未料想，明军策反了王保保部将“豁鼻马”（估计是绰号），连夜劫营。元军刹时惊溃，王保保惊慌中跳上一匹马就跑，láng狈得脚上只穿一只靴子。由此，数万劲骑，王保保带走的只有十八骑，余众不是被杀，就是投降明军。
王保保先逃至大同，惊魂未定，又驰往甘肃。由此，山西皆为明军攻克。
明军一鼓作气，稍事休整后又开拔，准备克复陕西。
元顺帝思念大都心切，命右丞相也速率数万骑兵经通州攻大都。当时通州由明将曹良臣驻守，兵员不满千人，他只得使“疑兵计”，在白天夜里轮流不断让人摇旗呐喊击鼓不绝。以为明军人多，也速竟然惊骇退走，失去了进攻大都的最好机会。
朱元璋得知顺帝用意后，急遣大将常遇chūn率所部从凤翔急行军驰援大都（明朝已将大都改称“北平”），在优势兵力下，明军数战皆胜，连接攻克会州（今辽宁平泉）、大宁州（今辽宁朝阳）。
偷jī不成蚀把米，大都影都不见，现在元顺帝连上都也呆不住了，只得逃往应昌（今内蒙克什克腾旗）。
常遇chūn明军势锐，一举攻克上都，斩首数万，降敌一万有余，得辎重、牲畜、粮草无数。
陕西方面，徐达一军直下奉元（今西安），元将张思道未战即逃，李思齐虽有十万大军，也不敢做像样的抵抗，西奔临洮。
徐达与诸将异议，坚持己见，他认定要先拿关中元将中最硬的李思齐开刀，直下陇州（今陕西陇县）、秦州（今甘肃天水）、巩昌（今甘肃陇西）、兰州。由于事先做过不少“思想工作”，李思齐向明军投降，附近元军残部皆望风降服。
张思道从奉元逃跑后，向宁夏方向逃跑，留其弟张良臣和姚晖等人守庆阳。到了宁夏，穷蹙势孤的张思道走投无路，只得向王保保“报到”。王保保这个气，张口大骂：“从前你这个王八蛋与我争关中的勇气哪里去了？”马上把他押入囚牢关了起来。
庆阳方面，张思道之弟张良臣诈降，结果使明军受降部队损失惨重。徐达闻讯大怒，指挥四路大军围攻庆阳。元廷派出数道兵增援，皆被围城明军打败溃逃而去。坚守数日，庆阳城中粮尽，守将之一的姚晖向明军投降，张良臣等人跳井未死，被明军捞出后皆剐切于军营之前。
王保保得知庆阳失陷后，便集兵猛攻兰州。猛攻数日，难克坚城。愤懑之下，王保保率元军在兰州附近大掠泄愤。出乎他意料的是，明朝大将徐达来得快，在定西车道峪与王保保狭路相逢。
元、明两军中间隔一条深沟，各自树栅建鹿角，作持久相斗状。明军粮多兵壮，有持久战的本钱；王保保元军情怯粮少，先自慌了心神。
徐达使心理战，命令明军昼夜不停发动假攻击，使元军不得片刻休息。
闹腾了两天，明军忽然闭营假装休整，筋疲力尽的元军谢天谢地，终于有机会吃块军粮想歇一觉。
殊不料，大半夜间，明军全军发动攻击，又累又乏的元军根本不敌，近十万将卒被生擒，王保保仅与妻儿数人北走huáng河，抱持流木渡河，奔逃和林。
这次，不仅他本人láng狈到家，基本上也把北元最大一份家底也赔光。
应昌方面，城池完整，但仍旧面临老问题：粮草不足，难以拒守。王保保等人一直上书顺帝让他离开这一危险地带幸和林，但这半老头子仍旧想回大都，希望元军会创造“奇迹”。
奇迹未看到，痢疾却先到。早已被“大喜乐”淘虚了身子骨的元顺帝又贪嘴，多吃了些不gān净的牛羊肉，忽染痢疾。缺医少药加上抵抗力过弱，五十一岁的顺帝活活拉死。大元最后一代帝王，死得如此不堪。
