李舜臣为了鼓舞士气，表达自己战斗到底的决心，在船头把裴楔公开处斩，军中纪律为之肃然。
清理掉这个不安定因素之后，李舜臣终于可以安心对付来岛舰队了。
九月十六日一大早，李舜臣接到探子急报，说东边有三百条船扑了过来。朝鲜水师急忙升帆架pào，准备开战。可没过一会儿，他们又把手里的火器放下来。原来这三百多条船不是日本战舰，而是整个全罗沿海逃难而来的渔民。这些船大大小小，一看到有朝鲜舰队出现，都喜出望外，纷纷聚拢过来，一时间乱七八糟地充塞海面。
李舜臣一看不好，等到日本人杀过来，这些没经过训练的老百姓肯定会大乱，这一乱，连朝鲜水师都会被冲散，更别说打仗了。他连忙叫这些民船别围在战船旁边，尽快划去上游聚拢，作为疑兵，也好为己方壮壮声势。还有些扶老携幼，实在没什么战斗力，赶紧登陆上岛上待着去吧，怎么也比水里安全。
好不容易把民船安顿完了，来岛舰队也杀到了，三百多条船摆足了架势，铺天盖地而来。三百三十条对十三条，这敌我比例之悬殊，足以让任何正常人退缩。李亿秋、金应诚、安卫等军官相顾失色，都有退避之意。
可李舜臣不是正常人，他是一个进攻性极其qiáng的将军。面对这种极端不利的兵力对比，他非但不退，反而还要抢攻。李舜臣决定给其他将领做个表率，壮壮他们的胆气，于是亲操一条大船，督促橹手快划，义无反顾地杀入敌阵。
这是一次惊心动魄的战斗，也是一次蔚为壮观的战斗。李舜臣孤身闯阵，火铳四she，弓矢乱飞，杀得来岛通总三百多条船无所适从，搅得日军阵形七零八落。这种彪悍劲儿，就连惯于轻军突前的李如松都自愧不如。
经过一段时间的混乱，日本人总算稍微反应过来点了，连忙驱赶战船把李舜臣包围，里里外外围着三四层，让这一条孤独的朝鲜战舰险象环生。船上的战士们都有点害怕了，他们凭着血气之勇一口气杀进来，可现在怎么杀出去啊？李舜臣大概是船上唯一一个面无惧色的。他还有闲心鼓励周围的人，说“贼虽千艘，莫敌我船，切勿动心，尽力she贼。”一往无前的qiáng大气魄喷薄而出。
除了李舜臣的勇气以外，能够让他如入无人之境的一个重要因素是舰船体系。
在壬辰战争期间，日军水师虽然经过多次改组，骨子里却还是海贼那一套。他们的操船没有明确分工，大家一窝蜂地划，等到开战了，再一窝蜂抓起武器打。而朝鲜水师继承自大明体系，对于橹手、帆工、pào手等有着明确分工，开战之后大家各司其职，丝毫不乱，无论灵活性还是机动性都qiáng出日军一头。李舜臣多次以少胜多，打得日军没有反抗能力，就是因为这两个体系的效率差所致。
这一次也是如此。李舜臣的板屋座舰橹手多，行动快，能够保持高速运动。在日军舰船挨完打调动转向的时候，他已经可以划出很远，去袭击另外一侧的敌人，看似身陷重围，其实每次正面对抗的敌人并不多。
打了好一阵，李舜臣回头一看，好家伙，原来手底下那群家伙没跟过来，反而躲的远远的。李舜臣一摆手，走了，抓人去！亲自掌舵往回退。日本人的重重包围，楞是被他轻轻松松一跳即出，好似当年在曹营七进七出的赵子龙。
