陕甘边区游击队总指挥部的建立，虽然有了编制序列和组织形式，但是很难对数十支游击队实行统一领导。特别是由于“游击运动发展很快，不少游击队混进了坏人，组织严重不纯，屡次侵犯群众利益，遭到群众反对”。游击队领导也出现过违犯群众纪律方面的问题，对游击队的军纪产生了消极影响。
四月，红二十六军党委决定，改组陕甘边游击队总指挥部，调整李妙斋的职务。任命huáng子文为总指挥，习仲勋为政委。五月，李妙斋继huáng子文再任总指挥。
新的指挥机构立即对二十多支游击队进行了政治上、组织上的彻底整顿。习仲勋作为党在游击队中的代表，在整顿中发挥了有力的指导作用。他们坚决地遣散了一批纪律涣散、成分不纯的人员，开展了阶级教育和纪律教育，建立起政治工作制度，有效地提高了游击队的政治、军事素质。在游击队的带动下，群众武装工作也广泛开展起来，以贫苦农民和少年儿童为骨gān的农民赤卫军和少年先锋队，在站岗放哨、肃特反霸、维护秩序、保卫斗争成果、配合红军和游击队作战中发挥了重要作用。
在环境险恶、物质匮乏的条件下，习仲勋为建设薛家寨更是呕心沥血。
薛家寨因为传说薛刚反唐时曾屯兵于此而得名。这里石峰gān仞，拔地而起，三面悬崖，人莫能攀。仅西北角和土儿梁山岭相接，直通桥山主脉。寨东为黑田峪，寨西是绣房沟，四周灌木丛生，十分隐蔽，登上悬崖吊桥，再过两道石门，内有天然石dòng五孔，每孔可容纳数十人至二三百人住宿，是一个易守难攻的兵家要地。
习仲勋随陕甘边党政领导机关进驻薛家寨后，首先动员群众加固了前后哨门，构筑碉堡，增设火力网点;又在党家山、jī儿架等处设立哨卡，周围布设地雷、滚石垒，挖掘战壕、暗道等防御工事。他们还根据战争需要改造山寨，整修岩dòng，储备粮食物资。同时，在寨内设立了红军医院、被服厂、修械所、仓库和关押地主豪绅的临时监狱。形成一个防守严密、补给较为充足的军事指挥中心和后方基地。
随着陕甘边区革命形势的发展，中共陕西省委认为这里的革命斗争，“已提到土地革命与建立苏维埃政权的阶段”。三月十五日，陕西省委致信红二十六军，要求“立刻由农联、游击队、共产党、红二十六军代表共同组成边区革命委员会”，“彻底摧毁当地反革命的政府机关，组织苏维埃的政府机关，应该从当地群众及游击队中，选择可靠的党员和非党员来加qiáng陕甘边苏区的革命委员会，来领导农民斗争，扑灭反革命的势力与夺取武装”。四月五日，中共陕甘边特委在耀县照金土儿梁召开第一届工农兵代表大会，选举产生了陕甘边区革命委员会。雇农周冬至当选为革命委员会主席，习仲勋为副主席。革委会下设土地、粮食、肃反、经济委员。此后，照金、香山、芋园、七界石、老爷岭、桃曲原、马栏川等区、乡、村革命委员会基层政权组织相继建立。一大批有觉悟、有威信的农民成为红色政权的领导骨gān，一套新的革命秩序逐步建立。
习仲勋和金理科、周冬至等陕甘边区负责人在建立苏维埃政权过程中，经常深入山寨，吃住在群众家中，访贫问苦，调查研究，进行组织发动工作，掀起了边区土地革命斗争高cháo。他们贯彻了中华苏维埃中央政府颁布的土地法令，按照家庭劳动力和人口的混合标准分配土地，贫雇农优先，对土地不足的中农予以适当补充。革命委员会还明令宣布：废除地主佃租和国民党政府的一切苛捐杂税。土地分配运动激发了广大农民的革命热情，密切了党、军队、新生政权和人民群众的关系。
