天不祚元，最有能力中兴元朝的察罕帖木儿被红巾军降将王士诚刺死，其势遂衰，虽然其义子王保保（扩廓帖木儿）骁善能战，却无其义父的政治远略。所以，当王保保在至正二十三年（1363年）chūn派人携书来“通好”时，老朱态度大变，拘其使节不遣。
元朝方面，乱成一锅粥。自孛罗帖木儿与扩廓帖木儿两军开始“内战”，一直到李思齐、貊高、王保保等人在晋地厮杀，整整八年过去，元朝的正规军与杂牌军一直在北方相互绞缠，杀得你死我活。正是由于这样，江南的朱元璋才能从容放开手脚，先后消灭了陈友谅、张士诚、方国珍、陈友定等人。除江南地区外，湖南和两广也尽入朱元璋手中。
在北方元军诸部人脑子打成猪脑子自相残杀正酣时，至正二十七年底，朱元璋正式开始了北伐。这位要饭花子出身的爷们儿很有远略，他并不主张直捣大都，而是这样向诸将布置：
“元建都百年，城守必固。若悬师深入，不能即破，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据，非我利也。吾欲先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户枢。天下形势，入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。既克其都，走行云中、九原，以及关陇，可席卷而下矣。”
于是，明军（两个多月后的至正二十八年，即“洪武元年”，1368年正月朱元璋才建立“大明”，此时应称为“南军”）二十五万人，由徐达和常遇chūn率领，浩浩dàngdàng杀向北方。
果然，一切皆按朱皇帝先前布置施行，明军所至皆克，迅速bī向大都。
眼见国家危亡在即，元顺帝下诏重新qiáng调皇太子“总天下兵马的威权”，诏谕诸将，作了最后一番垂死挣扎而又详尽的“战略部署”：
“复命扩廓帖木儿（王保保）仍前河南王、太傅、中书左丞相，统领见部军马，由中道直抵彰德、卫辉；太保、中书右丞相也速统率大军，经由东道，水陆并进；少保、陕西行省左丞相秃鲁统率关陕诸军，东出潼关，攻取河洛；太尉、平章政事李思齐统率军马，南出七盘、金、商，克复汴洛。四道进兵，掎角剿捕，毋分彼此。秦国公、平章、知院俺普，平章琐住等军，东西布列，乘机扫殄。太尉、辽阳左丞相也先不花，郡王、知院厚孙等军，捍御海口，籓屏畿辅。皇太子爱猷识理达腊悉总天下兵马，裁决庶务，具如前诏。”
王保保接诏，并未遵诏而行，而是向云中（今山西大同）方向进发。其帐下将有不少很狐疑，问：“丞相您率师勤王，应该出井陉口向真定（今河北正定），与在河间的也速一军合并，如此可以截阻南军（明军）。如果出云中，再转大都，迂途千里，这怎么能行？”
王保保敷衍：“我悄悄提军从紫荆关入袭，出其不意，有什么不好？”
倒是他身边谋士孙恒一语挑明：“朝廷开抚军院，步步要杀丞相。现在事急，又诏令我们勤王。我们驻军云中，正是想坐观成败！”
进言者听此话，只得默然。
可见，大都元廷急上房，王保保仍持坐观态度，元军其余诸部可以推想。
很快，明军打到通州。元朝知枢密院事卜颜帖木儿像条汉子，出兵力战，可惜兵败被杀。
眼看大都不守，元顺帝在清宁殿招集三宫后妃、皇太子等人，商议出京北逃。左丞相失烈门等人谏劝，一名名叫赵伯颜不花的太监更是跪着叩头哀嚎：“天下者，世祖之天下，陛下当在死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸卫士出城拒战，愿陛下固守京城！”
顺帝已经吓破胆，当然不听。1368年yīn历七月二十八日夜间，元顺帝最后看了一眼元宫的正殿“大明殿”，嘴里嘀咕了一句什么，即率皇后、皇太子等人开健德门，出居庸关，逃往上都方向。八月三日，明军攻入大都城，元朝灭亡。
元朝的宫殿正殿，名字就叫“大明殿”，元顺帝临行前看着那三个字，肯定和我们后人想得一样：莫非这是“大明”取代“大元”的象征？其实，如同“大元”取自《易经》“大哉乾元”之语一样，元朝的“大明殿”也是出自《易经》乾卦的彖辞：“大明始终”；元顺帝逃走时所经的“健德门”，出自乾卦彖辞：“天行健”；厚载门出自坤卦“坤厚载物”；咸宁殿出自乾卦“万国咸宁”；等等，大多是根据《易经》为宫殿和宫门起的名字，至于日后与“大明”暗合，也是小概率的巧合吧。
元顺帝在一年多后因痢疾病死，终年五十一，蒙古人自己上其庙号为“惠宗”，他之所以被称为元顺帝，是朱元璋日后以为这位元帝知顺天命，退避而去，特加其号曰“顺帝”。
元顺帝遁走，徐达上《平胡表》给朱皇帝：
惟彼元氏，起自穷荒，乘宋祚之告终，率群胡而崛起。以犬羊以gān天纪，以夷狄以乱华风，崇编发而章服是遗，紊族姓而彝伦攸理。逮乎后嗣，尤为不君，耽逸乐而招荒亡，昧于竞业；作技巧而肆yínnüè，溺于骄奢。天变警而靡常，河流dàng而横决，兵布寰宇，毒布中原。镇戍溃而土崩，禁旅颓而瓦解，君臣相顾而穷迫，父子乃谋乎遁逃。朝集内殿之嫔妃，夜走北门之车马。臣（指徐达自己）与（常）遇chūn等，已于八月二日，勒兵入其都城。
百年汉族郁结之气，竟能在这一篇表章中一泄而出。
元朝，自顺帝跑出大都后，标志着蒙古人在中国统治的终结。日后再提及这个流亡政权，就只能称其为“北元”了（明朝称“鞑靼”或者瓦剌）。元朝虽亡国，但并没有灭种。
元顺帝从大都出逃后，一路惶惶然如丧家之犬，用了近二十天工夫逃到上都。但此时的上都宫阙府衙先前曾遭红巾军一部劫掠焚烧，根本不像个都城，到处残垣断壁，四处瓦砾。见此情景，顺帝一行人心凉了大半，本想再远窜和林，不久就听说明军并未有大部队来追，诸人方敢喘口大气。
元朝虽亡，当时的残余势力仍旧很让元顺帝觉得有重回大都的希望：辽阳有兵十万，云南仍旧在蒙古宗王手中掌握，王保保有大军三十万在山西，李思齐、张思道有数万兵在陕西，加上各地杂七杂八的零散武装以及集民自保的所谓“义军”，全部军队人数加起来有几十万之多。
可惜的是，由于从前当众砍杀了宗室阳翟王，顺帝对西北诸藩的“亲戚”们不抱幻想，他目前最大的心愿就是夺回元朝政治统治的象征地大都。其实，早知如此，他当初就不应逃跑得那样仓促。
朱元璋是位懂谋略的帝王，他深知山西的王保保不除，元朝仍旧有死灰复燃之日。于是，他下令徐达、常遇chūn两人即刻统军去平山西，同时又增派汤和等人提军赴援。明军一路基本顺利，接连攻下泽、潞两州（晋城和长治），准备合围云中（太原）。
王保保在元顺帝的死催下正往大都方向赶，听说明军正要倾其老巢，他立刻回军。走到半路，明军已经拿下太原。双方对垒，王保保挑选数万jīng兵，准备拼死一决。