曾国藩把众多的困难一一列举，就是要把丑话说在前面，万一自己剿捻失败，也有一个明明白白的说法。曾国藩太清楚京城的那些遗老遗少了，他们哪里知道下面的艰难呢？曾国藩心里一直耿耿于怀的是朝廷对湘军的不公，十几年的战争，岂是轻轻松松就能打下的？那要牺牲多少子弟兵，làng费多少金钱，涂炭多少生灵啊！
同一天，曾国藩又向朝廷追加了一个奏折，曾国藩还是不想趟这一摊浑水，他向朝廷报告说，自己jīng力疲惫，近来更是衰败，说话二十句左右，舌尖就会麻木艰涩，不能再说。希望皇上恩准，另选懂军事的大员督办军务，自己愿以闲散人员的身份在营效力，鞠躬尽瘁，死而后已。
朝廷当然不同意曾国藩的推脱。这一回，朝廷看起来对曾国藩尤其信任，命令所有直隶、山东、河南三省旗、绿各营及地方文武员弁，均归曾国藩节制调遣。如该地方文武有不遵调度者，由该大臣指名严参。这等于又将这三省的军政大权都jiāo给曾国藩了。
在这种情况下，曾国藩只能硬着头皮勇往直前了。虽然曾国藩不在与捻军作战的第一线，但对于北方的战局，还是相当了解的。在透彻地分析形势的基础上，曾国藩给朝廷写了一封奏折，胸有成竹地向朝廷指出：捻军虽获大胜，但huáng河此时正在涨水，捻军不可能北渡；且这时李鸿章已派潘鼎新部十营北援，捻军不会威胁京城，朝廷尽可放心。其次，由于捻军都是马队，剿捻队伍必须扩大骑兵。同时，剿捻的重点地区应该是以徐州为中心，兼顾四省毗邻的十三个府州。所以，完全没有必要由自己来节制直隶、河南、山东三省。
1865年6月18日，曾国藩率领湘军三千人，从金陵北上徐州。这一次，似乎从一开始，就有不好的征兆——曾国藩启程之时，欧阳夫人及女儿也准备离开金陵，打算乘船先到武昌，再转往湖南老家。一家人跟着曾国藩一起去下关码头，然后分道扬镳。在码头，曾国藩启程之时，水陆诸军照例鸣礼pào相送，不料，仅有两个月大的曾国藩的外孙女受了惊吓，随后竟一命呜呼。这一件事，让曾国藩很是难过，也百思不得其解。在此之后，航行在长江上的曾国藩接到安徽布政使英翰的求救信，张宗禹正指挥捻军围攻据守雉河集的清军。曾国藩被迫转道，率领人马先进驻临淮关，指挥湘军、淮军与豫军等陆续增援雉河集。捻军见曾国藩来势汹汹，只好撤走。曾国藩继续北上徐州，捻军又打马转道河南。捻军就这样跟曾国藩玩起了拿手的“捉迷藏”游戏。
真正地与捻军作战，曾国藩不得不面临一个新问题，那就是，如何根据对手的情况确定自己的战略战术，在曾国藩看来，这一点至关重要，也即兵法常说的“知己知彼”。经过一番周密的研究，老谋深算的曾国藩掌握了捻军的长处和短处，在曾国藩看来，捻军的长处有四点：一曰步兵长竿，于枪林弹雨中冒烟冲进；二曰马兵周围包裹，速而且匀；三曰善战而不轻试其锋，必待官兵找他，他不先找官兵，得粤匪初起之诀；四曰行走剽疾，时而数日千里，时而旋磨打圈。至于短处，曾国藩同样分析得很清楚：一曰全无火器，不善攻坚，只要官吏能守城池，乡民能守堡垒，其即无粮可掳；二曰夜不扎营，散住村庄，若得善偷营者乘夜劫之，胁从者最易逃溃；三曰辎重、妇女、骡驴极多，若善战者与之相持，而别出骑兵袭其辎重，必大受创。
