明代倭寇之祸大致可分为三个时期：第一个阶段是洪武至正德年间；第二个阶段是嘉靖年间，也是最猖獗期；第三个阶段是万历年间。
至于对明朝倭寇之患性质的定义，上世纪八十年代之前，学者们言之凿凿，定性为“日本武装侵略集团对中国沿海的破坏性掠夺战争”。随着改革开放后意识形态层面的宽松，八十年代后至今，不少中国学者忽然增长了“国际视野”，以日本学者的研究者作为准绳，语不惊人死不休，大讲明朝倭寇的性质是“明朝东南沿海各阶层人民反封建、反海禁的正义斗争”，是“明朝中国社会资本主义萌芽的标志”。
其实，上述二类观点均矫枉过正，前者把“倭寇”完全说成是“日本人”的侵略，后者耸人听闻地美化海盗侵掠。
明朝倭患，是以葡萄牙殖民者（佛朗机）为诱因的，以中国沿海商业海盗为首的，以日本làng人集团为辅的盗贼集团，对明朝中国人民烧杀劫掠的非正义战争。
早在元朝时期（元武宗至大元年，1308年），已经有日本商盗禁掠庆元（今宁波）的记载。但那时的“倭寇”应该基本上都是“真倭”，中国人很少。元朝末年，恰恰是日本的“南北朝”时期，特别是日本南朝的“征西府”及各地分裂割据的地方大名势力，谁都不服谁，你杀我伐，使得战乱中大批日本武士、làng人、海盗商人、流民等等，cháo涌至中国沿海。同时，他们又与被朱元璋击败的张士诚、方国珍等部相勾结，在大明朝沿海地区不时烧杀劫掠。
虽然海寇猖獗，但当时朱元璋认为心腹之患是北方的残元势力，对沿海的外寇入侵只是防御而已。他下诏加qiáng海防力量，禁止军民人等“私通海外”，还未完全实施海禁，允许贡舶贸易。
朱元璋初建明朝时，他对日本的情况不甚了了。洪武二年，倭寇犯山东，朱元璋仍旧“天朝”思维，遣使至日本，诏谕其奉表来朝，语气充满恫吓。日本南朝的怀良亲王乃后醍醐天皇的儿子，见明朝来诏语气qiáng硬，不吃这套，竟敢杀掉几个明使并拘押了正使杨载等人。转年，明使又来，怀良态度有了一百八十度的大转弯，厚待来使，上贡马匹及衣物，并向明朝放还倭寇在明州和台州等地抢掠的平民男女七十多人。朱元璋大喜，自以为明朝天威所至，终于使小倭臣服。其实，怀良当时的“服软”，恰恰是因为日本北朝咄咄bī人，日本南朝疆土日蹙，不想也不敢又树一大敌，再招惹明朝的进攻。
过了好久，朱元璋才知道所谓的“日本国王”怀良不过是个亲王，日本还有一大半地方归于“北朝”统治，于是他派使臣前往日本想与日本北朝联系。在怀良阻挠下，明使一直不能北行。过了近两年，明使才与实际主持北朝政事的幕府将军足利义满（源道义）联系上，进入日本王京商议两国“友好”之事。足利义满为人还很有长远思虑，他派使臣携贡物而来，但老朱皇帝认定日本来使没有正式称臣称藩的官方表疏，拒绝接受贡品。他厚赏日本使者，诏遣归国。
日本方面，南北朝大致是这样形成的：1318年，即日本文保二年，后醍醐天皇即位，他属于大觉寺皇帝系统。借将军幕府内部发生内讧之机，他想推动“倒幕”来使自己的虚位变实。结果，幕府将军一派先下手，把后醍醐天皇流放到隐歧（今岛根县）转而拥立持明院一系的皇室后代光严天皇即位。后醍醐天皇的儿子怀良亲王与大阪武士楠木正成等一些人立刻起兵相抗，发起倒幕战争。开始时，怀良亲王一派非常顺利，甚至把他天皇爸爸也从隐岐救出。幕府一派大将足利尊本来是奉命镇压，但他中途倒戈，支持后醍醐天皇，回军灭掉了镰仓幕府的北条氏。如此一来，光严天皇退位，后醍醐天皇复辟，实行天皇亲政。