皇太子爱猷识理达腊这回终于可以做皇帝了，他改元“宣光”，即杜甫《北征诗》中之意：“周汉获再兴，宣光果明哲”，颇有中兴大元之意。这位太子爷虽然一直是个“事头”，又好佛法又喜欢腐化，其实他的汉文化功底颇为深厚，除能写一笔潇洒遒劲宋徽宗体书法外，还会做汉诗。其诗大多散轶不存，只在《草木子》一书中存有一首《新月诗》：“昨夜严陵失钓钩，何人移上碧云头。虽然未得团圆相，也有清光遍九州。”清新可喜，就是没有帝王气象在诗中。（此诗有人误记为朱元璋的孙子建文帝所作）
皇太子帝位还未坐热乎，朱元璋的外甥李文忠已经统大军杀来。本来他是大将常遇chūn的副手，常大将军在攻克上都后得bào疾身亡，所以小李就成为这支大军的总指挥。
听说元顺帝已死，皇太子还在应昌，求功心切的李文忠马上向这座城市发动进攻。结果自不必说，明军杀擒元军数万，并活捉了北元皇帝爱猷识理达腊的皇后、嫔妃、宫女以及他的儿子买的里八剌。
北元的这位“新帝”腿脚利索，又逃过一次大难，最终逃往和林。
明洪武五年，朱元璋怕北元死灰复燃，派徐达、李文忠等人大军四出，统十五万jīng骑准备彻底消灭王保保和爱猷识理达腊。
明军初战得利，但进至岭北，遭遇王保保埋伏，大败一场，死了几万人（明朝自己说是一万多）。转年，王保保复攻雁门，太祖下令诸将严备，但他的注意力集中在中原地区，此次明兵甚少出塞主动进攻元朝残兵。
早在此次出军前，明太祖曾七次派使人往王保保军营“遣使通好”，王保保皆不应。最后，朱元璋派出王保保父亲的好友、元朝降将李思齐出塞，想以言语打动王保保归降。
王保保对这位先前与自己关中大战的“老叔”很客气，又请吃饭又请喝酒，就是不提归降之事。呆了数日，王保保派人礼送“老叔”出境。行至塞下，送行骑士临别，忽然对李思齐说：“主帅有命，请您留一物当做纪念。”
李思齐很奇怪：“我自远而来，未带重礼。”
骑士说：“希望您留下一臂以为离别之礼！”
望着面色严肃的jīng甲铁骑数百人皆对自己虎视眈眈，李思齐自知不免，只得自己抽刀切下一条胳膊jiāo与骑士。伤口虽然齐整，又有从人救护，难免流血过多，老李回来后不久即死掉，在新朝也没享几天好福。
正因如此，朱元璋对王保保更是油然生敬。一日，他大会诸将宴饮，问：“天下奇男子，谁也？”大家皆回答：“常遇chūn所将不过万人，横行天下无敌手，足可称是真奇男子！”朱元璋摇头一笑：“常遇chūn虽人杰，我能得而臣之。天下奇男子，非王保保莫属！”
大起大落后，王保保在和林与从前的“皇太子”关系相处和睦，洪武六年又统军杀回长城边，但被老对手徐达候个正着，在怀柔把他所率元军打得大败而去。
洪武八年，正值壮年的王保保染疾而死，其妻毛氏自缢殉夫。
洪武十一年，爱猷识理达腊也病死，残元大臣谥其为“昭宗”，并拥其弟弟（有说是其子）脱古思帖木儿为帝。十年后，这位爷在捕鱼儿海（有说是贝加尔湖，有说是距热河不远的达尔泊）晃悠，被明朝大将蓝玉侦知消息，率十万大军前去攻击。明军杀元军数千，生擒近八万人，就是跑了脱古思帖木儿本人。此时的北元皇帝再无昔日的威赫声名和尊严。逃往和林路上，他被叛臣也速迭儿缢死。