同时，习仲勋和分区保安司令部司令员张仲良致信国民党保九团尤奉山，晓以民族大义。信中说：你是深明大义的爱国军人，又是指挥官，应以民族利益为重，团结抗日为前提。而后方少数顽固分子，无端造谣，祸起萧墙，日寇高兴，汉jian窃喜。你因该明察实情，悬崖勒马。尤奉山看信后，深有感悟，回信说：我作为中国军人在民族存亡之际，不能去打日本鬼子，实在惭愧。但我可以保证，在我的防区，绝不再向贵区前进一步。
随后，八路军留守兵团司令员萧劲光即根据关中分区报告和党中央的方针，急电国民党陕西省政府主席蒋鼎文并蒋介石、程潜，要求当局派员处理此案。电文称：“查敝军残废员兵，以抗敌余生，息养后方，前以移驻土桥，备受迫害，今又大遭屠杀，消息传来，痛心曷极!惟念国家处此危急存亡之际，袍泽之间，纵有差错，总宜容忍。”
同时通电全国，要求各界一致呼吁，“以彰公理，而警凶顽”。国民党当局杀人理亏，不得不派人调查处理。从而揭露了顽固派破环团结、残杀抗日伤残人员的罪行，赢得了全国人民的同情和声援。
习仲勋和关中分区的同志从这一事件处理过程中，对党中央方针政策和高超的斗争艺术有了更深刻的理解，为在以后坚持有理有利有节地同顽固派作斗争提供了借鉴，积累了经验。
为了适应新的形势，担负起组织团结全分区党员群众迎接更艰巨复杂的斗争的重任，九月上旬，中共关中分区委员会在新正县上墙村召开了分区第二次代表大会。习仲勋再次连任分委书记。习仲勋曾回忆这次会议说：
“七月间关中党召集了第二次代表大会。到会代表五十多人，代表党员四千多人。在会议中检查了两年来的工作，讨论了关中的统一战线工作，在中央指出‘人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人’的原则下，决定关中党在统战工作中是必须进行斗争的。只有斗争，才能团结，是统一战线的必然规律。”
大会最后选出习仲勋、张仲良、郭炳坤、张凤歧等十三名分委委员组成关中党的领导机关。九月五月，习仲勋、张仲良、郭炳坤等新当选分委领导成员与全体代表合影留念，为中共关中分区历史记录了一个正规瞬间。
十一月十三日，习仲勋出席了在安塞县徐家沟召开的陕甘宁边区第二次党的代表大会。这次大会是陕甘边区摩擦迭起、相当规模的武装冲突已难以避免的形势下召开的。十四日，习仲勋和与全体代表聆听了毛泽东的报告。毛泽东说：中国缺两样东西，一是独立，，一是民主。而要独立又必须首先要民主，离开民主就不能独立。陕甘宁边区因该成为全国的一个民主的样本。中国多了两样东西，一是帝国主义势力，一是封建势力。现在陕甘宁边区存在着四种矛盾。外部的有两种，一是同日本帝国主义的矛盾，二是同国民党地主资产阶级的矛盾。内部的矛盾也有两种，一是资本主义的生长，二是封建残余的存在。这四种矛盾内外相通，以外部为主。他还特别讲道：“我们的团结是有条件的，假使把你的头掉了，还将什么团结?”“所以我们讲团结，在必要斗争的时候我们还要斗争，有了斗争就会有团结。”习仲勋对这一深入浅出、风趣易懂而又富有哲理的讲话感受极为深刻。他特别感到毛泽东讲话对于正确认识形势，指导对敌斗争和工作实际，非常及时和亲切。
习仲勋在这次大会上再次当选为中共陕甘宁边区委员会委员。
●摩擦迭起