李舜臣杀出重围以后，先靠近中军金应诚的船队。他二话没说，跳上船去一刀砍下操船者人头。金应诚和麾下一gān人等吓得面如土色，李舜臣说你身为中军，不跟着旗舰走反而跑开，按道理是要杀头的。现在军情紧急，姑且留你一命戴罪立功。金应诚哪里敢还嘴，连忙调转船头，硬着头皮朝日本人杀去。李舜臣又凑到巨济县令安卫的船前，大声喊道：“安卫欲死军法乎？汝不死军法乎？逃生何所耶？”安卫被骂的抬不起头来，也调转了船头，跟着金应诚杀入敌阵。
李舜臣觉得这么一条一条靠近杀人太麻烦了，把军令旗高高挂起来，明白无误地告诉其他将领：不得退却，违令者斩。严令产生了效果，原本远远站开的朝鲜水师，都不大情愿地靠拢过来。
这时候前方传来一阵呼救，李舜臣探头一张望，原来金应诚、安卫两个人的船被日军围住，一群倭寇好似蚂蚁一般往船上爬。船上的士兵拼死抵抗，眼看就要坚持不住了。李舜臣毫不犹豫地杀了过去，身后宗汝棕、丁应斗等军官也纷纷驾着座舰赶到，很快打沉了围攻那两个倒霉蛋的三条日舰。
战至酣处，李舜臣忽然觉得自己袖子被人扯动，低头一看，原来是个日本人，叫俊沙，是当初安骨浦海战被李舜臣俘虏的降倭，一直在朝鲜水军里混到今天。
俊沙告诉李舜臣，他刚才看到了日军的总大将，而且就在附近。李舜臣一听，眼睛立时瞪圆，问他详情。俊沙说他看到一条船上站着一人，身穿红色锦袍，上面还画着大花纹饰，应该是来岛通总。
这可是天大的好机会啊！
来岛通总也是时运不济。他本来就对李舜臣满腹仇恨，刚才好不容易有机会能报仇，结果三百多条船楞是围不住一条船。他性格火爆，按捺不住怒气，索性让自己的座舰突前，亲自上一线杀敌。这个命令本身其实没有问题，敌人一共就十三条船，就算旗舰前移，也不会有多大危险。
他唯独漏算了一件事，这次的对手是化不可能为奇迹的李舜臣。
李舜臣的操船技术，要好过日军太多。他几下腾挪，便靠近了来岛通总的期间。一船勇士在金石孙的率领下，拿钩子钩住日军战舰，扑向对方甲板。
这里必须要说明一下。日军的战舰，比朝鲜军的板屋船要低矮窄小，高度差在一米到一米五左右。有这个特点在，从日舰跳上朝舰非常困难，必须仰攻；而从朝舰跳下日舰则相对容易得多。所以在壬辰及丁酉期间的海战记录里，我们会发现，朝鲜军登上甲板杀死日军将领的战例非常多，而日军登上朝军甲板的记录却很少，即使有，也都要经过苦战才能成功。
来岛通总一直到被李舜臣钩住座舰，这才意识到大事不妙。可这时金石孙、俊六和一群朝鲜士兵已经杀过来了，周围又没有多少亲兵——谁能想到三百多条船的总大将旗舰会被敌人攻上甲板呢——金石孙手起刀落，将来岛通总送去了靖国神社。
金石孙唯恐杀错了人，让俊六仔细辨认。俊六端详了一下，确认确实就是来岛本人。消息传到李舜臣的舰队，个个都是喜上眉梢，士气大振。来岛的脑袋被悬挂在桅杆上，让在鸣梁海域所占的所有人都看清楚。
日本人傻眼了，怎么一场雄狮扑兔的歼灭战，现在却变成猴子偷桃了？朝鲜军趁机发起了猛烈攻击，在攻击中，另外一位日军统领毛利元政被打落下水。尽管他很快就被救起，但两位指挥官相继阵亡的流言如同瘟疫一样瞬间传染了整个舰队。
群龙无首的日军完全搞不清状况，无心恋战，纷纷向后撤去。李舜臣还嫌他们不够乱，竟顺风纵火，就这么一口气打沉了三十条船。剩下的在毛利元政带领下仓皇后撤，头都不敢回一下。