君臣相处日久，天皇想下手把他的“恩人”足利尊也gān掉，可这位足利尊不是吃素的，他先下手，再次逮捕了后醍醐天皇，扶立持明院系统的光明天皇继位。后醍醐天皇跑到吉野，与光明天皇并立，所以，日本出了“南北朝”局面。后醍醐天皇一派转为“南朝”，光明天皇一系称为“北朝”。这种对峙，一直延续五十多年。
当然，大明朝并不知道日本还有什么“天皇”，蕞尔小邦，不过是摹仿大唐高宗皇帝的“天皇”称谓，自娱自乐而已。
明初倭寇，真倭居大多数，多数来自日本列岛的萨摩、长门、博多、鹿八岛等地，入侵道路和以往入贡道路一样，由高丽趋山东，在四、五月间趁东南风沿海扬帆而至。所以，山东、辽东半岛的倭患在明初最严重，其次是浙江。当时受倭患困扰最大的，还有明朝的藩属国高丽（朝鲜）。但李氏王朝建立后，朝鲜国内政治局势好转，倭寇连连受挫，就把入侵重点转向中国沿海。
胡惟庸案发生后，朱元璋因为此案涉及日本人参而面龙颜大怒，对日本深恶痛绝，遣使痛责。不料，南朝的怀良亲王觉得山高皇帝远，派人送来表文，语意傲诞无礼。
老朱皇帝阅毕，气得哇哇大叫。但最终还是以元朝征倭失败为前鉴，没有发兵征讨这个海外狂妄小国。
朱元璋本身就是个偏狭之人，由于对倭人满心痛恨。洪武二十七年之后，幕府将军足利义满已经统一了日本，并以太政大臣的身份当上了日本实际的主人。他派人主动来向明朝示好，皆被老朱拒绝。当然，朱元璋不敢轻视海防，陆陆续续下来，几十年间，洪武一朝共在辽东、山东、南直肃、浙江、福建、广东等地设立了五十八卫及八十九所，置兵数十万，有兵舰千余艘，严防倭寇。
明太祖朱元璋死后，其孙朱允炆即位，也就是建文帝。日本的足利义满忙趁机遣使表示友好，在正式表文中有“日本国王臣源（道义）”的自称，也就是以藩国身份向大明称臣。建文帝厚报使者，热情接待。
但是，日本使节再来明朝时，大明皇帝已经变成了朱棣。明成祖朱棣虽然篡了侄子的江山，对日本的态度却没有变化。他非常热情，特别是足利义满的“称臣纳贡”，让这位野心家十分舒坦。
为此，明、倭两国友好关系建立，约定日本十年一入贡，人数每次不超过二百人，并给予日本人“永乐勘合”。
现代人听见中国古代四周的小国纷纷入贡，觉得倍儿自豪，泱泱大国自尊心一下子得到满足。其实，这些蛮夷小国的所谓“入贡”，变相打秋风捞便宜而已，真正的称谓应该是“贡舶贸易”或者“勘合贸易”。
以倭国为例，其使臣所携“贡品”，中国肯定要依其价值“回赐”金银，往往是一根萝卜换回人参钱。只要你小国承认我大明为天朝，我们就厚赏金钱买脸面；使臣们除“贡品”外，又搭载不少官方货物在当地贩卖，为体现“天朝”宽仁，明朝基本是予以“免关税”对待，即不对货物“抽分”，以此来达到“怀柔远人”的目的；最后，来使们个个夹带私货，上至正使，下至船夫役佣，都揣私货来贩，天朝当然对此不闻不问，任其货殖取利。