而毛希望借此运动打倒、负责国家常务工作的刘少奇和邓小平，似乎也dòng悉了毛的清洗意图。6月，他们派出了工作组进驻各个高校，希望将学生运动纳入自己的掌控之中。他们的决定可能是基于以下三个方面的考虑。一、尽管许多下级党组织及其领导人都会被刘邓们陆续抛出作牺牲品，但那必须是由他们有计划、有步骤的抛出，不能让学生去乱冲乱斗。二、学生们的乱冲乱斗不但会打乱他们的计划，任其发展下去还会产生难以控制的局面，会危及另一些并不准备抛出去的党内要员。三、出于中共政权的本能，他们绝对敌视、憎恶这类自发的不在他们领导之下的政治行动。
基于上述考虑，工作组进驻学校后，决心要把学生们批前党委的行动纳入它所规划的形式和轨道，并以中央八条(内外有别，不上街，不游行等)作为约束学生具体行为的规范。这引发了激进学生和工作组之间的矛盾。学生指责工作组压制革命，是运动向前发展的绊脚石。工作组指责这些学生gān扰运动的主攻方向、别有用心、对抗党的领导。于是运动演变为工作组与激进学生的斗争。校园里出现了攻击工作组的大字报，个别院校甚至发生了赶工作组的事件。对此，刘邓当然不会等闲视之，他们遂立即责令工作组展开“反gān扰”运动。
“反gān扰”运动的具体作法就是把敢于反对、攻击工作组的学生打成“右派”、“反革命”。刘少奇说：“说工作组是黑帮的大字报，是右派打着红旗反红旗。”这些学生自然不是工作组的对手，他们纷纷被工作组打成了“反动学生”、“假左派、真右派”、“小吴晗”、“小邓拓”、“反党反社会主义分子” 等。同时，工作组组织了以那些享有特权的中共党的gān部子女领导的学生组织，试图将毛所攻击的“当权派”的目标转向“资产阶级权威” 和那些阶级出身不好的人身上。随后，以刘邓为首的“中央” 决心把这场“反右斗争”铺开成全国性的运动。他们在全国机关、学校、事业单位、工矿企业、jiāo运商业部门等所有社会单元细胞中展开了第二次“反右”运动。
这第二次“反右”比九年前的第一次“反右”更为恶劣、凶猛。这是因为：其一，它的打击面比第一次反右更广泛得多。被打击的不但有知识份子，而且还有许多工人群众。当然，这些工人大多并不是根正苗红的血统工人，往上查一代说不定是破落地主或国民党官吏之类。要不，就是平时“调皮捣乱”顶撞领导的家伙。其而，在第一次“反右”中，将某人打成“右派”的根据主要是他“鸣放”会议上的公开言论。而第二次“反右”是根据某人的家庭出身、个人成份就认定此人是“反党反社会主义”的“右派分子”。或搜集某人平时有什么“牢骚怪话”，私下有些什么“攻击社会主义，攻击党的领导”的言论，以此把他打成“小吴晗、小邓拓”、“仇视党、仇视社会主义的右派分子”。
6-7月的第二次“反右” 运动，直接导致了8月以中共高gān子弟为骨gān的血统论红卫兵所掀起的“红色恐怖”狂cháo。同时也证明了刘少奇和邓小平等中共党人为了自己的政治利益，不惜牺牲普通百姓。其残酷无情并不亚于毛。
第二阶段：1966年8-9月 “红色恐怖”狂cháo和破“四旧”
当毛发现刘邓等把他发动的旨在党内高层进行政治清洗的政治运动引入与他的原意大相径庭的第二次“反右” 时，他断然采取了措施。1966年7月底，他下令撤回工作组。8月5号他写了“pào打司令部”的大字报。随后在其主持的八届十一中全会，制订了“十六条”。但是这些措施并没有使运动走上毛预想的政治清洗的轨道。第二次“反右”运动是半途而废了，但“整党内走资本主义的当权派” 依旧整不起来。而沿着第二次反右的政治轨迹，“红色恐怖”运动轰然炸开。刘邓们的子女继承了父辈的未竟之业。
这些自认为出身好的gān部子女发明了“血统论” ，即老子英雄儿好汉。他们在父辈的默许和支持下，开始用拳头、军用腰带、棍棒来对出身不好的“黑五类”(从前的地主，富农和资本家的子女，以及知识份子的子女)进行殴打乃至残杀。在这一期间，这批“血统论红卫兵” 的疯狂残bào完全超乎了人们的想像。
8月初，佩戴有“红卫兵” 字样的袖章的学生开始出现在北京街头。“红卫兵” 最初指的是1917年苏俄共产革命时的工人和士兵武装。此时出现的“红卫兵” 顾名思义就是保卫毛的战士。在毛和中央文革小组的鼓励下，短短几个星期，全国每一所大学和中学都建立了红卫兵组织。数以万计的青年学生在“造反有理” 的口号下，杀向那些“资产阶级权威” 。
尽管“血统论红卫兵”的疯狂残bào行为也完全偏离了毛政治清洗的轨道，但毛一时并没有打算制止它。因为它还具有很大的政治价值。那就是这些疯狂的青少年学生宣布他们是毛的“红卫兵”。他们在对“黑五类”进行狂bào残杀的同时，口中是高呼着“毛主席万岁!毛泽东思想万岁!”的。
而毛深知，自己是非常需要形成巨大的政治威望的。只有以巨大的政治威望开路才能廓清来自党内高层的异己。而“红卫兵”所掀起的“红色恐怖”狂cháo对于树立他巨大政治权威有着莫大的功用。
8月18号，数百万红卫兵聚集在天安门广场等待毛的检阅。而毛欣然的在天安门城楼上让中共东北局书记宋任穷的女儿宋彬彬──北京某中学学生给他戴上了“红卫兵”的袖章。
在红卫兵接受大检阅时，林彪在天安门城楼上讲话中第一次提到“破四旧”。林彪说：“我们要大破一切剥削阶级的旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯，要改革一切不适应社会主义经济基础的上层建筑，我们要扫除一切害人虫，要打倒一切牛鬼蛇神!”
所谓“四旧”，是指旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯。林彪的指示无疑给红卫兵们指明了斗争的方向。而且破四旧可以使红卫兵从校园冲向社会，能充分体现红卫兵的威风。狂热的红卫兵们迫不及待的准备行动了。
一开始，红卫兵破四旧是小心翼翼的。但是从8月20日开始，一些红卫兵走上首都街头，张贴大字报，集会，发表演说，散发关于破四旧的传单，并打响了北京破四旧的第一枪。北京市第二中学三千多名红卫兵充当了“尖刀连”的角色，他们首先冲向市内各主要街道路口，张贴革命宣言《向世界宣战》，其宣言中写道：“我们是旧世界的批判者。我们要批判、要砸烂一切旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯。所有为资产阶级服务的理发馆、裁缝铺、照相馆、旧书摊，统统都在当破之列。现在，文