打败王琳与北齐联军，不久又破反叛的熊昙朗、周迪等人，陈文帝的帝座算是坐稳了。
陈霸先当皇帝时，屡向西魏乞要儿子陈昌，魏人扣住不放；陈霸先一死，陈蒨继位，西魏居心不良，反而马上放陈昌归建康。由于王琳起兵阻道，陈昌一直被挡在安陆。王琳败后，道路通畅，陈昌便启程返建康，行于半路，陈文帝封其为衡阳郡王。由于自恃是陈霸先嫡子，陈昌对于自己没有及时当上皇帝很生气，给堂兄陈蒨写信，“辞甚不逊”。
陈文帝很不高兴，对侯安都说：“太子快回来了，我得找个地方当藩王去养老。”侯安都是明白人，陈文帝又是自己当时力推，马上回答：“自古岂有被代天子！”自告奋勇，侯安都带兵去“迎接”陈昌。
过江时，侯安都挥却陈昌左右，自己与这位“真太子”两人登于船楼顶处“赏景”，没说几句，侯大将军就掏出绳子把陈昌双手捆缚，以布塞口，头朝下扔入江中淹死。然后，侯大将军带自己人换船，凿漏了陈昌座船，遍杀陈昌从人以灭口。诸事办完，侯安都上表，宣称陈昌渡江时遭遇“事故”，船坏被淹死。
陈昌之死，看似可怜，从历史角度看，此人也是活该。北周宇文氏jian狡，总爱挑拨别人骨肉相残从中取利。萧纪与萧绎相争，宇文氏得巴蜀；萧察与萧绎相斗，宇文氏得江陵。陈昌身经数事，按理应该从大义出发，拒不返江南也好，或低调返江南做一藩王也好。他如此气势汹汹回去与堂兄争位，假如被一些人拥戴，陈朝内乱必起，宇文氏又可趁机得利，灭亡建康汉文明最后一脉。由此观之，正是陈昌的“愚而不仁”，也怪不得陈文帝的“躁而不义”。
陈昌丧柩至建康，陈文帝假装悲痛，“亲出临哭”，把堂弟风光大葬。葬礼毕，立封侯安都为清远公。
杀掉堂弟，但亲弟陈顼还在长安，陈文帝便以割地为条件，以土换人，西魏终于把陈顼“归还”给陈文帝。这位文帝亲弟一回来，便授侍中、中书监、中卫将军，以安成王的尊位统摄文武大政。天道好还，陈文帝死后，正是这位皇帝亲弟陈顼废掉了陈文帝的儿子，自己坐上了帝位。
陈文帝天嘉四年（563）六月，陈蒨又除掉了对他有拥戴大功的司空侯安都。
侯安都，字成师，始兴曲江人，数世为郡里大姓。自陈霸先岭南起兵，侯安都就拥兵相从，“攻蔡路养，破李迁仕，克平侯景，并力战有功”。尤其是攻杀王僧辩，侯安都作为先锋将、先锋兵，单身一人被人扔过石头城女墙，确实独胆英雄。如此一个赳赳武夫，“工隶书，能鼓琴，涉猎书传，为五言诗，亦颇清靡”，文武全才，世所罕有。而后，侯安都又率兵屡破北齐军，生擒数员北齐大将，并协助周文育擒斩梁宗室萧勃。沌口一战，虽败于王琳，侯安都又能虎口脱脸，威名未堕。陈霸先死后，推陈文帝继位，杀掉碍事的陈昌，又进败王琳、留异。于陈文帝而言，侯安都怎么说也是第一功臣。所以，投桃报李，陈文帝荣显侯安都一家老小，其父病死，文帝在建康予其风光大葬。侯安都小儿子侯秘才九岁，就被授为始兴内史。
由于功勋卓著，又“有恩”于陈文帝，侯安都慢慢“膨胀”起来，多次招聚文武之士，“或she驭驰骋，或命以赋诗，第其高下，以差次赏赐之”，完全就是个曹操大丞相的陈朝版。而且，其部下将帅仗着侯安都势力，多违法乱纪，朝廷查处，纷纷逃入侯安都处躲避，廷尉也不敢抓人。“世祖（陈蒨）性严察，深衔之”。侯安都恃功自傲，无所收敛，“日益骄横”，连给皇帝的书奏也不依格式，批公文一样随开随启，想写什么就写什么。
恭俭勤劳 宁乱靖寇（2）