经过建立政权和土地分配，照金苏区得到进一步巩固和发展。其幅员扩大到东至胡家巷、高山槐，西到huáng花山、七界石、马栏川，北连断头川、伍房川，南止桃曲原、高尔原、老牛坡，跨越耀县、旬邑、淳化等县边界方圆近百里的广大地区。
原中共中央顾问委员会委员、时任红二十六军第二团团长的王世泰在六十五年后曾评论说：“仲勋是陕甘边区特委军委书记和总指挥部的政委，很多军事活动需要他去领导和指挥;他又是筹建根据地民主政权的主要负责人，有许多具体工作需要他去做。革命委员会主席虽然是周冬至，他是按照上级要求必须选出一位雇农来担任主席的，人老实又没有文化，大量的工作是习仲勋做的，大大小小的事情都得他去过问。凡熟悉这段历史的同志，都为仲勋同志扎实的工作作风、任劳任怨的品德、身先士卒的jīng神所感动，认为他是搞地方工作的一个典范，为照金根据地的民主政权建设，付出了心血，做出了贡献。”
●负伤
照金革命根据地的不断扩展和巩固，红二十六军及游击队连续作战取得的胜利，使苏区人民群众看到了希望，受到了鼓舞，但也引起国民党陕西当局的恐慌。四月下旬，陕西当局再次调集四个正规团及旬邑、淳化、耀县、三原、同官、宜君六县民团，以在杨虎城部任骑兵团团长的王泰吉为总指挥，分四路“围剿”照金苏区。
面对严峻的军事形势，中共陕甘边区特委、革命委员会、红二十六军举行联席会议，决定特委书记金理科和军委书记习仲勋等领导成员随特委、革委会和游击队总指挥部留在照金地区，领导群众和游击队坚持苏区斗争;红二十六军插入敌后，在外线相机歼敌。总的方针是：内外结合，采取灵活机动的战略战术，粉碎国民党军的“围剿”。同时要求做好思想动员工作，准备迎接更恶劣更残酷形势的到来。
红二十六军转入外线作战以后，习仲勋与金理科等特委、革委会和游击队总指挥部领导，及时下定决心，实施正确指挥，始终坚持以薛家寨为中心，军民同仇敌忾，利用有利地形突袭伏击，有效抗击了来犯之敌。但是在敌重兵压境之时，出没于根据地附近的几股土匪武装却与革命政权和游击队作对，时常袭扰骚乱。这几股武装分别以其头领姓氏命名，称为钟队、罗队、郭队，其反动性尤以从陕甘游击队叛变出去的陈克敏民团为最。陈克敏股匪驻扎照金龙家寨内，仅隔一条绣房沟与薛家寨对峙，给游击队的活动造成了很大困难。
五月底的一天，习仲勋与huáng子文由薛家寨来到党家山革命委员会政治保卫队驻地。他们研究决定带政治保卫队到薛家寨东南十多里外的北梁开会，并顺便在附近征收驮运粮草。次日清晨，习仲勋、huáng子文带政治保卫队二十余人由党家山出发到了房村，刚吃早饭时，发现在房村以东陈家坡南边的高梁上有四五个人形迹可疑。
陈家坡是一面东南走向的陡坡，正东是深沟，两侧梢林密布，是通往北梁、金盆、胡家巷、高山槐等村庄的必经之地。习仲勋看到情况有异，即紧急集合队伍，作了简短动员。他特别讲道：大家要高度警惕，防中敌人埋伏，随时准备投入战斗，要加qiáng尖兵，注意听从指挥。
队伍按战斗队形编成两路：习仲勋、huáng子文带一队直上陈家坡;保卫队队长王金宝带一队绕到陈家坡北面进入村内，同时派出三名尖兵组，指定了联络兵负责两队之间联系。