习仲勋在一九四三年一月回关中党史时说道，南区区委改称关中特委的时间还要早一些。“一九三五年十月间，成立了关中特委，书记鲁笨，区苏维埃政府主席秦善秀，副主席张邦英。当时领导有淳耀、赤水、新正、永红、新宁等五个县苏维埃政府。所有基gān游击队改编为红军第一团，团长陈国栋，政委张仲良。同时各县县委也建立起来了。这时候，关中的革命运动正处在高cháo。但是由于错误的肃反，捕杀了关中许多gān部，加之群众恐慌，使工作受到很大的影响，以致趋于停止的阶段。”
习仲勋在走不间关中前夕，日里万机的中军委副主席周恩来，在瓦窑堡住地专门约他和张仲良谈话，对分派他们去关中特区工作寄予厚望。周恩来从国内国际形势和苏区面临的敌情谈起，细致入微地指出了工作任务和需要注意问题。周恩来亲切而严肃地说：党派你去关中特区任苏维埃政府副主席、党团书记，任务是发动群众，扩大和巩固陕甘苏区，开展游击战，配合中央整个战略部署，威胁西安，迎接将要到来的抗日高cháo。这是习仲勋第一次亲耳聆听周副主席的指示，他专注地望着周恩来清癯而又慈祥的面孔，就得周副主席的每一句话，都是那样的掷地有声，拨动心弦，以致在许多年以后谈起此事时仍激动不已。他回忆说：“第一次和恩来同志正式接触是在一九三六年二月，党派我去关中苏区去担任苏维埃政府副主席、党团书记。恩来同志对敌情了如指掌，高瞻远曙地制定战略部署，他那卓越的军事才能，给我留下极其深刻的印象。”
当习仲勋奉命即将启程赴关中之时，与准备率部抗日东征的红二十八军军长刘志丹和军政委宋任穷在从安定回瓦窑堡的路上相遇。昔日并肩战斗并一起经历错误肃反劫难的战友，即将分赴不同的战场，自然更多了几分留恋之情。刘志丹、宋任穷看到习仲勋时，便老远打着招呼，赶忙勒住缰绳，从马背上跳了下来。
刘志丹紧紧握住习仲勋的手语重心长的叮嘱：“仲勋，向受过整的同志都说说，过去了的事，就不要放在心上，这不是哪一个人的问题，是路线问题。要相信党中央、毛泽东会解决好。要听从中央分派，到各自岗位上去，积极工作。后方工作同样很重要，我们有了巩固的后方，前方才能打胜仗。你要带好地方工作。”习仲勋以后回忆：“我和他依依不舍的分了手。他上前线后，一路旗开得胜，捷报飞传，顺利地打过了huáng河。”
但是，他们谁也没想到，瓦窑堡匆匆一别，竟成永诀。
四月十四日，刘志丹在东征山西前线指挥攻打中阳县三jiāo镇阵地上中弹牺牲。当习仲勋得知刘志丹牺牲的消息时，他已经随西方野战军西征到达甘肃省环县。突如其来的噩耗使他陷入极大的悲痛之中，与刘志丹临别时的话语和许多往事一下子浮现在眼前。他为失去这位总忘所归的领袖同志和战友而万分悲痛，以致成为数十年间绵绵不尽的思念。一九七九年十月，习仲勋在《人民日报》撰文写道;
“我们敬爱的刘志丹为国为民流尽了最后一滴血。那时我在隆冬环县工作，噩耗传来，万分悲痛，许多同志都哭出了声。同志们告诉我，志丹牺牲时，衣袋里仅留下半截铅笔，两个烟头。他们又给后代留下遗产，却给我们留下了最宝贵的jīng神财富。”
