然而朱元璋的政治信条是追求“万全”。凡是他不放心、不喜欢的开国功臣，基本都被他一网打尽。剩下的，都是他认为经过多年考验，并无二心，可以为太子朱标所用的忠贞之臣。朱元璋悬了十多年的心，这才放了下来。
洪武二十三年（公元1390年）五月初二日，大屠杀之后不久，朱元璋对幸存的功臣采取了一项抚慰措施。为了让功臣们彻底放心，他以“列侯年老，悉遣还乡”。效仿宋太祖杯酒释兵权之举，给功臣们每个人一笔厚厚的遣散费，让他们回老家享受生活。
魏国公徐辉祖、开国公常升、曹国公李景隆、宋国公冯胜、颍国公傅友德六公，各赐huáng金三百两，白金二千两、钞三千锭，文绮三十匹，水平侯谢成、甫雄侯赵庸、崇山侯李新、怀远侯曹兴、凤翔侯张龙、定远侯王弼、安庆侯仇正、武家侯郭英（巩昌侯郭子兴）、鹤庆侯张翼十侯，各赐huáng金二百两、白金二千两、钞千锭、绮三十匹。并且每人赐给兵卒一百一十二人为从者，永远使用，称“铁册军”。
直到此时，这些身经百战的老将们对帝国的安全还有很大残余价值。为了发挥他们的价值，也为了表明自己对他们仍然信任有加，朱元璋对他们仍然经常施以重任。
在这次大屠杀之后不久，洪武二十四年正月，为了防备北元势力乘机南下袭扰，朱元璋命傅友德为征虏将军，以王弼、郭英为副，前往北平备边。三月，又令徐辉祖、李景隆、蓝玉等备边陕西，叶舁练兵甘肃。洪武二十五年三月，再派冯胜等十四名大将分理陕西、山西、河南诸卫军务。在朱元璋的计划中，这些久经考验的老臣要在他身后发挥余热，为太子朱标保驾护航。
经过朱元璋的一系列抚慰措施，已经成了惊弓之鸟的功臣们长长出了口气。他们确认自己已经逃过了生死大劫，可以永保功名了。
然而，人算不如天算，洪武二十五年，大明帝国又发生了一件震动全国的大事：年仅三十八岁的太子朱标去世。去世前一年，朱元璋命朱标巡察陕西。朱标被立为皇太子后养尊处优，极少远行，这次长途往返，顶风冒雪，舟车劳顿，回来后一病不起。洪武二十五年（公元1392年）四月二十五日与世长辞。
这一年朱元璋六十五岁。老年丧子，本来是人生最重大的打击之一。
更何况他在朱标身上，已经投入了那样多的心血。虽然太子朱标的能力一直没达到朱元璋的期望，但是毕竟已经年长，性格已经成熟稳定，为人老实谨慎，作为一个守成之主，还是没大问题的。不想却出此意外。六十五岁的老皇帝承受不住这个沉重的打击，第二年便“患热症”病倒了。这一次病得很重，“几将去世”。经过太医的jīng心治疗，总算从死神手里夺回了性命，但仍“病缠在身”，身体更加虚弱。
洪武二十五年九月，坚决恪守立嫡以长原则的朱元璋将朱标十六岁的儿子朱允炆立为皇太孙。
十六岁这个年龄，对于一国之主来说实在是太小了。更何况太孙生长深宫之中妇人之手，性格比太子更为“仁柔”，很难一下子担起皇帝之任。为了确保大明江山的安全，看来本是打算留给太子所用的这批老臣，也得除掉了。
第十二节 “死亡名单”：蓝玉、冯胜、傅友德……
这次大屠杀的抓手是蓝玉。
蓝玉是定远（今安徽定远）人，为人勇悍有才略。常遇chūn、徐达死后，他成了朝中数一数二的大将，“数总大军，多立功”。
