五月中旬，国民党顽固派加紧了对分区的武装摩擦，二师的安全受到威胁。习仲勋找刘瑞棻说：“顽军要进攻分区，bī迫我们退到山里去。二师在三甲原不安全，可以迁到新正县去。再不行，还可以迁到南梁老家去。”他还特别说：“今天二师的任务是保障学校一百多名师生的安全，好要准备接受分区顽军侵占区教师，担负保存gān部的任务。学校要学会在反摩擦斗争中办学。”五月下旬，三甲原群众用二十多头牲口托驮着图书、教育和日用品送二师到二百多公里外的新正县二区傅家山。
八月下旬，陕甘宁边区的反摩擦斗争取得了胜利，关中分区形势也相对平静了一些。习仲勋指示二师又搬回了离分区领导机关驻地较劲的新正县后掌村，十一月下旬，形势有趋紧张，习仲勋以关中分区党委常委会名义指示二师：一、学校要加qiáng集中领导;二、学校组织要简单灵便;三、学校要实行办军事化;四、学校党组织要保证教学计划的完成，党员要起核心作用，去巩固学生情绪。指示下达不久，顽军有进犯边区，二师遂从原上的后掌村迅速转移到东山沟的马栏川悟空dòng。翌年十月，鉴于分区党政军机关要迁往马栏，习仲勋建议二师搬迁到马兰镇以西八里地的黑牛窝。至一九四三年处，又与关中警备区司令部调换，移址马兰镇。
第二师范诞生于国民党顽固派向边区发动武装进攻pào火之中，短短时间内就经历了七次建校，六次搬迁。如何适应特殊的历史环境，如何在饥艰难困苦的条件下开一新的校风，保证吃饭、住宿和教学不间断进行，成为习仲勋和其他校领导考虑和解决的首要问题。他们提出“白手起家，艰苦办学”的方针。每迁徒到一地，师生自己动手，打窑dòng，建校园，解决衣、食、住、教问题。一九四一年十月，学校迁至黑牛窝后，即开展了“十月劳动建校节”活动，一个月内就打成窑dòng八孔，整修旧窑dòng十二孔，基本满足了住宿、教学、办公及生产生活需要。有时在搬迁的过程中，走到哪就在那里教学。没有教师就利用牛窑或露天上课;没有教材，教师自己编写;为了节省灯油、纸张，还采取晚上上音乐课，改写书面试卷为课堂问答、沙盘练字、演算等，因地制宜、因陋就间地坚持教学工作，并逐步建立了符合实际和自己特点的教学秩序。到一九四二年底共招收学生五个队，举办了小学教师集训会、冬学教师训练班各一次。
习仲勋曾回忆和评价说：“二师有不少时间游居在山村群众的土窑dòng里，有时在旷野、林间以至行军途中坚持教育和上课。当时学校流行这么几句顺口溜：‘庙宇是学校，大地是课堂，借日月星光，读大块文章。’没教材。老师自编自选，没有黑板，借用群众的门板;没有粉笔，用黏土快制作土粉笔;没有纸，利用桦树皮和旧书报;没桌凳，做的是砖头石块，膝盖当课桌。自己打柴烧木炭，开荒种粮种菜，采野菜，防棉线，白天上课，晚上放哨，还过军事训练和演习。学校教育和社会实践相结合，坚持正确的政治方向，把政治思想教育和文化知识教育始终紧紧地结合在结合在一起”。“在那样一个战火纷飞的特定历史年代里，二师培养出数以千计的人才，分布在党、政、军和、建、教、新闻、文艺、出版、医疗以及工、青、妇等各个方面、各条战线。”
习仲勋兼任二师校长两年多，以很大jīng力进行学校的思想政治工作。一九四0年九月下旬，学校在后掌村召开了一次师生员工民主大会，习仲勋自适自终参加会议。学校领导认为，这次大会。首创了集思广益的民主方法，是二师创建以来所没有过的，他充分发扬了民主，增qiáng了团结，总结了经验，改进了工作，使我们从正反两方面的经验中，学会了如何在学校发扬民主，正确实行民主集中制。这次会议的缺点是对民主的理解有片面性，过分qiáng调民主，搞极端民主化，有人甚至认为学生会与行政领导是平行的。习仲勋对此次大会发表了自己的看法，他说：“这样的民主大会以后要特别慎重。在全校大会上学生面对面批评教师，这不见得妥当。”习仲勋讲话后，类似问题及时得到纠正。
一九四一年六月下旬，德国法西斯统治集团向社会主义发动侵略战争。二师师生对这一重大国际政治事件认识不一，议论纷纷。六月二十七日，习仲勋带《关中报》主编胡炎骑马感到悟空dòng，在校门沟前口的大树下为师生们作专场实时报告。他概述了苏德战争爆发后的国际形式，论述了苏德战争性质与前景。他以浓重的关中口音讲到：第二次世界大战爆发多年来，战火越烧越旺，战争越大越升级。这次希特勒倾巢出动，入侵苏联，标志着战争规模的空前空大，战争的性质也起了根本行变化。在此之前，除了被侵略国家的人民反抗帝国主义的侵略战争外，主要是德、意、日与英、法、美等帝国主义国家之间的战争。此后，即转变为帝国主义的侵略与侵略奴役的苏联人民和各国人民反抗侵略奴役的民族保卫与民族解放战争。战争，有正义的和非正义的两类性质的战争。德国入侵苏联与日本侵略中国都是非正义的战争，苏联人民与中国人民奋起反抗都是正义的卫国战争。正义战争是人民直接参加的战争，必将取得胜利;非正义的战争是反人民的战争，必将遭到包括包括本国人民在内的各国人民的坚决反对，而以失败告终。当前的任务是要动员全世界被压迫、被奴役的各国人民，组成国际反法西斯同意战线，为争取民族独立解放和反法西斯战争的彻底胜利而奋斗!习仲勋的报告澄清了二师师生一些模糊认识，对于正确认识世界反法西斯战争的性质和前途有很大的启示作用。【贺氏藏书·刘大海jīng校】
习仲勋还注意和教师、学生jiāo朋友，耐心细致地做学生的思想工作。原二师学生张西民曾回忆起习仲勋五十八年前对自己的一次深刻的教诲：“一九四0年，彬县一位叫何治中的学生对我说，彬县师范条件好，第二师范师资好。二师流动性大，还要打柴、帮灶，吃huáng米多，条件的确艰苦，当时我的思想上有些动摇，想到彬县师范上学。我的想法被指导员石大康知道了，他又报告刘端棻副校长。那是石大康同志每周要来一次二师，给学生做时事报告，将抗日局势，鼓励学生不要怕艰苦，刻苦学习。一次他来学校后，让人找我。我心里嘀咕，这么大的官找一个学生gān啥?我去了以后，刘端棻老师介绍说，这是要去彬县师范的张西民。仲勋同志亲切地拉起我的手，笑着说，你这个‘小反动分子’，怎么想离开这里?他还问了我父亲的名字和家中情况，又拉家常似地启发说，我们今天吃苦，是为了明天的幸福。红军长征多艰苦，有牺牲了那么多人，他们为了什么?再说，现在不光学生苦，老师也苦，陕甘宁边区的gān部群众都很苦，但一定会苦去甘来。以后他又连续叫了我七八次，讲了许多做人的道理。最后一次，他问我，你这个‘小反动分子’转变过来了没有?我说，转过来了。他才满意地笑了。”