事已至此，郑成功刚愎自用，反倒急欲与清军决战。他自作主张，指挥主力全部结营于观音山，准备依山就势，要与清军大战一场。
郎廷佐见郑军结营，趁早晨郑军新集未稳之际，立刻挥兵攻击。郑成功本人仍在指挥调动，而山下受攻击的郑军只得一边死命抵挡一面上报。
郑成功军令极严，其余各部不敢轻易出战，只得眼看清军集结主力死攻郑军一部。其余诸部怕违背军法不敢相援，眼睁睁看着清军逐一击破友军。
甘辉身中三十余箭，手杀约十人，力不能支，终于溃走。退走途中，甘辉力竭被擒。
郑军诸营动摇。
至此，坐镇指挥的郑成功心乱，但仍旧不发进攻命令。
郑军大将林胜焦躁，对士兵讲：“敌人虽胜两阵，兵力不多，藩主不发号令让诸营联合反击，实误大事！”于是，不等郑成功命令，他率手下士兵向清将梁化凤所统骑兵发起攻击。
时兮命兮，林胜之军刚刚冲出，恰遇东门清军忽然从城中出来加入战斗，二部清军合击，林胜部郑兵正好处于合围之下，拼斗血战，全部战死。
望见诸营溃败，人在山顶的郑成功对参军潘庚钟讲：“你在本王伞盖下替我坐镇指挥，不可去盖。我下山到水军大营，催 军从后面抄杀。”
郑军水营一直泊于江边，踞南京城二十多里。郎廷佐在郑军刚到之时，就派军士假扮百姓，遍载酒肉柴木，天天到海边与船上郑军士兵买卖jiāo易，暗伺虚实。刚开始的时候，这些jian细不敢贸然接近郑军的大船，后来双方感情日益“融洽”，jian细们随便入营jiāo易。郑军兵士毫无防备，水师大营内的布置情况被清军侦知无遣。特别是郑军几只装满火药的大船，被清军死死盯上。
岸上战斗打响，清军jian细暗挟硝磺瓶，接近火药船后，点火抛入舱内。四只大船爆炸，所有火药全部报销，顺带烧毁郑军大船数只。
刚刚赶至门边的郑成功正好赶上大爆炸，登时心惊，他也顾不上召集水军对岸上清军进行反包围了，反而上船催水师逃走。
岸上败北的郑兵逃往岸边，忽然发现大船皆空，非常绝望，但仍旧边战边退，往山上撤退。清军不舍，尤其是汉人绿营兵敢战，与郑军搏杀在一处，难解难分。
清军八旗骑兵渐聚，大队人马涌上山顶。然后，清军jīng骑借势猛冲，一下子把郑军士兵冲溃，把他们又bī回江边。
无奈之余，郑军士兵，尤其是那些重甲jīng锐，皆投江而死。
清将梁化凤见观音山上有郑成功的伞盖在，拼死上前，率士兵猛攻。郑军士兵殊死拼斗，但清军合围兵多，潘庚钟持剑指挥，最终与属下士兵全部战死。
南京之役，郑成功手下大将除甘辉、潘庚钟、万礼、张英、林胜、蓝衍、陈魁阵亡外，还有副将魏标、林世用、洪复等人，皆搏斗死于军中，损失不可谓不惨重。
郑成功所率的军队人数，与南京清军（包括后来赶到增援的）相比，其实仍占优势，基本是2：1的态势。他之所以大败，一是因为松懈，二是因为指挥不利，三是因为此次大战，郑军尽携军队眷属于船上，患得患失。妻女随队打仗，军士心理上就已经怯了一大截，所以，忽遇清军猝然进击，逢败心慌，心慌就要情怯，情怯就只能一败再败，无法收拾。
即使如此，十五镇全军败没，郑成功余军仍旧有很qiáng的战斗力，大可以在镇江坚守，以此为根据地，联结周围归附州县，再伺机而为。