在这种情况下，曾国藩有的放矢，制订出一套重点设防、以静制动的战略，在曾国藩的战略思想中，最jīng锐的部队不应该跟着捻军运动，要“以我为主”，在摸清捻军活动范围的基础上，扼守四个关键地点，即安徽的临淮、江苏的徐州、山东的济宁以及河南的周家口。曾国藩亲自守徐州，安排刘松山守临淮，刘铭传守济宁，张树声和周盛波驻防河南的周家口和归德；在此基础上，曾国藩再安排四支机动部队进行突击，他们分别是潘鼎新、易开俊、张诗日统率的三支陆师，再加上李鸿章的弟弟李昭庆率领的一支马队。这四支jīng锐部队直接由曾国藩指挥，至于其余的武装力量，则由四省巡抚率领。这样，对捻军作战，一直保持着“四镇四游”的力量，“一省有急，三省往援”，也就做到了“往来神速，呼吸相通”的格局。
曾国藩此次堪称“全民动员”——在地方上，曾国藩责令各省巡抚在捻军经常出没之地修筑圩寨，设立圩长，实行坚壁清野，使捻军得不到一点给养；又制定查圩法，对圩寨进行彻底清查，把与捻军有关的人列入莠民册，按册缉捕捉拿，其他的列入良民册，推行保甲连坐。圩长则具保结于州县，有事则圩长连坐。应该说，曾国藩的这一策略，具有相当qiáng的针对性。曾国藩还派幕僚薛福成等人，对于各地村寨的执行情况明察暗访，对一些违规的村寨和村民，大开杀戒，杀一儆百，尤其是在亳州、蒙城一带，有时一个村寨就诛杀十多人。这样一来，当地的百姓很少敢跟捻军联系了，捻军没有村民作掩护，不仅失去根据地，也失去了存在基础。
一年后，即1866年7月，曾国藩进一步完善了战略思想，那就是要把捻军限定在一定的范围之内，选择河流作为自然屏障，在河流边布防。曾国藩把捻军的活动范围锁定在运河以西、贾鲁河以东、huáng河以南、沙河与淮河以北的地区，在可能渡河的岸边重点布置人马，制造屏障，封锁住这些河流。这样，捻军的活动范围受到了限制，马队也就没了优势。这个办法，真亏曾国藩想得出来。应该说，这完全是一个笨办法，因为防范面积之大，工程量之大，可以说是前所未有。但在没有更好手段的前提下，这样的笨办法，也不失为一个聪明之举。很快，这个办法取得了一些明显成效，捻军的活动范围被限制在狭小的区域里，顿感局促，他们再也不能像以前那样随意驰骋了。当捻军的马队跑不起来的时候，曾国藩部队的洋枪洋pào也就派上了用场。
应该说，曾国藩这一战略，在具体施行过程中，是有相当作用的。这也使曾国藩在近两年的时间内，几乎跟捻军打了一个平手，而且有效地消耗了捻军的实力，摸索到了一整套对付捻军的经验，这也为后来李鸿章的最后获胜奠定了基础。
在剿捻的过程中，最让曾国藩伤脑筋的，是他与地方关系的处理。地方大员的处事不力，让曾国藩很是头痛。由于剿捻牵涉到安徽、江苏、山东、河南、湖北等好几个省，地域广大，加上参战的部队良莠不齐，异常复杂，政令经常不畅。不仅如此，曾国藩还得劳神耗心地处理各种各样复杂的内部矛盾：有地方军和正规军的，地方军与地方军的，huáng河北岸军和南岸军的，湘系与淮系的，等等，错综复杂。处理这些千头万绪的矛盾，是一件极耗心力的事情，而且，对于做事认真执著的曾国藩来说，处理复杂矛盾，本来就不是曾国藩的特长。尽管曾国藩在重新出山之后颇得huáng老之道，但对于朝野内外那种复杂无比的人事关系，坚持原则的曾国藩一直颇感失望。可以说，这些盘根错节，让曾国藩觉得心力jiāo瘁。每当曾国藩处理一件类似的事情，他就会平添一分失望，也萌生一分去意。