谢琰方面，军士于河塘之间窄路行军，鱼贯而前，这样一来，正好被两边的孙恩水军当作肉靶，晋军接连应弦倒毙，一片láng籍。混乱之下，谢琰指挥不利，晋军大败。逃跑途中，崇信“五斗米道”的邪教信徒、谢琰帐下都督张猛露出狰狞真面目，从背后袭击谢琰，杀掉了这位美男子将军及其两个儿子。
好运不会再至。谢琰父子在淝水大战借天时地利人和，轻易大获全胜。至此，再无谈笑灭敌的时机，终于失掉俊美好头颅。
安帝隆安五年（401）三月，孙恩又大出硖口，被刘牢之击走，四月，孙恩转攻海盐，又为刘裕所败，七月，孙恩从水路忽然出现在丹徒（今镇江），兵士十多万，战舰千余艘，建康晋廷震骇。
当时，刘牢之自山yīn邀击孙恩，赶到时孙恩军队已经过去，于是他又命刘裕自海盐入援京师。刘裕率八九百人的疲惫之师，不加喘息，直接向占据蒜山的贼众冲杀。由于出乎意料，贼兵惊遁，掉落山中和水中而死的不计其数，孙恩láng狈不堪，勉qiáng有命得还船中。
虽经此败，孙恩仍有数万军卒，便又整兵，出人意料，径向建康杀来。司马元显率兵抵拒，连战连败。其父司马道子当起缩头乌guī，故伎重施，天天亲自去蒋山，跪于蒋侯庙中祈祷。
由于孙恩楼船巨大，行进速度不够快。行至白石，闻知晋军数路已经入援京师，孙恩便浮海北走郁洲（今江苏灌云）。晋廷以刘裕为下邳太守，命其进讨孙恩。双方jiāo战，刘裕连胜。孙恩“由是衰弱，复缘海南走”，刘裕一路率军尾追。
桓玄方面，坐拥数镇，手握qiáng兵，自以为已经拥有东晋三分之二版图，就屡屡派人上献表示自己能为帝王的符瑞，借以惑众。同时，他又写信给司马道子，指斥朝廷所用非人，使国事沦丧至此。
司马元显见到桓玄书信，“大惧”，问计于其“高参”张法顺。
张法顺表示：“桓玄刚刚掌握荆州属地，人情未附，可命刘牢之进军征讨。”司马元显深以为然。恰巧当时的武昌太守庾楷惧怕桓玄起事后连累自己，密派人向司马元显示好，表示要做朝廷内应，以诛桓玄。司马元显闻之大喜，以为大事可定。
张法顺到京口后，把司马元显讨伐桓玄的意思告诉了刘牢之。刘牢之武将出身，深知桓玄智勇双全，又有qiáng兵，就表示说“此事甚难”。
张法顺回京，劝司马元显召刘牢之入京杀掉，并领其军，免得坏掉大事。司马元显不敢听从要他杀刘牢之的建议，只是下令紧急装备水军，准备讨伐桓玄。
东晋安帝元兴元年（402）二月，晋廷下诏宣示桓玄罪状，以尚书令司马元显为征讨大教督、都督十八州诸军事，加huáng钺，主持征伐。又以刘牢之为前锋都督，以谯王司马尚之为后援，齐军合力讨桓玄。又下诏加会稽王司马道子为太傅，安帝是个大傻子，所有这些诏令，均出自司马元显及其左右之手。
张法顺劝司马元显杀掉桓修等所有桓氏亲族，并出主意命刘牢之杀桓谦兄弟以示无二心。司马元显毕竟是二十出头的小伙子，统驭之术缺乏，对这些主意均不采纳。
桓玄虽有代晋的野心，也没料到晋廷反应如此迅速。闻知晋廷出兵，桓玄也大惊失色，想退据江陵，固城以求自保。其长史卞范之谏劝：“明公您声威播于远近，刘牢之大失物情，司马元显rǔ臭小儿，如果明公直bī京师，其土崩瓦解之势可立时出现；假若退缩不前，延敌入境，后果不堪设想！”
