好这件事情。
习仲勋按照胡耀邦的要求，做了一系列的工作，推动了问题的解决和宗教政策的落实。
三月三十日，习仲勋约请中央、国务院有关部门的负责同志，一起研究落实党的宗教政策和开放宗教活动场所的问题，决定趁正在召开全国人大和全国政协两会之机，由中央统战部邀请各省、市、自治区的负责同志开会，向大家介绍情况，督促落实政策，解决问题。习仲勋出席了这个会议，qiáng调要落实好宗教政策。他特意向与会同志介绍了胡耀邦在昆明华亭寺实地调查的情况，说明落实政策的重要性。
胡耀邦是一九八四年二月十九日视察华亭寺的。他听到僧人反映寺庙还没有jiāo由他们管理时，即对僧人说，寺庙的政策要落实，该jiāo你们管的要jiāo你们管。他对随行的园林部门的同志说，不要把宗教界看成外人，都是中国人，你们要主动和他们搞好关系，搞好团结。针对当时普遍存在的党的宗教政策落实不到位的问题，胡耀邦要求陪同他的省上负责人要认真切实地落实好党的宗教政策，把出现的问题解决好。习仲勋对与会的各省、市、自治区负责人介绍胡耀邦视察华亭寺的情况，目的是要督促各地加快落实宗教政策。他qiáng调说：耀邦同志这次谈话，对如何解决寺庙的管理问题，如何正确对待僧道人员，讲得很清楚，很明确，对各地都有指导意义。特别是耀邦同志深入实地，察看情况，发现问题，解决问题的工作作风，更值得我们学习，要以实际行动贯彻到自己的工作中去。这次会议后，各地及时纠正了民族宗教工作中存在的。问题，加快了党的宗教政策的落实，在宗教界引起良好反响。
习仲勋关注着宗教政策落实的进展情况。当他得知落实宗教政策仍然阻力不小，国务院六十号文件确定开放的一百六十三座重点寺院和道观中，由文物、园林等部门管理使用的九十四座应移jiāo给佛教道教组织和僧人道士管理使用，但仍有三十多座没有移jiāo，即使移jiāo了也有不少遗留问题。于是，他在一九八五年四月中央统战部召开的落实宗教政策座谈会上再次qiáng调：党的十一届三中全会以来，我国所以能够很快形成安定团结的政治局势，这个局势之所以能够不断巩固和发展，同我们对民族、宗教问题解决得比较好是分不开的。②他提醒，在落实宗教政策问题上存在有令不行、有禁不止，甚至违反政策规定的现象，有的还相当严重。他说，中央发出十九号文件已经三年，国务院发出六十号文件也已两年，为什么不能完全贯彻落实，有两方面的原因：一是“左”的思想仍然在束缚着我们不少同志的头脑，二是不少同志在执行宗教政策上缺乏全局观点和政策观点，往往自觉不自觉地只从本部门、利害得失考虑和处理问题，而不是首先把党的政策、放在第一位。习仲勋的这次讲话对大家震动很大，会议之后，各地很快落实了有关政策。
在改革开放不断深入的新形势下，民族宗教工作如和发展?习仲勋经过调查研究，认为在gān部群众，特别是领导同志中，要树立正确的民族宗教观，要培养大批的民族宗教工作gān部。同时，要大力发展民族地区的经济，坚持物质文明和jīng神文明一齐抓。
一九八六年十一月，习仲勋在全国民族事务委员会主任会议上说，民族问题“最根本的一条就是要在全国人民中加qiáng民族政策、民族团结的教育”。一九八七年七月，他在出席内蒙古自治区成立四十周年的一次讲话中又说：“要在各民族gān部和群众中，经常地、深入地进行马克思主义民族政策、民族团结的教育。”他还说：“在党的高级gān部中，像乌兰夫同志这样的少数民族马克思主义者很少，乌兰夫是我们的榜样，各级都要有这样一些马克思主义的民族gān部。”
习仲勋十分重视总结民族政策和民族观教育的经验，提倡大力表彰为民族团结进步做出贡献的先进集体和个人，传播他们的先进事迹和经验。在他的倡导下，民族政策和民族观的教育活动蓬勃开展，创造了许多新鲜经验：经常性教育和集中教育相结合，重点加qiáng对各级领导gān部、知识界和青少年的教育;各级党校、大专院校、中小学校普遍开设了马克思主义理论和党的民族政策课程;把民族政策和民族观的教育同坚持党的基本路线，深入开展爱国主义、集体主义和社会主义思想教育结合起来;定期或不定期地进行民族政策执行情况的大检查;广泛开展“民族团结宣传月”活动，表彰民族团结的先进单位和先进个人。到一九八九年，全国二十六个省、市、自治区召开了民族团结表彰大会，数以万计的先进集体、先进个人受到表彰和奖励。
习仲勋十分重视对青年学生进行马列主义宗教观的教育。一九八二年，他从有关材料看到新疆伊犁师范学院对学生进行正确宗教观教育的经验后，十分高兴。新疆伊犁师范学院有五百多名学生，百分之六十是维吾尔族、哈萨克族等少数民族，由于家庭成员信仰宗教，他们阅读宗教书籍，回家参加宗教活动。对此，学院采取多种形式，循循善诱，进行马克思主义宗教观教育，帮助学生正确认识宗教。经过细致的思想教育，许多学生对宗教有了正确的认识，对党和国家产生了由衷的热爱之情。许多学生参加了共青团，不少学生还申请加入中国共产党。习仲勋赞扬这个“学院党委工作有成绩，路子走得对，涌现了一个集体的李燕杰式的样板”，并指示国家民委加注按语转发各省、市、自治区。中央统战部按照习仲勋的批示，将这个学院的经验在全国推广，收到了明显效果。