中科院当时炼法轮功的人相当多，“四.二五”中南海请愿时，站在府佑街中南海正门对面大街的就是海淀区八大学院和中科院的教授和学生。由于中国科学院是中国最高科研和教学机构，社会影响力极大，因此江临时决定将刚刚到上海冶金研究所担任所长不到三个月、且一天教授也没做过的长子江绵恒马上调中科院任副院长，以此加qiáng控制。
就在江绵恒11月就任中科院副院长以前，他通过江xx的关系于1999年10月22日成立了中国网通公司。如果说，一开始他是看上了电信领域是一个bào利行业的话，自从网通开始运营之后，他便以封锁中国互联网为第一优先任务了。
可是三个月过去了，来北京上访的法轮功学员依旧是络绎不绝。政治局委员们也对镇压不以为然，让江xx十分恼火的是，除山东、辽宁等少数省份外，许多省市对镇压不感兴趣，对镇压的指令阳奉yīn违，尤其南方一些省市如广东，到1999底仍然有“法轮功绝大多数是好人”，“在广东不判一个”等说法。
江企图在三个月内消灭法轮功的计划彻底失败。
中共内部在镇压法轮功问题上的矛盾
4 月25日之后，江镇压法轮功的想法就遭到了政治局其他6名常委的明确反对。在4月26日召开的会议上，朱镕基认为：“法轮功的学员以中老年人居多，妇女居多，他们最大愿望无非就是健身而已。一位法轮功学员说‘现在工作单位对生病又不报销医药费，而法轮功可以qiáng身健体，有何不好?再说现在下岗工人那么多，法轮功可以增进道德品质，群众从不闹事，比先进模范还先进模范，这么好的活动，政府为什么不支持。’所以我觉得，说这些人有政治企图，讲不过去。另外，我们不能再用搞运动的方式解决思想问题，这样不利于经济建设这个大前提，更不利于国家对外开放的形象。法轮功中如果有害群之马，我们要处理，至于普通炼功群众，就让他们练去吧!”
另一名常委乔石一直是支持法轮功的，他不但在1998年做出“法轮功于国于民有百利而无一害”的结论，还特意提到“得民心者得天下，失民心者失天下”的古训。
此外，其他常委如李瑞环对于镇压是非常反对的，而李鹏和胡锦涛等也是态度消极。
但面对江在会议上汹汹的气势，以及江声称的亡党亡国的威胁，所有反对镇压的人选择了沉默，选择了怂恿江对法轮功学员的迫害。
7月20日镇压开始后，中共内部在此问题上的矛盾依然存在。政治局反对镇压的常委们以各种方式表明自己真实的态度。
比如，自从镇压命令下达以后，作为真正掌握最高行政权力的国务院总理朱镕基竟然从此就从电视上消失了，一连半个多月没有露面。1999年8月中旬的一天，中央电视台播出了一则江xx座谈国企脱困的新闻。本来国企三年脱困，是朱镕基就任总理时的豪言壮语，如今这个领域也jiāo给了江，看来朱镕基当时心灰意冷，一切都不想管了。
比如，在八月份的“人大”的“三讲”汇报上，李鹏说：“对法轮功人员不要追究参与没参与，关键是看其思想认识是不是转变了。这一点，一定要向同志们讲明白。不要把人民内部矛盾转化成敌我矛盾，要把握分寸。”这也是李鹏在刻意和江残酷镇压政策保持距离。
而被选为第四代接班人的胡锦涛等也是消极敷衍、低调对待，不愿和江一样被绑在历史的耻rǔ柱上。
不仅政治局委员们对镇压不以为然，而且让江十分恼火的是，除山东、辽宁等少数省份外，许多省市对镇压不感兴趣，对镇压的指令阳奉yīn违。江三个月消灭法轮功企图的失败，以及中共内部在镇压法轮功问题上的分歧，使江不得不采取新的手段将中共其他领导人与自己绑在一起，从而加大对法轮功镇压的力度。
江胁迫中共其他领导人镇压法轮功
为了加大对法轮功镇压的力度，江xx决心赤膊上阵，并胁迫其他领导人对此表态。
2000 年2月，江亲自去广东督战，又是批评广东对法轮功“镇压不力”、“软弱”;又是要李长chūn在政治局会议上做“检讨”;又是亲自给深圳市委发传真要他们“守住阵地”，等等。在江和罗gān的高压下，广东终于开始劳教法轮功学员，第一批被劳教的学员中就有胡锦涛的大学同班同学张孟业。有人对江xx说：你这是一石二鸟，既给广东省镇压法轮功开了先例(胡锦涛的同学都判了，谁还不能判?)，又给胡锦涛套上了“出卖同学”、“不仁不义”的耻rǔ牌。
此外，为了胁迫民望和信誉都很好的朱镕基支持镇压，从而使老百姓倒向江这边，并让上访的法轮功断了希望，江决意利用“三讲”运动qiáng迫朱镕基表态。
关于江的“三讲”，实在算不上什么思想，在江上台后也是应者寥寥。然而，从镇压法轮功后，曾庆红开始在全国轰轰烈烈的推广“三讲”，江也把“三讲”作为个人树碑立传的好机会。
江把朱镕基找去训了一次话，大意是说，国务院部门“三讲”进行得很不得力，要朱镕基把“三讲”当作维护执政党地位的运动重视起来。江指责朱镕基长期以来“不知道服从政治的大局，对党中央的政策有抵触情绪，消极应付。要知道，‘三讲’中最重要的就是‘讲政治’。镇压法轮功就是当前最大的政治。”江说，“镕基同志，党中央要求国务院不但要‘讲政治’，而且要讲好，要把推广‘三讲’和当前最大的政治结合好，否则就是分裂党!”
从江办出来，朱镕基十分沉默。不久以后，朱镕基违心的表态支持江的镇压决定，也许他是不想再受当年被打成右派时吃的苦，或是想起了赵紫阳的凄惨状况。
朱镕基的表态在客观上起到了助纣为nüè的作用。
江对法轮功的镇压在国际上遭批评
镇压法轮功，不但是个毫无理性的行为，而且江xx实施起来居然毫无政治手腕，事事冲在前头，所有的黑锅都自己当众背上。江1999年9月份参加在新西兰奥克兰的亚太经合会议上，更是赤膊上阵，亲自给与会的十多个国家元首递上诬蔑法轮功的小册子，失尽体统。此后，在法国，江又一次违反中国宪法，更直接通过外国媒体宣布法轮功为“x教”，以图达到其“名誉上搞臭”的目标。
江满心希望各国元首“gān涉一下中国内政”，对它的镇压表示赞同，结果碰了个大钉子。克林顿通过美国国务院早在1999年9月11日就公布了《国际宗教自由报告》，批评中国大陆对法轮功的迫害。不到三个月以后，克林顿在华盛顿的一次人权演讲中，公开批评中国镇压法轮功，把逮捕法轮功成员称为压制人权的“一个麻烦例子”。当然，江不明白信仰自由是天赋人权，没有一个民主国家的元首敢说江镇压有理。看到递小册子收到了反效果，江随即祭起了两顶常用的大帽子，曰“gān涉内政”和“反华”。