桓玄聪明人，经此点省，大喜。他留兄长桓伟守江陵，抗表传檄，历数司马元显罪恶，自统大军，一直东下。行前，他又派人把事前向司马元显通风报信的庾楷关押起来。
看见桓玄檄书，司马元显“大惧”。
三月，安帝在皇宫西池为司马元显饯行。公卿满座，司马元显硬着头皮，慷慨激昂了几句，痛饮壮行酒数杯，提剑直上战船。进入船舱，小伙儿司马元显心惊胆战，一直没敢下令开船。
刘牢之方面，一直非常憎恶司马元显。他害怕平灭桓玄之后，司马元显会更加骄恣。同时，又怕鸟尽弓藏，功高不赏，因此刘牢之一直首鼠两端。此时，他有一种一厢情愿的想法：先借桓玄之手除掉司马元显，然后，瞅准机会，再借机gān掉桓玄。刘牢之参军刘裕自告奋勇，要领兵击桓玄，当然不见允许。
江东鼎沸晋祚摇（4）
桓玄当然不会闲着，他派刘牢之的族舅何穆前去游说，劝刘牢之说：
自古有大功之人，罕有全者。越王勾践之文种，秦王之白起，汉朝之韩信，身事明主，为之竭尽死力，功成之日，犹不免被诛，况且当今掌权的是昏凶的司马道子父子。明公您今日之势，战胜则倾宗，战败则覆族！不如翻然改图，可与我桓玄一起，长保宝贵！
这些攻心之语有理有据，说得刘牢之连连点头。
刘牢之之子刘敬宣、其外甥何无忌以及参军刘裕皆谏劝，认为桓玄láng子野心，是董卓再世，应严加防备，不宜与其沟通。刘牢之大怒，说：“我当然知道桓玄不是好东西，今日取桓玄易如反掌。但是，平灭桓玄之后，司马元显又会想方设法除掉我们！”
于是，四月十五日，刘牢之派其子刘敬宣前往桓玄处，表示归降。手拥qiáng兵、身坐大镇，刘牢之竟出此下策，可谓是自取灭亡。
桓玄、刘牢之两人已经结盟，司马元显那边还迟迟未发。
正在苦思到底下令开船进击还是留于原地伺机行事之际，司马元显忽闻桓玄已至建康郊外新亭。小伙子顿时魂飞天外，弃船上岸，退屯国子监。不久，他又觉不妥，骑马在宣阳门下另外布阵。
刚刚列阵停当，军士们jiāo头接耳，都讲桓玄大军已入台城南面。司马元显闻之恐惧，想率军逃入皇宫躲避。晋军好容易列成阵形，现在又掉头整队往皇宫方向急行军。
桓玄先前已派先头部队数十人入城，见晋军返军，就拔刀在他们身后大叫：“放仗！”（放下武器）
“军人皆崩溃”，未用一刀一枪，司马道子父子几万大军顿作鸟shòu散。回头一看，司马元显只见张法顺一骑跟从，余人皆跑得影子都不见了。
逃入东府，司马元显向其父司马道子问计，道子连连摇头，不出一语。父子二人相对而泣。
桓玄统军，浩浩dàngdàng入建康。晋廷以桓玄为丞相、录尚书事、都督中外诸军事，一统文武大政。
清算开始。桓玄命人送司马元显（包括他六个才两三岁的儿子）、司马尚之、庾楷、张法顺等人于闹市斩杀，并流放会稽王司马道子于安成郡。未几，桓玄派人毒死了这位把持东晋朝政多年的酒色王爷，时年三十九。
处理了会稽王父子及其党羽，桓玄自然把矛头掉向刘牢之。
桓玄借朝廷诏命，以刘牢之为会稽内史。
刘牢之闻讯，大出意料，惊呼：“怎么，这么快就夺我兵权，大祸将至啊！”
刘敬宣返军，劝其父刘牢之发奇兵袭击桓玄。刘牢之犹豫不决，移军屯于班渎。