但时隔不久，在北戴河召开的中央政治局扩大会议上，毛泽东重提阶级斗争。一九六二年九月召开的中共八届十中全会，严厉批评李维汉一味迁就十世班禅和喜饶嘉措等人，妥协退让，不抓阶级斗争，搞投降主义;批评习仲勋在《七万言书》问题上采取迁就、放任的态度。李维汉、习仲勋、十世班禅和喜饶嘉措因此受到批判、审查。一九六四年九月，西藏自治区筹委会第七次扩大会议对十世班禅再次进行批判，年底解除了一切职务。“文化大革命”中，习仲勋和十世班禅都受到红卫兵的揪斗，被长期审查，直到中共十一届三中全会以后，他们的错案才得以彻底平反。老友重逢，感慨万端。十世班禅对习仲勋说，我的《七万言书》把你连累了，真是对不起，习仲勋说，这都是“左”倾错误的恶果，不是谁连累谁的问题，我们都受到了锻炼和考验，增长了见识，党对你是了解信任的。
一九八二年三月十一日，已经担任全国人大常委会副委员长的十世班禅，致信习仲勋并转胡耀邦，希望在适当的时候去西藏和甘肃、四川、云南的一些藏区视察。由于他一九八〇年藏区考察进行佛事活动时发生过意外，以后两年多再没有去藏区。习仲勋看了信后即转呈胡耀邦阅示。次日，胡耀邦同意班禅的要求，批示“请仲勋、兰夫、彭冲同志商定”。经过慎最研究，中央同意班禅这年回西藏视察。十世班禅临行前，几位中央领导一起与他谈话，告诫要按中央要求做好工作。习仲勋一方面提出要求，一方面叮嘱他要注意的问题。
五月二十六日，习仲勋与乌兰夫、杨静仁在人民大会堂福建厅约见十世班禅。一见面，习仲勋高兴地说，我们认识三十一年了，过去是好朋友，中间经过“文化大革命”，现在我们既是朋友，又是同志，今天谈话可以随便一点，畅快一些。十世班禅非常高兴，感谢几位领导的关心和爱护。
习仲勋说，你要去西藏的心情可以理解。你去不去西藏，什么时候去好，中央要有个全面的考虑。这两年没让你去，我看是对的，因为你的身份不同，你的行动，不只是你一个人的问题，还要考虑到对达赖集团的政策，这是一个敏感的政治问题，不能把自己单纯地看成只是藏族的jīng神领袖。你现在是自由又不自由，当了副委员长，就不能那么自由。犹如我们共产党员，党叫gān啥就gān啥，决不可自由行动，就是要讲党性，守纪律。我们之问的区别，只不过你不是共产党员罢了，其他都一样，同是gān革命。你是大师，又是副委员长，也要求你同我们一样遵守这条准则，这也是为祖国的统一着想，为全国各民族人民的利益着想。如果不这样来要求你，那就是另眼看待你了。前年，邓小平副主席同你谈话，对你的评价很高，他从不随便讲话，应该说对你是一次很诚恳很亲切的谈话。现在是八十年代，不同于四十年代，我们希望你做一位社会主义的班禅，做一位革命的班禅，争当革命的政治家，要有政治家的见识，气量要大，不要感情用事。
习仲勋传达了中央对十世班禅去西藏的决定。他对十世班禅说：“几天前中央郑重研究了你去西藏的问题，决定你今年可以去西藏。”他还推心置腹地说：你是双重身份，在思想上要把副委员长放在第一位，宗教领袖放在第二位。一言一行要从国家领导人的角度考虑问题。宗教活动不是不可以搞，但不宜多，多了会影响当地群众的生产和生活;要尊重地方党委及地方政府，尊重地方党政领导同志。对“文化大革命”中的问题“宜粗不宜细”。要正确对待下面的同志，要团结起来向前看，不要翻历史旧账，对反对过你的人，要特别注意团结。达赖要搞大藏族自治区，在西藏安了不少钉子，在国外又搞了不少名堂。你这次去可以了解点情况，多做些工作，宣传民族大团结，宣传走社会主义道路，、宣传祖国统一。既然回西藏能去的地方都可以去。
十世班禅感谢中央批准他去西藏，感谢十一届三中全会使他获得了第二次政治生命，表示相信党中央，愿意在藏区发挥一些特殊作用。
为了安排好十世班禅在西藏的行程，五月三十一日，习仲勋与乌兰夫在北京专门约谈中共西藏自治区党委第一书记yīn法唐，就十世班禅回西藏事宜作出安排。习仲勋说，中央同意班禅今年去西藏。班禅同达赖有原则的区别，是两个完全不同而在西藏都有影响的人物。达赖叛国，现在还要搞什么大藏区。班禅一贯爱国，拥护党，热爱社会主义祖国。小平同志对班禅有明确肯定的评价。班禅回去，西藏自治区要热情、诚恳、礼貌，体现政策，各方面工作都要做好，帮助班禅解决好视察工作中的一些具体问题。
一九八二年夏天，十世班禅回到西藏，得到西藏自治区的妥善安排和热情接待，视察进行得很顺利。七月十日，十世班禅在拉萨gān部大会上说，我从幼年起就是在中国共产党和老一辈无产阶级革命家的教育培养和关怀下长大成人的。“我的一切同党的关怀是无法分开的，我对党、对老一辈无产阶级革命家怀有特殊深厚的感情。三十年来，我遵照党的教导，在主观上总是要求自己对西藏的革命和建设事业，对加qiáng汉藏民族的兄弟情谊，对维护祖国的统一做一些有益的事情。”
十世班禅是这么说的，也是这么做的。在西藏期间，他按中央要求和习仲勋等中央领导的嘱咐，多次讲话宣传西藏从来是中国领土的一部分，坚决维护汉藏民族的团结。
习仲勋关注着十世班禅回藏的情况，连新华社关于十世班禅回藏的报道稿也要亲自审阅，并作出批示。
一九八六年二月，十世班禅准备去西藏拉萨参加“传召”活动。二月五日下午，习仲勋约请十世班禅到中央统战部，就“传召”的有关问题与十世班禅jiāo谈。习仲勋对“传召”活动考虑得很仔细，关切地说，这次你去拉萨主持祈祷大法会，这台戏你是主角，搞好搞不好，要看你了。这个法会二十年没搞了，今年开始恢复，意义很大。搞好了，对外影响更大。你去之前，要做好充分准备，把问题考虑周到些，对每件事的处理要尽量慎重点，安排妥当，时间短一点，规模小一点，尽量不要发生问题，通过这次活动扩大政治影响。习仲勋特别叮嘱说，大师千万要记住，你是全国人大常委会副委员长，处理任何事情，都要考虑可能产生的政治影响。并关照说，西藏情况很复杂，你要注意安全，确保不出事。一九八九年一月二十八日凌晨，十世班禅在西藏扎什伦布寺主持第五世至第九世班禅合葬灵塔祀殿——班禅东陵扎什南捷开光典礼后，因操劳过度，心脏病突发，抢救无效，英年早逝，终年五十一岁。噩耗传来，习仲勋十分震惊和悲痛。就在不久前十世班禅五十寿辰时，习仲勋还为之作“知天命之年”的祝贺，祝愿他为祖国为民族作出更辉煌的贡献。然而未料此次赴藏竞成不归。习仲勋痛心疾首地说，这个损失真是难以弥补啊!
二月二十目，习仲勋在《人民日报》著文，深切悼念十世班禅。文章深情地写道：