最过分的一次，陈文帝在皇宫宴饮重臣，侯安都酒酣兴起，箕坐斜靠，大声问陈文帝：“现在您与做临川王的时候相比感觉如何？”陈文帝愠怒，假装没听见，不答。侯安都不识趣，连问好几次。陈文帝qiáng按怒气，回答说：“为帝虽是天命，也多亏明公之力。”侯安都闻言大笑。
大宴毕，侯安都借着酒劲，又向皇帝说要借用御用帐饮器具，转天想把全家老小都带来也摆他数桌欢饮一次。“世祖虽许其请，甚不怿”。果然，侯安都第一天满载妻妾家小，自己坐在御座上，其文武宾客坐在群臣位上，“称觞上寿”。陈文帝闻报，更是杀心欲起。
其实，侯安都也就是恃功骄傲，倚老卖老，没有任何不忠之心或篡位的企图。重云殿大火，他自己亲率甲士带甲仗剑入卫，指挥救火，对于老陈家尤其是陈文帝一直忠勇不二，但这种带兵入宫之举更使陈文帝“甚恶之”，认定他有篡谋之心。中书舍人蔡景历（为陈武帝做大蜡棺材那位爷）揣知上意，便密奏侯安都要谋反。陈文帝便下诏征侯安都为江州刺史、征南大将军，令他从京口还建康受命。
侯安都没什么戒备，率大批文武从官入城。陈文帝亲自在嘉德殿“私宴”侯安都，刚喝一杯酒，卫士冲入，把侯大将军五花大绑捆了起来。同时，御林军又尽夺侯安都属下将校的兵杖和兵权。转天，陈文帝“赐死”侯安都，时年四十四。
虽下诏称侯安都“骄bào滋甚、密怀异图”要谋反，陈文帝也觉亏心，未忍对侯家加以连坐族诛，“宥其妻口家小，葬以士礼”。估计缢死侯安都之前，陈文帝与他也见过面，两人哭诉谈心，侯安都才明悟“功高不赏”的古训，可见，功高权重，根本就不是什么好事。侯安都并非是那种只知打打杀杀的粗蛮武将，知书达理，竟也不知韬晦之计，没事总让皇帝下不了台，身死家存，还算不幸中的万幸。陈霸先有知人之明，登基之际，品评诸将，就曾这样说过侯安都：“侯郎傲狠而无厌，轻佻而肆志，并非全身之道。”此言果验！
陈文帝在位七年，于天康元年（566）四月崩殂，谥曰文皇帝，庙号世祖。史称，陈文帝“起自艰难，知百姓疾苦。国家资用，务从俭约……妙识真伪，下不容jian，人知自励矣”。观其在位所为，确实是个不差的皇帝。
志大意逸 丧师弃地
——陈宣帝陈顼
陈文帝死后，其太子陈伯宗继位，是为陈废帝，改元光大，时年十五岁。安成王陈顼以叔父之亲尊，马上被封为骠骑大将军、司徒、录尚书事，都督中外诸军事。陈文帝弥留之际，曾当着大臣的面对陈顼表示要传位于这位亲弟，想必是试探，陈顼也不傻，“拜伏泣涕固辞”。
少帝继位后，中书舍人刘师知、尚书仆she到仲举、东宫通事舍人殷不佞等人以安成王陈顼“地望权势”过大，便矫皇太后诏令让陈顼出镇扬州。陈顼见诏，开始还很听话，马上收拾行装，准备带属官家人赴镇。其高级僚属毛喜劝谏：“陈朝享有天下时间不长，今日之诏，必非太后之意，大王以宗室大臣之重，岂可轻出！您一出京，便受制于人，到时想当富家翁也不可能啊！”陈顼觉得有理，称疾缓行，假托有事，召刘师知入府议事。同时，他又派毛喜入禀太后沈氏。沈太后确实不知情，对毛喜说：“今伯宗（少帝）年幼，国事并委二郎（陈顼），我没有下诏让他外镇。”毛喜又去见少帝，这位少年也不知就里。于是，安成王陈顼放开手脚，逮捕并杀掉了刘师知等人，“自是国政尽归于（陈）顼”。接着，安成王又把坐镇东扬州的少帝亲弟陈茂召回建康，任其为中卫大将军，实际上是剥夺了他的兵权，把他派在禁宫里值勤，形同软禁。