二是张汶祥曾经有一些海盗朋友被马新贻捕杀。这件事也导致了张汶祥决意杀马新贻复仇。
三是马新贻明令禁止张汶祥私自开“小押”（重利盘剥的典当行）生意，绝了张汶祥的生路，加深了张汶祥对马新贻的愤恨。新仇旧恨累积在一起，使得张汶祥动了杀心。张汶祥化装成一名清兵，完成了对马新贻的刺杀。
自此，似乎案件可以下结论——马新贻是被寻仇遭杀的，马新贻在任两江总督的位置上，得罪了不少人，因此遭到了袭击。曾国藩和郑敦谨将此事的前因后果以及处理方案向朝廷进行了报告，但朝廷一直拖延着没有表明态度，反而一再要求曾国藩与郑敦谨再细细盘查。因为案件结果迟迟不公布，民间的传闻越来越多，甚至有很多传言把马新贻的死与桃色事件联系起来，说马新贻跟张汶祥曾经是结拜兄弟，因为马新贻qiáng占了张汶祥的妻子，所以导致了情杀。对这一类传说，曾国藩一开始并没有在意，中国市井文化就是这样，总习惯于把一些寻常之事引向传奇，民间的创造力往往在这些地方得到充分释放。但不久，曾国藩发现传闻变得越来越政治化了，马新贻的死竟然跟湘军联系上了——有一种说法是马新贻因审理江苏巡抚丁日昌之子丁慧衡的随从丁炳殴人致死一案，造成督抚不和，从而招致杀身之祸的。也就是说，是湘军杀了马新贻。传言到了如此地步，曾国藩变得忐忑不安了，他很担心传闻背后暗藏某种yīn谋，甚至，有某种人在背后操纵……终于，朝廷的批复下来了，认定张汶祥“听受海盗指使并挟私怨行刺”，“实无另有主使及知情同谋之人”。有了这样的定论，曾国藩的一颗心才落了下来。1871年4月，张汶祥被凌迟处决，以祭奠马新贻。
虚惊一场之后，曾国藩庆幸这一次的麻烦事没有跟湘军联系在一起。但不久，另外一起突发事件，又让曾国藩烦透了心思——1871年6月1日，两个曾经的太平天国叛将、朝廷命官李世忠与陈国瑞在扬州火并，先是大打出手，数人丧命，接着，陈国瑞被李世忠也即李昭寿绑架，差一点死掉。这一官场丑闻闹得沸沸扬扬，让两江总督曾国藩很没面子。提起陈国瑞这个“烂人”，话就长了——这个人真是曾国藩的“老冤家”，他曾三次给曾国藩带来很大麻烦：第一次，是北上剿捻之时，陈国瑞带着手下跟刘铭传的“铭”字营火并，结果让曾国藩劳神费心处理了很长一段时间；第二次，则跟“天津教案”有关，教案发生那一天，哪有陈国瑞什么事呢，偏偏这个家伙路过天津，听到有人闹事，不甘寂寞地赶到案发现场，大肆煽风点火。结果英法方面竭力要求给陈国瑞治罪，曾国藩据理力争，才算保住了陈国瑞。这一次，陈国瑞又是因为与同样无赖的李世忠的宿怨，被李世忠绑架四天，水米未进。
6月28日，在处理完这起乱七八糟的事情之后，曾国藩向朝廷上了《李世忠陈国瑞寻仇构衅据实参奏折》，陈述了事情的原委，并建议说，这两个人都是心术相近的垃圾，而李世忠尤为yīn狠，这次软禁陈国瑞，情同掳人勒赎行径，应照例严办，罪行不赦；但朝廷既已保全于前，这次仍从轻发落。曾国藩建议：将前任江南提督李世忠即行革职，免治其罪，勒令回籍，jiāo地方官严加管束，如再出外滋事，一经查实，即行奏明严惩；对于记名提督前任浙江处州镇总兵陈国瑞，则以都司降补，勒令速回湖北原籍，不准再在扬州逗留，以免滋生事端。朝廷同意了曾国藩的意见。
