除了戒除自己的不良习气之外，曾国藩还开始尝试清除自己头脑中的不良想法和动机。这样的方式，也如同佛教中的静坐和参禅。每到傍晚，曾国藩照例都要静坐一会，就像驱赶魔障一样，每天驱赶存在于自己思想中的黑色或者灰色的雾霭。这是一种清教徒似的自省方式。曾国藩就这样变成了一个非严格意义的禁欲主义者，一个某种程度上的自nüè者。虽然这样的过程痛苦、乏味、机械、生硬，但他一直努力去做了，也坚持了下来。渐渐地，就如同佛教所阐述的“戒”、“定”、“慧”一样，这种理学的自修过程同样也有“由戒生定”、“由定生慧”的过程，有一种清明让曾国藩感到澄澈和清慡。
现在，曾国藩开始真正地明白理学的真谛所在了。他觉得这种修身的过程有意义极了，也有意思极了。一个人以如此的方式深入自己，也了解自己、改变自己，然后不断jīng进，最终达到一种jīng神和道德的合一。这种方式，也算是一种宗教情感吧，将人的有限智慧引入到无限的空间——宋明理学就是这样具有很多的宗教成分的，只不过，它一直没有确定一个反观的人格化神像，它是将人格化的神像转化为道德律了，以为道德是一种天生的纲常。这种做法本身，就带有qiáng烈的宗教色彩。曾国藩就是在这样的学习与修身中，走了一条与宗教信仰类似的道路。
理学对于人格的修炼，使得曾国藩无论是在学问上、人格上，还是在处世方法上，都跃上了一个新的台阶。他再也不是一个简单的、只会读古书写古诗作古文的书生了。给人的印象是，进入中年之后，曾国藩从一个循规蹈矩的学子变成了一个对于自己的思想体系有着qiáng烈自信的人，他知道自己所走的，是一条滋养身心的道路。同时，曾国藩也变得越来越喜欢跟人探讨一切潜藏之“理”，他变得爱较真，爱认死理，并且遵循“理”来行动。曾国藩确立了自己的社会责任感，也确立了自己的人生抱负。曾国藩在桐城派姚鼐所提出的义理、考据、辞章三条传统的治学内容上，又增加了“经济”。在曾国藩看来，这四种学问缺一不可，而且“经济”更为重要。所谓“经济”，就是经世济民的真正学问，就是学要有所用，对于社会，要能派得上用场。这些经世济民的学问，才是真正实现“王道”的必要手段。曾国藩更清晰地明白“修身齐家治国平天下”的真正内涵，他变得更有责任，jīng力也更为专一集中，做事也变得更趋完美——在京城的十来年间，曾国藩每年都至少要寄一百五十两白银回家，有时候还不止这个数。他先后将弟弟曾国潢、曾国荃、曾国华带到身边读书，全力尽自己兄长的责任。在弟弟们回家应考期间，他经常写信让他们好好读书，争取功名。在曾国藩的言传身教之下，弟弟曾国荃1848年科考一等，补廪膳生。与此同时，曾国藩并没有在职位上无所事事，他开始深入地调查、了解历朝历代的治乱兴衰、典章文物、学术思想和经国治民之道与术，清醒地关注着鸦片战争以来日益窳败的社会现实。可以说，理学的钻研没有使曾国藩变得迂腐缥缈，相反，他变得更加脚踏实地，也变得更加智慧了。