洪武二十一年，蓝玉立下了平生最大一次功绩，他率领十五万大军，追击蒙古军队，一直追到捕鱼儿海，大获全胜。这一次战役，明军抓获脱古思帖木尔的次子地保奴、嫔妃公主等一百二十三人，又追获吴王朵儿只、代王达里麻及平章以下官属三千人、男女七万七千余人，并宝玺符敕金牌金银印诸物、马驼牛羊十五万余，焚甲仗蓄积无数。
捕鱼儿海战役是北元政权在明朝开国后遭到的最大失败，也是明朝对北元取得的最具决定意义的一战。这一战北元jīng锐皆尽，从此一蹶不振，没有力量与明朝正面较量于北方，对明王朝不再是一个直接的威胁。
消息传到京师，朱元璋大喜过望，立刻遣使劳军，谕中比蓝玉为卫青、李靖，回朝后立刻晋封蓝玉为凉国公。
所谓福兮祸之所依，这场大胜使蓝玉成为洪武后期第一功臣，也使蓝玉成为朱元璋眼中最大的钉子。正是这场为明王朝扫除了后患的关键性战役，使朱元璋感觉蓝玉的存在不再那么必要了。同时，蓝玉身上的毛病却使他日复一日地不安。
蓝玉虽然能力qiáng功劳大，却性格粗豪，为人不谨。朱元璋杀了那么多人，仍然没给他足够的警醒，他仍然一路立功，一路惹事。他出征打仗，随便侵占战利品，“私藏珍宝驼马无算”，又“尝占东昌民田，御史按问，玉执御史，捶而逐之”。随便圈占民田，有关官员受理此事，居然被他痛打。
这次北征归来，夜至喜峰关，关吏没有及时打开关门迎纳，他便纵兵毁关而入。在回朝途中，他又jian污投降的北元妃子，致妃子羞愤自缢而死。回朝之后，蓝玉“犹不悛，侍宴语傲慢，在军擅黜陟将校，进止自专”。这一切，都使在丧失长子之后心情极度抑郁的朱元璋，把他列为屠杀名单上的第一位。
据朱元璋后来公布的罪状，蓝玉被捕，是因为“谋反”。据说洪武二十六年（公元1393年），蓝玉密遣亲信，暗中联络景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、后军都督府同知祝哲、中军都督府同知汪信等，密谋策划造反，定在洪武二十六年二月十五日朱元璋外出举行籍田礼时起事。据说这些密谋被锦衣卫的特务侦知，朱元璋先发制人，于洪武二十六年二月初八将蓝玉逮捕。被捕后第三天，即将蓝玉处死。
杀蓝玉只是朱元璋计划中的第一步。他随即将此案扩大化，以蓝党为罪名，把一大批淮西老将及其子弟加以牵连诛杀。整个蓝案总共大约杀了二万人，包括二公、十二侯、二伯。二公是凉国公蓝玉，开国公常升；十二侯为景川侯曹震、鹤庆侯张翼、会宁侯张温、普定侯陈桓、东川侯胡海、舳舻侯朱寿、宣宁侯曹泰（军将曹良臣之子）、怀远侯曹兴、西凉侯濮玙（军将濮英之子）、东平侯韩勋（韩敬之子）、全宁侯孙恪（统军元帅孙兴祖之子）、沈阳侯察罕（海西侯纳哈出之子）；二伯是徽先伯桑敬（秦淮冀元帅桑世杰之子）、东莞伯何荣。过了一年，颍国公傅友德、定远侯王弼也追坐蓝党赐死。又过一年，宋国公冯胜也以蓝党罪名被杀。
其他被杀的重要人物还有吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文、都督huáng辂、汤泉、马俊、王诚、聂纬、王铭、许亮、谢熊、汪信、萧用、杨chūn、张政、祝哲、陶文、茆鼎等十余人。
经过这次大屠杀，整个勋臣队伍，只剩了耿炳文及郭英二人。“及洪武末年，诸公、侯且尽，存者惟（耿）炳文及武定侯郭英。”活跃于政治舞台的淮西勋贵势力被完全铲除了。朱元璋的心到此才彻底放了下来。