进入一九三九年冬，随着第二次世界大战的全面爆发，国内政治局势发生了急剧变化，蒋介石越来越倾向于用军事手段向中国共产党发动进攻。十一月十二日至二十日，国民党五届六中全会确定了要以军事反共来代替政治“溶共”方针，并制定了《处理异党问题实施方案》，由此掀起了第一次反共高cháo。国民党顽固派在陕甘宁边区更是极力分裂统一战线，武装摩擦日益猖獗。他们在边区周围设立秘密据点，派遣特务、土匪，绑架和杀害我边区党、政、军工作人员，制造事端，并在短时间内侵占了陕甘宁边区的四个区、七个乡、一百三十一个村庄。毛泽东在一份电文中曾生动描述了边区当时的形势：“谋我者处心积虑，计计并施，点线工作布于内，武装摧毁发于外，造作谣言，则有千百件之情报;实行破坏，则有无数队之特工。”
日益严重的形势，是身处反摩擦浅显的中共关中分委书记兼保安司令部政委习仲勋，深感焦虑和责任重大。他坚决贯彻党中央、毛泽东提出的“坚持抗战，反对投降;坚持团结，反对分裂;坚持进步，反对倒退”的基本原则和“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”，“发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力”的策略方针，领导分区军民有理、有利、有节地同顽固派进行斗争，保卫边区南大门的安全。习仲勋还亲自调查研究，掌握敌情变化，适时提出斗争对策。
一九四0年一月二十一日，习仲勋以关中分区专员名义向陕甘宁边区政府写了《关于关中分区反摩擦问题》的报告。他在报告中详细分析了关中所面临的形势，提出了开展反摩擦斗争的行动方案。报告写道：
“国民党的五届六中全会后，顽固派袭占了八路军驻防的宁县和镇原县，由此关中分区的环境日趋恶化。在军事上，封锁陕甘宁边区南线的国民党部队，除原驻淳化、旬邑县城及职田、马栏的，又在其他地方曾加了许多新的队伍。陕西第七行政督察区保安队所编成之第四保安支队(一千余人)，现已全部分驻乾县、永寿、彬县、长武及更接近边区之用洛(一个中队)、张洪(一个中队)、师店(一个中队)等镇。耀县新曾一保安旅(一千五六百人)，分驻小丘一个连(一百一十人)。正宁(山河)城内集中二百余保安队据守。新宁县已遭保安队的两次袭击，第二区区政府驻地襄炉镇的合作社被抢劫。后在我三八五旅警七团一营协助之下，已将早胜镇之反动武装、保甲全部摧毁。现双方相持。从表面看，顽固派属防御，实际上是准备力量图作再次进攻，我当然亦从各方面准备。除上述军队增防调动外，对方在淳化、旬邑、宁县一带之各市镇，大肆构筑工事，修补城垛，亩者，即勒bī买枪支，增其所谓防共力量。”
习仲勋详细报告了敌人在军事上的准备情况后，有列举了顽军在政治上有组织、有计划地配合其军事进攻的三个特点：一是特务机关有了增qiáng和扩大密布之势。二是由特务机关加qiáng，顽固派对我方在特务工作上的进攻亦大为活跃，致使关中分区目前处在特务工作之层层包围之中。三是我内部坏分子的叛变，更助长了对方特务工作的猖獗。他进而分析了顽固派尚未发动大举进攻的原因：首先对方的军事还为就绪，仅以现在所有兵力尚不足以“dàng平”关中分区，因此还需要再走准备。其次特务工作随较前活跃，但仍未有根深蒂固之基础，所以在配合方面还不得力。再次顽固派本身存在有不可克服的困难，如士兵的逃跑，简直使其整天手忙脚乱。习仲勋在qiáng敌压境、条件极为艰苦复杂的形势下，对顽固派军事政治情况的掌握和判断如此详细、准确、心中有数，实属不易，同时，他还能做到知彼知己，对关中分区自身存在的不利条件和困难有着清醒认识和估计，亦是难能可贵的。他分析说：一是关中“在地理上是一个突出部位，与陕甘宁边区其他地方是隔离而无联系的，容易受包围”。其次是历史上形成的不利因素。在关中自有群众斗争以来，革命是发展老是沿山伸张，一些大据点至今仍在对方手中。三是“我方兵力单薄，工作还有弱点”。