事情平息下来之后，曾国藩终于有时间开始读书了，在那段时间，曾国藩经常重温的书籍有：《四书》、《五经》、《资治通鉴》、《朱子年谱》、《二程全书》、《二程遗书》、《宋元学案》、《理学宗传》、《王船山年谱》等。读书之外，就是作文，曾国藩永远有还不清的文债，在1871年这一年中，曾国藩先后作《赠李眉生》、《丁君墓志铭》、《罗伯宜墓志铭》、《湖南文征序》、《张君树程墓志铭》、《重刻茗柯文编序》、《黎君墓志铭》、《钱君墓表》、《酬王壬秋》、《题俞荫群经平议诸子平议后》、《仪宋堂文集序》、《书何母陈恭人事》等。一直以来，曾国藩很少有时间安安静静地梳理一下自己的心情，他一直想为自己的父母和祖父写点文章来祭奠一下。这一年，曾国藩终于忙里偷闲完成了《台州墓表》以及《王考星冈公墓表》。当曾国藩写作这些祭文时，仿佛看到自己的祖父和父母的影子。曾国藩又一次感觉到文字的留存和昭示作用，以及它背后的神灵意义。
读书写作之时，曾国藩的心情仍旧好不起来，他的心绪经常像一个不敬业的伙计一样，从读书和作文的间隙处不由自主地溜出来，以至于走了很长时间的神自己总没有觉察到。曾国藩知道这是由于心力不济的缘故。先前的日子里，由于定力充沛，曾国藩很少会出现这样的情形。曾国藩在日记中写道：“心血全枯，无水可汲，故作文艰窘异常耳。”回到两江之后，曾国藩先后给朝廷连续打了两次辞职报告，在报告中，曾国藩一再阐述自己的力不从心，想告老还乡，回湖南老家休养。每次朝廷的批复都是冷冰冰的：不予同意。这样的批复，让曾国藩非常郁闷，因为它甚至连一个理由，或者一句宽慰的话都不给。曾国藩给在湖南湘乡老家养病的曾国荃写了一封家信，在家信中，曾国藩吐露了他目前的心境：我两次在京，不善应酬，遭到了众多朝廷高官的白眼；加以“天津教案”处理结果引起广泛的议论，以后大事小事，朝中有人都有意对我chuī毛求疵，那是故意与我为敌啊！节外生枝的是，陈国瑞被发配，他的妻子进京告状，也说我办事不公，还欠薪水四千不发等话。我的心情哪里好得起来呢！
曾国藩的确感到悒郁极了。虽然一直以来，曾国藩做事只求过程，不求结果，但在骨子里，那种不知来自何处的忧郁仍旧让他心绪不佳。忧郁真是一个怪东西，它仿佛可以暗藏在一切地方，在萧瑟的风中，在冷湿的空气里，在飒飒的落叶之中，在天气的变幻之中……它就像一种气味一样，悄无声息地散发开来，无所在，又无所不在。除了莫名的忧郁，曾国藩还有伤心和无奈，那是一种透心的凉，仿佛从脚，一直沿着脊梁徐徐向上攀升，直到凉遍全身。来到金陵后不久，天气就转凉了，曾国藩第一次真切地感受到，原来这个滨江城市是如此之冷，有一种yīn寒之气，直往人的骨缝里钻。阳光下金陵的融融景象只是一种伪装，其实骨子里，还是yīn冷萧瑟的。待在偌大的官邸里，有时候会让人不由自主打起寒噤。这个时候，曾国藩真有点后悔先前的过于勤劳，年轻时过于透支了体力和心力，这使得他的身体，就像是一炷行将燃尽的蜡烛一样。
1871年秋天，重回两江总督任的曾国藩又开始巡视了。曾国藩登舟启行，沿江而下，先后巡视了扬州、清江浦、徐州、丹阳、常州、常熟、苏州、松江等地。一路巡行中，曾国藩总体感觉还是不错的，这些地方，在兵燹停息之后，各方面都得到了有效的恢复，有些地方，甚至可以称得上繁荣了。那些地方官谈起当地发展，尽管一个个忧心忡忡、唉声叹气，但毕竟，相比前些年来说，他们懂得了不少东西，有了些思路，也开始做些经世之事了。尤其是到上海之后，曾国藩看到江南制造总局所属的各厂发展迅猛，竟可以生产自己的铁甲战舰，很是高兴。这些，可以说是他大力提倡的“洋务运动”结出的硕果。曾国藩检阅了已建成的“恬吉”、“威靖”、“测海”等各船操演枪pào，又细细地察看了在建的第五号轮船。在上海，曾国藩还知晓，朝廷批准了自己和李鸿章的建议，由他们负责组织在全国招考一些聪慧少年准备赴美。朝廷的这一举动让曾国藩格外开心，此事的实施，说明清廷在很多方面有了进步。看来，同治中兴还是很有效果的。这是一个很好的信号，如果这一步能走成功，那么，往后的很多事情，就可以大张旗鼓进行了。