所以，张煌言闻郑军在南京败溃，立刻写信，要郑成功在民心可恃的基础上，努力坚持一下，派出百艘战舰到上游与自己联兵，巩固上游胜利果实。
“国姓爷”的私心（11）
心灰气冷的郑成功归心似箭，弃镇江不守，顺流东下而去。临行前，郑军士兵在官署放火，大呼：“尔等百姓可随我去，不然鞑子要杀尽你们！”一时间，城中如沸，妇女皆漫无目的披发狂逃，街上被踩压至死者无算。孩童遍地，践踏如泥。
郑军一改从前军纪森然之象，实入居民家中大掠，抢焚整整两天，遍城烟火。
清军八旗兵远望镇江火起，不敢即时入城，便先在瓜洲大抢豪夺。待郑军撤走后，八旗兵进入镇江，再来一轮焚掠。更坏的是这群shòu兵大肆jianyín，几乎镇中幸存妇女无一幸免，惨遭轮jian。
至于梁化凤、蒋国柱二人所统的绿营兵，在无锡等地烧杀抢掠，皆满载而归，并把抢得成千上万妇女在苏州贱卖。
而后，南京的清朝政府张帖告示，夸张“灭贼”功绩，气焰嚣张，不可一世。
兵灾过后，最苦的就是百姓。
郑军大将甘辉、余士信被生擒。甘辉为人，文韬武略比比在行，在郑成功此次长江之役前，他曾劝说军事行动缓行，表示说待日后兵力增加一倍后，可一举平定南中国。郑成功不听，混战中，甘辉身中数十箭，重伤被俘，被带去见清将。管效忠喝令他下跪，甘辉不跪。管效忠叱曰：“汝为将领，自应战死沙场，不死被擒，理当投降。如今不死不降，是为何理？”甘辉瞪目朗言：“男子汉大丈夫，当然应战死沙场，我乃大明国公，岂能与无名士卒默默死在一处！今日活着来见，只是要死个明白，让后人知我名耳！”言毕，转身出庭，傲然临刑。郑军另外一位大将余士信善舞大刀，姿容甚美，打仗时常常布甲跣足，有如天神罗汉。他作战力竭被擒后，被押去见清将喀喀木，也是挺立不跪。喀喀木壮之，爱惜其材勇，便问：“如果投降，当给大官。”余士信话语不多，摇头高言：“不投降，只求速死！”欣然受死。
南京之战后，清廷褒将郎廷佐，并擢升梁化凤为江南提督。梁化凤这个汉jian为清朝卖死力，战斗结束后，他为了巴结八旗兵，他命令手下士兵皆让出马匹，给满洲兵来骑，他自己率手下皆步行，扛枪抬物，伺侯周全。享了几年福，汉jian梁化凤得了一种怪病，脖子处生对口疮，慢慢烂下去，最后头落而死。
对于蒋国柱等作战失利清将，清廷加以贬罚处理。至于那位暗中与郑成功通款又一直按兵不动的松江总兵马进宝，被清军押赴北京，凌迟处决。这位流贼出身的悍将，原本不是什么好人。他在松江贪yín酷nüè，极肆惨毒。平日里，马进宝有美妾八十人，如有想离去者，均被他斩杀不留。他广为人知的有一件事：一日，马进宝一妾生病，唤医生来看，医生说其妾怀孕四个月。马进宝妾侍奇多，早已忘记了这个妾的模样，认定这是新进之妾，不可能有孕。于是，他提刀对医生说：“怎会有如此事！如有孕，不杀汝；如无孕，说明你医术不高，必杀汝！”他进至其妾chuáng边，以刀割开女人的肚腹，从中提取已成形的婴儿，鲜血淋漓拿在手中。然后，他出屋对医生讲：“诊治有法，赏你五十两银子！”残nüè如此，马进宝确实值得受凌迟之刑。
郑成功败归途中，在八月间曾进攻崇明。久攻不下，只得悻悻而返。
后来，听闻清军集浙、直、粤数省水军齐来会剿，郑成功忧虑，派人与清廷议和，遭到严拒。