习仲勋当面接受周恩来的指示后，来从中央组织部组织科科长金维映那里拿到了一份正式的组织关系介绍信，随即带十月人从瓦窑堡向关中苏区进发。路程虽不过七八百里，但是由于沿途多是国民党统治区，要通过无数道路封锁线，大陆不能走，只能走羊肠小道，过了甘泉后又连续在人烟稀少的梢林中穿行了三天。习仲勋一行经过十多天的艰难奔波终于到达中共关中特委和苏维埃政府所在地——新正县(今甘肃正宁县)南邑村。
此时关中特委书记贾拓夫、苏维埃政府主席秦善秀、关中特区司令部司令员江华和唐洪澄、张邦英等党政军主要负责人同志已先期在这里开展工作。习仲勋等一批gān部的到来，进一步加qiáng了这一地区的领导力量。
其实特委的中心任务就是迅速传达贯彻中共中央瓦窑堡会议jīng神，学习毛泽东在党的活动分子会议上所作的《论反对日本帝国主义的策略》报告，以统一思想，认清形势，增qiáng坚持武装斗争，巩固根据地，建立发展统一战线，迎接抗日战争新局面的信心。
习仲勋到关中后，又进行另一项工作，即根据地当地实际情况和中央jīng神，纠正执行土地政策问题上的偏差。“当时由于土地政策上侵犯了中农利益，在经济政策上没收了商人的一些东西，以及‘左’倾机会主义的‘肃反’政策，造成了关中苏区群众的相当恐慌，对外形成赤白对立。党中央到陕北后，即进行对错误政策的纠正。由于gān部不能很好的掌握政策，在土地政策上又犯了右的倾向，把以没收的地主土地退回给地主。分到土地的雇农和贫农感到地权的不稳定，对革命发生了怀疑。于是又进行第三次的土地重新调整，按人口与劳动力混合原则，进行平均分配土地。但又引起人口少而已经多分了土地的贫农不满。中农因为自己原有土地，而又得不到分配的土地，同样对革命发生怀疑。因此这时争取中农的工作是一个很重要的问题。但是这个政策也没有彻底在关中苏区实行，只是在新正、赤水、淳耀、新宁等县进行了一部分调整。”
四月，国民党东北军以十一个师的兵力，分三路向关中苏区发动全面“围剿”，并出动飞机轰炸。近一个月时间内，关中特区五个县几乎全被国民党侵占，所有中心区域敌人都设立武装据点，只有新宁的一个乡的平道川没有敌人骚扰。国民加紧进行请查户口，编制保甲，收买利诱中共党员和gān部叛变。加之关中红军主力第一团及一、二、三独立营离开关中苏区北上与陕甘红军会合，是这一地区武装力量受到消弱，所辖五个县的苏维埃政权被摧毁。
“这时，关中的革命运动处在非常困难的时期。如何地善于退却，如何地保存积蓄革命力量，是当时关中党的严重任务。”中共关中特委根据中央指示决定，凡外来gān部以及和群众关系不是很密切的人员，立即分撒撤退。据此，贾拓夫、江华等党政军领导gān部随率大部分武装转移到瓦窑堡，关中特区撤销。另“由习仲勋、唐洪澄、汪峰等组成关中工委。坚持关中游击战争(洪澄同志不日坚决要求回中央了)在军事上划关中为连个作战区域，成立南北两路指挥部”习仲勋在另一份手稿中曾记述说：“三月，关中苏区遭敌人大举进攻，我主力部队和关中特委(书记贾拓夫)于四月撤出关中苏区，撤出前经特委决定成立关中工委，我任书记，坚持苏区工作。”
后来的斗争更为艰难和残酷，关中特区苏维埃政府主席秦善秀等被国民党军杀害，个别游击队哗变投敌。“可是群众的革命热情没有被敌人镇压下去，而是始终站在革命方面。军事上则是灵活的游击行动，避实就虚，保存自己，消灭敌人，而绝对不和敌人硬仗。可是当时的军事负责人同志则犯了军事上的冒险行动，把游击队一般的力量并掉。”