值得一提的是，从1846年夏秋之jiāo，曾国藩的学术思想发生了重要的转变，从那一年开始，曾国藩由“一宗宋儒”转向了“汉宋兼采”。对于汉学，也不像先前那样排斥了，对于宋学，也有了客观的评价。这当中的重要契机是曾国藩的患病。因为身患肺病，曾国藩暂时摆脱了繁忙的公务，住在京城南部的报国寺中养病。在那段时间里，曾国藩的手边书是段玉裁作注的《说文解字》。当时，适逢jīng于考据的汉学家刘传莹也住在此。刘传莹虽为汉学家，但思想较为开通。曾国藩与刘传莹朝夕相处，互相切磋，双方都受益不少。曾国藩请刘传莹将自己所住的地方题词命名为：“养德养身绵绵穆穆之室”；也将每天写的日记命名为“绵绵穆穆之室日记”。
那一段时间应该是曾国藩系统地盘整自己思想的重要阶段。让曾国藩感到欣慰的是，报国寺恰巧是明末清初的大儒顾炎武的栖居之所，这个古老的寺院异常幽静，老树寒鸦，古柏夕阳，潜伏着一股冲淡之气。在这个地方休养生息，曾国藩能明显地感受到身体之中有一种东西悄然长成，感觉到自己在某种程度上已经接通了顾亭林的气场，已经能够感受到一个人伟大的心跳。那段时间里，曾国藩还写了很多文章，内容囊括了对传统文化的梳理，对道德的逻辑分析，对现实问题的杂录，对玄学、史学和文艺理论的看法，对一些哲学问题的困惑等等，文章思路之清晰，文字之jīng确雅致，让很多京城大儒暗生钦佩之心。经过这一段时间的盘整，可以说，曾国藩的思想和学问又进入了一个新境界。
曾国藩就这样慢慢养就了自己的浩然之气。在某种程度上，这种觉悟后的气韵暗合宇宙的律动和气场，它表现为拥有一种洁净而呈现出的从容、宁静、智慧与无畏。这些品质看似独立、互不相gān，其实，它们本来就是一个立体的不同侧面，只不过表现得不一致罢了。现在，曾国藩明白这个道理了。由于学问的深刻，以及人格的归于大我，可以说，曾国藩已能很从容地面对这个世界了。在很多时候，他表现为不贪婪，不妄想，做事沉稳，工于心计；同时，他善于沉默，自我隐藏，放低自己的姿态，极端地控制着自己的情绪，不以物喜，不以己悲。他的意志已得到了锻炼，面部表情松弛自然、收放自如。在更多的时候，在那上面，看不出什么内容，没有愤怒、气恼或者激动，更像是谦逊、诚恳、平静，以及彬彬有礼。具有这种气质的人，在很大程度上，人格已然圆满了，内心坚定而深厚，自省而虚心。这是与外部世界最和谐的沟通。
在这个湖南人身上，那种独特的东西油然诞生了。因为性格魅力，也因为唐鉴等大儒的垂青，一时间，京城一些喜欢理学或者习惯从风chuī草动中嗅出政治气候的人们都竞相结jiāo曾国藩。曾国藩与京城一批卓越人士有了很密切的来往。曾国藩结jiāo的，有当时名震天下的一些大儒，除了唐鉴和倭仁之外，还有刘传莹、吴廷栋、邵懿辰、何桂珍、王茂荫、梅曾亮等等。就这样，理学的研习给曾国藩带来的不仅仅是内心的丰厚，提高了他的个人声望，同时也给他带来了旺盛的人脉。正因如此，曾国藩在短短的时间里一下子青云直上——1840年，曾国藩授翰院检，1847年升内阁学士、礼部侍郎，后遍任兵部、工部、刑部、吏部侍郎。从1838年曾国藩中进士算起，一直到1848年，十年中，曾国藩的仕途一帆风顺，连升七级，竟然从七品一直升至正二品。
曾国藩成了在京湖南人的骄傲，当时湖南人来京考试或者出差，都会主动拜见声名显赫的曾国藩。也因此，曾国藩与湖南同乡中的翘楚来往密切，情同手足——在他们当中，有刘蓉、郭嵩焘、江忠源、欧阳兆熊、罗泽南等人。这些人，都是后来湘军的骨gān力量——曾国藩最初与这些书生们在一起结jiāo之时，根本没想到，有朝一日，他们会成为喋血沙场的战友呢。